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我也要
在跑freesurfer的过程中，我们需要检查日志文件夹recon-all.log 是否有 finished without error ，而有些exited with ERRORS，如果逐个打开每个被试文件夹Scripts的log日志检查，就显得工作量巨大。那么怎么才能提高我们的检查效率呢？
因此我们可以查看日志内容的最后几行并将其重定向到一个文本文件中，只需检查重新定向的文本文件即可看哪些被试出错，哪些被试没错。
这是运行有问题的被试的信息。
这是没问题的被试的信息
下面我们用Linux自带的tail命令重新定向日志文件的最后几行，其中tail的详细参数如下：
命令行学学习记录
在整理数据的过程中，有时候我们可能会重复好多次的操作，但是如果使用命令操作的话，极度舒适，因此以此篇博客记录下命令行学习记录。(不断学习不断更新哈哈哈哈) 一、将文件夹下的所有nii文件整理到对应命名的文件夹中 整理前示例： 整理后示例： for i in `seq 2 6`;do cd /Volumes/yang/NMDAR/NC/T1_vbm cp N$i.nii /Volumes/yang/NMDAR/PT/freesufer/subjects/patient$i done #原始文
freesurfer输出结果查看
freesurfer输出结果查看
freeesurfer---recon_all--重建
每次使用前都需要配置环境变量 export FREESURFER_HOME=$Computer/usr/local/freesurfer #freesurfer文件夹位置 export SUBJECT_DIR=$Computer/usr/local/recon #recon预处理文件所在位置 ？ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh #相当于python中的active-激活 recon-all -s /user/local/rec
freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputpath{output_dir}下。
Opencv全景图像处理实战：柱面与透视展开技术详解
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