freesurfer运行完recon-all怎么快速查看有没有报错?——核心命令tail重定向

最新推荐文章于 2025-01-03 10:27:10 发布
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分类专栏： FreeSurfer学习 文章标签： 核磁共振成像 脑功能分区
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/xj4math/article/details/125585320
在freesurfer的recon-all流程后，通过检查日志文件recon-all.log来确认是否有错误。手动检查每个被试的日志效率低下。本文介绍如何使用Linux的tail命令重定向日志的最后几行到新文件，通过检查这个文件快速识别出问题被试。详细介绍了tail命令的参数，如-n和-f，以及检查错误的脚本实现。

在跑freesurfer的过程中，我们需要检查日志文件夹recon-all.log 是否有 finished without error ，而有些exited with ERRORS，如果逐个打开每个被试文件夹Scripts的log日志检查，就显得工作量巨大。那么怎么才能提高我们的检查效率呢？

在这里插入图片描述

因此我们可以查看日志内容的最后几行并将其重定向到一个文本文件中，只需检查重新定向的文本文件即可看哪些被试出错，哪些被试没错。

在这里插入图片描述
这是运行有问题的被试的信息。
在这里插入图片描述
这是没问题的被试的信息
在这里插入图片描述
下面我们用Linux自带的tail命令重新定向日志文件的最后几行，其中tail的详细参数如下：

