使用MOE进行药效团建模与分析

最新推荐文章于 2025-07-04 11:56:32 发布
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本文探讨了ligand-based及structure-based两种药效团建模方法，前者利用已知活性分子信息构建药效特征，后者则通过蛋白-配体相互作用分析揭示药物作用机理。
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05-04
分子生物学软件教程是一款非常常见的生物学软件他给了好多便利
基于配体的药效团建模和虚拟筛选研究设计新型HDAC2抑制剂
onetwotwothree_的博客
01-26 1872
摘要：组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)属于组蛋白去乙酰化酶(HDAC)家族，已成为多种癌症治疗的治的重要治疗靶标。在Discovery Studio中使用3D-QSAR药效团生成(HypoGen算法)模块，对两种不同化学类型的48种抑制剂进行药效团模型构建。最佳的HypoGen模型包含四个药效基团功能，即一个氢键受体(HBA)和一个氢供体(HBD)，一个疏水(HYP)和一个芳族中心(RA)。运用20个化合物对该模型进行验证，然后该模型被用作3D查询模板对NCI和Maybridge数据库进行虚拟筛选，并通过.
药效团模型(pharmacophore model)构建与搜索(MOE2018)
recher_He1107的博客
10-16 9492
记录一下完整的pharmacophore的过程初始文件复合物晶体结构->PLIF->药效团序列加载蛋白复合物以及初始设置准备1.读取蛋白文件2.修改背景颜色为白色,修改立场文件3.删除多余链与配体4.调整蛋白结构显示5.蛋白分子的预处理叠合蛋白-配体复合物1.为复合物分配不同的颜色以便于区分2.叠合蛋白-配体复合物3.观察蛋白-配体相互作用4.新建Database并导入蛋白-配体复合物生成PLIF和Pharmacophore Query1.生成PLIF2.生成pharmacophore quer
基于药效团的药物设计（Pharmacophore Construction）
发呆的比目鱼的博客
04-21 5453
基于药效团的药物设计（Pharmacophore Construction）
Discovery studio构建药效团（Pharmacophore）的方式
Drug discovery
08-09 5223
一类是具有相同药理作用的类似物，它们具有某种基本结构，即相同的化学结构部分如磺胺类药物、局麻药、受体阻断剂、拟肾上腺素药物等;另一类是一组化学结构完全不同的分子，但它们以相同的机理与同一受体结合，产生同样的药理作用，如己烯雌酚的化学结构比较简单，但因其立体构象与雌二醇相似，也具有雌激素样作用。药效团是基于药效特征元素为基础建立的模型。药效特征元素主要分为七种，包括: 氢键供体、氢键受体、正负电荷中心、芳环中心、疏水基团、亲水基团以及几何构象体积冲撞。一个有效的药效团模型，一般包含3-5个有效的药效团元素。
分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(十一)：受体-配体复合物药效团模型的评估...
weixin_39605706的博客
12-05 1122
Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。在前面的文章中，利刃君为大家带来了使用Dis...
27、药效团建模的类型与应用
e4f5g6h的博客
06-21 135
本文详细介绍了药效团建模的两种主要类型——基于配体和基于结构的建模方法，并探讨了其在药物设计中的关键应用场景，包括先导化合物的识别与优化、生物活性预测以及架构跳跃。同时，文章分析了相关技术工具、最新进展及发展趋势，并总结了药效团建模的优势与局限性，为药物研发提供了理论支持和实践指导。
18、药物设计中的药效团建模：原理、方法与应用
cheese的博客
07-04 170
本文全面介绍了药效团建模在药物设计中的原理、方法与应用。从药效团的概念和发展历程入手，探讨了基于配体和基于结构的药效团建模方法及其在药物发现中的实际应用。文章还详细描述了虚拟筛选技术的工作流程及其在先导化合物识别中的作用，并通过多个具体案例展示了药效团建模在抗癌药物、抗HIV药物以及抗有丝分裂药物设计中的成功应用。最后，分析了药效团建模的发展趋势与挑战，展望了其在未来个性化药物设计和多学科融合中的潜力。
25、基于配体的药效团建模在药物设计中的应用
e4f5g6h的博客
06-19 192
本文介绍了基于配体的药效团建模在药物设计中的应用，重点讨论了其基本概念、构建流程、具体实现方法以及实际案例。文章强调该技术在缺乏靶标蛋白结构信息时的优势，并结合实例展示了它在抗癌药物发现中的高效性与实用性。
药效团模型 moe
03-14
以下是关于如何利用 MOE 进行药效团建模及相关操作的功能介绍。 #### 1. **药效团模型的构建** MOE 提供了多种方式来定义和优化药效团模型。通过导入配体数据集或受体结构，可以生成基于配体或基于结构的药效团模型...
2、 3D QSAR：QSAR与分子建模的整合
weixin_31749299的博客
06-06 327
本文详细介绍了3D QSAR在药物设计中的应用，包括其基本概念、方法论以及具体实例分析。通过结合QSAR与分子建模技术，研究分子结构与生物活性之间的关系，并探讨了未来发展方向，为新药研发提供重要参考。
薛定谔 | 分子药效团构建
药研猿的博客
10-20 3169
部分有两个选项，第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合，这种情况下默认是没有进行构象搜索，因此当选中第一个后，页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的，因此它们就不能再进行构象搜索，否则会对预先叠合结果产生影响，因此当选中第二个选项后，页面下方产生构象的选项就无法勾选。基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似，但需要对复合物进行预处理。在左侧需要提前选中所有的配体分子。，设置每个配体分子产生构象个数。
MOE安装及使用教程高能来袭！
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【完美复现】面向配电网韧性提升的移动储能预布局与动态调度策略【IEEE33节点】（Matlab代码实现）内容概要：本文介绍了基于IEEE33节点的配电网韧性提升方法，重点研究了移动储能系统的预布局与动态调度策略。通过Matlab代码实现，提出了一种结合预配置和动态调度的两阶段优化模型，旨在应对电网故障或极端事件时快速恢复供电能力。文中采用了多种智能优化算法（如PSO、MPSO、TACPSO、SOA、GA等）进行对比分析，验证所提策略的有效性和优越性。研究不仅关注移动储能单元的初始部署位置，还深入探讨其在故障发生后的动态路径规划与电力支援过程，从而全面提升配电网的韧性水平。; 适合人群：具备电力系统基础知识和Matlab编程能力的研究生、科研人员及从事智能电网、能源系统优化等相关领域的工程技术人员。; 使用场景及目标：①用于科研复现，特别是IEEE顶刊或SCI一区论文中关于配电网韧性、应急电源调度的研究；②支撑电力系统在灾害或故障条件下的恢复力优化设计，提升实际电网应对突发事件的能力；③为移动储能系统在智能配电网中的应用提供理论依据和技术支持。; 阅读建议：建议读者结合提供的Matlab代码逐模块分析，重点关注目标函数建模、约束条件设置以及智能算法的实现细节。同时推荐参考文中提及的MPS预配置与动态调度上下两部分，系统掌握完整的技术路线，并可通过替换不同算法或测试系统进一步拓展研究。
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