R中二进制格式包的直接安装

最新推荐文章于 2024-12-04 11:36:38 发布

峪石

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分类专栏： R 文章标签： R R package installation

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/yuehedou/article/details/87543717

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今天在R中安装使用 clusterProfiler() 对小麦差异蛋白进行GO注释时，运行library(clusterProfiler)反复提示缺少"DO.db"、"GO.db"、“bindrcpp”等包，以及“R6”包版本太低等问题，其中"DO.db"、"GO.db"可以通过BiocManager进行安装：

> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
      install.packages("BiocManager")
> BiocManager::install("DO.db", version = "3.8")
> BiocManager::install("GO.db", version = "3.8")

但在升级R6时反复遇到问题，典型例子如下：

> update.packages(ask='graphics',checkBuilt=TRUE)

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
R6  2.3.0  2.4.0             FALSE

installing the source package ‘R6’

trying URL 'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/src/contrib/R6_2.4.0.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 31545 bytes