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freesurfer输出结果查看
xxx
09-16 2196
freesurfer输出结果查看
freesurfer跑recon-all报错：在使用 FreeSurfer 进行 `recon-all` 处理时遇报错，如何解决？
**My Coding Family**
01-16 1315
你遇到的错误通常与 Talairach 配准相关，可能是由于输入数据、变换矩阵或系统资源的问题。检查输入的文件是否有效。确认文件的存在和有效性。查看文件，获取更详细的错误信息。确保系统资源（内存和磁盘空间）充足。检查 FreeSurfer 的安装和配置。如果需要，尝试更新 FreeSurfer 版本。希望这些排查步骤能帮助你解决问题，如果问题仍然存在，可以提供更多的错误日志信息，以便进一步分析。希望如上措施及解决方案能够帮到有需要的你。
医学图像分析工具01：FreeSurfer || Recon -all 全流程MRI皮质表面重建
weixin_45638136的博客
01-03 3576
`recon-all` 是 FreeSurfer 中最重要的命令之一，用于自动化处理和分析磁共振成像（MRI）数据，执行一系列的预处理、分割、配准、表面建模和标注等步骤。其目标是为大脑图像提供精确的结构性分析，包括皮层和白质的分割，皮层厚度的计算，以及大脑区域的标注等。
tail -f 过滤结果实时输出重定向到文件
丰耳的博客
11-17 7725
需求描述： 前两天接到朋友求助，说写了个监控日志关键词的shell，希望通过tail -f | grep命令实现将过滤出来的信息实时重定向到文件中，但运行后发现重定向的文件一直为空，确认了各种可能错误，一直不得其解。 问题分析： 咋一看，似乎是一个很简单的问题，就是 taif -f | grep 过滤出来的内容重定向到文件中就行了，但是为什么文件一直为空呢？ 其实这要从shell的输出机制说起，因为标准输出到终端时默认行缓冲或无缓冲，重定向到硬盘之后，就变成了全缓冲。 因此 tail -f 往..
freesurfer | 报错1：corRead(): can‘t open file /mnt/hgfs/MRtrix_demos/MRtrix_demo/sub-cIIIs01/COR-.info
mingrisanyang的博客
06-14 425
原因：nii.gz的文件名出现一定问题，目前还不太清楚解决方法：重命名T1像，最好简短一点，就能跑起来了报错2：ln: failed to create symbolic link 'lh.white.H': Operation not supported详情：生成的被试文件夹中，states里面没有内容原因：用的虚拟机，把处理的T1像放在了共享文件夹，有些操作无法执行解决方法：把T1像放在了linux系统下，然后把生成的数据传递给windowscp /原始路径/ /目标路径/...
freesurfer | 报错：转移处理结果的文件夹到共享文件夹cp: cannot create symbolic link XXX Operation not permitted
mingrisanyang的博客
06-14 666
参考来自：cp: cannot create symbolic link XXX Operation not permitted_light1028的博客-优快云博客1.没有权限此处已经保证包括的源和目的地，都是由权限操作的，排除此原因。2.目标文件系统不支持符号链接即，源文件夹是 /usr/src/blackfin/ADI_release/kernel/2007R1/carifan_Bfin_425,属于/目录下面，对应的是ext3,因此本身是支持符号链接的，而目标文件夹是 /mnt/linuxdev/
freesurfer执行recon-all过程中出现error while loading shared libraries: libquadmath.so.0问题
qq_40069050的博客
05-12 787
切换到/etc/ld.so.conf.d目录下，以管理员身份创建一个 libquadmath.conf文件。出现原因：共享库或链接 libquadmath.so.0不存在，或路径不对。将上述路径添加到libquadmath.conf文件中，保存退出。2. 如果不存在，则需要安装libquadmath.so.0共享库。在使用freesurfer处理结构像时失败，打开文件提示。执行ldconfig命令，使其立即生效。
freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
AliceMeng20的博客
08-23 872
recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputp​ath{output_dir}下。
FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录
KaSuo幻影的博客
06-08 1052
输入为 mri/brain.mgz，输出为 mri/wm.mgz。Freesurfer图像配准：将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐；Freesurfer图像校正：强度标准化（Intensity Normalization）颅骨剥离后生成文件：/mri/brainmask.mgz。图像校正后生成文件：/mri/brain.mgz。图像配准后生成文件：/mri/norm.mgz。图像分割后生成文件：/mri/wm.mgz。
matlab齿轮代码-freesurfer-recon-all:执行FreeSurfer皮质重建过程的全部或任何部分
06-16
scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到 的映像，该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后，您可以在构建容器之前...
recon-all-v7.1.1-parallel-patch:这是一个修补程序的修补程序，它消除了两个地方的并行性，以消除有时会导致失败的竞争条件。
04-02
recon-all-v7.1.1-parallel-patch 这是 （2020年7月27日）中所有内容的修补程序，该版本在两个地方删除了并行性，以删除有时会导致失败的竞争条件。 一个错误消息是“找不到rh.white.H”。 看 。 使用以下命令安装： patch /usr/local/freesurfer/bin/recon-all parallel.patch
freesurfer分割流程——recon-all 二 Scripts文件夹介绍
AliceMeng20的博客
08-23 227
运行完recaon-all以后，如果发现终端输出报错或者显示警告，首先我们应该检查日志scripts文件夹下面的recon-all.log文件，看出错位置，解决问题。如果看到finished without error，该被试成功跑完了所有步骤。
Linux基础命令@echo、tail、重定向符
blue的博客
01-07 2092
Linux基础命令之echo、tail、反引号、重定向符
cat,more,less,head,tail,输出重定向
阿鹏的笔记
09-13 1659
cat,more,less,head,tail,输出重定向
freesurfer 安装第一步测试中出现niiWrite（）error怎么办？
m0_61214398的博客
08-25 559
最初的启发来自平台搭建2：ubuntu12.04下安装freesurfer_木子山石的学习笔记-优快云博客（https://blog.youkuaiyun.com/huiyuanliyan/article/details/51526782），他在文章最后提出了这个问题和权限有关，freesurfer官方建议安装在/usr/local/freesurfer目录下，但我们的权限都是不root，他建议我们把freesurfer安装到home目录下。 我看完他的答案后觉得有一定的道理，因为我...
linux 文件夹重定向,Linux文件查看及重定向
weixin_33645583的博客
05-05 1181
实验目标：通过本实验掌握head、tail、cat、more、less等文件查看命令的使用，理解重定向的概念，掌握两种重定向方法的使用。实验步骤：1、 通过head、tail、cat、more、less五种不同命令查看文件/usr/bin/clean-binary-files，观察每种工具异同。2、 将/usr/bin/clean-binary-files的前12行，写入文件headtail....
Linux——echo-tail-重定向符
QoQ_____________的博客
10-10 511
从尾部往上读num行，默认10行。查看文件尾部内容，追踪文件最新更改。类似printf 输出。重定向符 > 和 >>
Linux：echo、tail命令和重定向符
初
06-14 269
tail [-f -num] linux路径。1、echo命令：可以在命令行内输出指定内容。2、反引号：被反引号包围的内容会被当作命令执行。3、重定向符：>和>>
Linux学习（十）-- tail命令、head命令、重定向符＞ OR ＞＞
PUYALEI的博客
05-20 564
tail命令的功能是查看文件尾部内容，例如默认会在终端界面上显示指定文件的末尾10行，如果指定了多个文件，则会在显示的每个文件内容前面加上文件名来加以区分。高阶玩法的-f参数的作用是持续显示文件的尾部最新内容，类似于机场候机厅的大屏幕，总会把最新的消息展示给用户，对阅读日志文件尤为适合，再也不需要手动刷新了。head命令的功能是显示文件开头的内容，默认为前10行。功能：将符号左边的结果，输出到右边指定的文件中去。tail [参数] [文件名]head [参数] [文件名]
freesurfer的recon-all直接杀死终端
最新发布
07-29
在使用 FreeSurfer 的 `recon-all` 命令时，如果终端（Terminal）在运行过程中突然关闭，通常与系统资源限制、脚本配置错误或后台任务管理不当有关。以下是可能导致此问题的原因及相应的解决方法： ### 1. **系统...
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