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RSS订阅原创 samtools flagstat 统计三代测序比对结果的问题
总体比对比例 98.92% = 4916817(primary mapped) / 4970675(primary)
2024-10-13 11:47:10
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原创 perl拆分一个文件为若干小文件
如下，每9000行存入一个新文件，新文件数量不限。注意1：用变量$fh作为文件句柄名，本身就能被改变，不用更多折腾了。注意2：使用变量$fh作为文件句柄进行输出（print）时，开启use strict会报错。#! /usr/bin/perluse warnings;#use strict;my $j;my $file = 1;my $fh = 'B1';open $fh, ">>", "ZmBlastIDList_1.txt" or die;while (<
2021-05-05 23:10:26
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原创 linux批量改变文件名中的部分字母大小写
今天在wsl系统中尝试使用rename将部分文件名中的部分小写字母改为大写字母，但直接修改时一直失败：$ rename -n 's/h2o/H2O/' *F1+h2o-0-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-1.lsm already existsF1+h2o-0-4h-2.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-2.lsm already existsF1+h2o-MG-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-MG-4h-1.
2020-11-30 11:53:37
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原创 R正则表达式中字符的转义（跳脱）
Perl风格的正则表达式：（如在sub()中）在R语言中得用两个反斜杠即 “\\”，如要匹配括号就要写成 “\\(\\)”。一个是不行的。
2019-12-18 14:17:19
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原创 R中根据匹配原则将一列拆分为几列
使用stringr包中的str_split_fixed函数：> head(raw) Sample A260 A2801 C-1d-1 0.39255 0.36882 S-1d-1 0.22385 0.26133 P-1d-1 0.25075 0.24984 N-1d-1 0.32495 0.31215 C-2d-1 0.43085 0.46196 S-2d-1...
2019-08-18 14:18:54
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原创 R中二进制格式包的直接安装
今天在R中安装使用 clusterProfiler() 对小麦差异蛋白进行GO注释时，运行library(clusterProfiler)反复提示缺少"DO.db"、"GO.db"、“bindrcpp”等包，以及“R6”包版本太低等问题，其中"DO.db"、"GO.db"可以通过BiocManager进行安装：> if (!requireNamespace("BiocM...
2019-02-17 17:25:31
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原创 从fasta文件中筛选序列并输出
参考网上资源，得到两种实现方式：1. 参考https://stackoverflow.com/questions/34495490/extract-specific-fasta-sequences-from-a-file-using-perl?r=SearchResults#! /usr/bin/perluse strict;use warnings;open A_SPEC, $...
2018-12-30 19:28:55
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原创 Perl取两组数据的并集、交集、差集等
目前自己编写和网上查阅到比较方便的三种方法。目录1. 自写脚本，较繁琐2. 来自zk1878的脚本，短小精悍3. Array::Utils包，简便4. Data::Dumper包，较简便1. 代码如下：#! /usr/bin/perluse warnings;use strict;open A, $ARGV[0] or die;open B, $ARGV[1...
2018-12-27 22:27:21
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原创 R中循环生成随机数
如下连续生成16组1:3的随机不重复整数（每次3个），存储至repl中：repl <- NULLfor(x in 1:16) {repl <- c(repl, sample(1:3, 3, replace = F))}
2018-10-27 22:49:22
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转载 均数间的多重比较的方法的选择【转载】
1、如两个均数的比较是独立的，或者虽有多个样本的均数，但事先已计划好要做某几对均数的比较，则不管方差分析的结果如何，均应进行比较，一般采用LSD法或Bonferroni法；2、如果事先未计划进行多重比较，在方差分析得到有统计意义的F检验值后，可以利用多重比较进行探索性分析，此时比较方法的选择要根据研究目的和样本的性质。比如，需要进行多个实验组和一个对照组比较时，可采用Dunnett法；如需要进
2017-12-23 13:39:29
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原创 R中列表元素的访问与修改
今天有这样一个列表，各元素均为一维向量，但不等长：>head(mix1_integ_list1)[[1]][1] "" "24.79854965" "25.4642601" "29.56749916" "26.34864998" "25.11140633"[[2]][1] "" "27.93592644" "27.48092651" "29.71414
2017-10-31 18:33:16
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原创 perl利用字符串中的数字进行排序
使用Sort::Naturally模块进行排序用法： use Sort::Naturally; @them = nsort(qw( foo12a foo12z foo13a foo 14 9x foo12 fooa foolio Foolio Foo12a )); print join(' ', @them), "\n";Prints: 9x 14 foo fooa foolio
2017-10-31 18:33:13
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原创 安装ViennaRNA的perl模块
这两天安装ViennaRNA的perl模块（在interface的perl目录）时着实遇到了很大的问题。首先运行（./configure）的功能（不要指定--prefix，否则会与cpan中指定的路径冲突）：$ perl Makefile.PL输出如下内容：Generating a Unix-style Makefile.perlWriting Makefile.perl for RNAWriti
2017-10-31 18:33:10
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原创 非root用户安装perl模块
目标将模块安装在可写入的家目录下。参见http://search.cpan.org/~haarg/local-lib-2.000004/lib/local/lib.pm1. 安装local::lib模块，解压local::lib包后，进入该目录，输入并运行命令：perl Makefile.PL --bootstrap 而后开始安装：makemake testmake instal
2017-10-31 18:33:05
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空空如也
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