
学习笔记
峪石
这个作者很懒,什么都没留下…
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samtools flagstat 统计三代测序比对结果的问题
总体比对比例 98.92% = 4916817(primary mapped) / 4970675(primary)原创 2024-10-13 11:47:10 · 342 阅读 · 0 评论 -
linux合并.gz压缩包
linux合并.gz压缩包原创 2024-04-11 11:23:56 · 401 阅读 · 1 评论 -
R中对数据框进行分组筛选输出整行
使用dplyr包原创 2022-10-21 15:43:45 · 1070 阅读 · 0 评论 -
perl拆分一个文件为若干小文件
如下,每9000行存入一个新文件,新文件数量不限。注意1:用变量$fh作为文件句柄名,本身就能被改变,不用更多折腾了。注意2:使用变量$fh作为文件句柄进行输出(print)时,开启use strict会报错。#! /usr/bin/perluse warnings;#use strict;my $j;my $file = 1;my $fh = 'B1';open $fh, ">>", "ZmBlastIDList_1.txt" or die;while (<原创 2021-05-05 23:10:26 · 748 阅读 · 0 评论 -
linux批量改变文件名中的部分字母大小写
今天在wsl系统中尝试使用rename将部分文件名中的部分小写字母改为大写字母,但直接修改时一直失败:$ rename -n 's/h2o/H2O/' *F1+h2o-0-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-1.lsm already existsF1+h2o-0-4h-2.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-2.lsm already existsF1+h2o-MG-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-MG-4h-1.原创 2020-11-30 11:53:37 · 735 阅读 · 0 评论 -
R正则表达式中字符的转义(跳脱)
Perl风格的正则表达式:(如在sub()中)在R语言中得用两个反斜杠即 “\\”,如要匹配括号就要写成 “\\(\\)”。一个是不行的。原创 2019-12-18 14:17:19 · 1212 阅读 · 0 评论 -
从fasta文件中筛选序列并输出
参考网上资源,得到两种实现方式:1. 参考https://stackoverflow.com/questions/34495490/extract-specific-fasta-sequences-from-a-file-using-perl?r=SearchResults#! /usr/bin/perluse strict;use warnings;open A_SPEC, $...原创 2018-12-30 19:28:55 · 5379 阅读 · 0 评论 -
Perl取两组数据的并集、交集、差集等
目前自己编写和网上查阅到比较方便的三种方法。目录1. 自写脚本,较繁琐2. 来自zk1878的脚本,短小精悍3. Array::Utils包,简便4. Data::Dumper包,较简便1. 代码如下:#! /usr/bin/perluse warnings;use strict;open A, $ARGV[0] or die;open B, $ARGV[1...原创 2018-12-27 22:27:21 · 3556 阅读 · 1 评论 -
均数间的多重比较的方法的选择【转载】
1、如两个均数的比较是独立的,或者虽有多个样本的均数,但事先已计划好要做某几对均数的比较,则不管方差分析的结果如何,均应进行比较,一般采用LSD法或Bonferroni法;2、如果事先未计划进行多重比较,在方差分析得到有统计意义的F检验值后,可以利用多重比较进行探索性分析,此时比较方法的选择要根据研究目的和样本的性质。比如,需要进行多个实验组和一个对照组比较时,可采用Dunnett法;如需要进转载 2017-12-23 13:39:29 · 11918 阅读 · 0 评论