核磁共振数据中DCM图像的坐标系——从世界坐标系到图像坐标系的理解与转换，从矩阵坐标转换至MNI坐标

本文介绍了如何从矩阵坐标转换到MNI坐标，涉及DCM图像坐标系的理解，包括世界坐标到图像坐标的转换。在转换过程中，重点关注了origin和spacing参数的作用，它们用于将世界坐标减去origin并除以spacing来得到图像坐标。此外，文中还提到了CT图像可能的非标准像素间距问题，及其在VTK窗口中鼠标点击坐标转换时可能遇到的挑战。

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从矩阵坐标转换至MNI坐标

假设矩阵坐标：X=3，Y = 5, Z = 6;

方法一：mx = 90-3*(X-1); my = 3*(Y-1)-126; mz = 3*(Z-1) - 72;

方法二：coor = Header.mat * [3,5,6,1]’ ; (PS: 此处Header是通过rest_ReadNiftImage函数读取.nii格式文件得到的头文件,在坐标后面补一个 1，形成 4*1的向量)

DCM图像的坐标系的相关理解（世界坐标-＞图像坐标）

dcm的坐标系原点是在左上角；

像素间的距离是mm为单位的，这是像素的物理间距；有些CT得到的图像的间距并不是1，1，1，可能是小数。

问题：这种情况下，会遇到一些奇怪的现象：例如如果涉及在VTK窗口通过鼠标点击转化为3维世界坐标点时，需要特别关注，可能会出现明明在该点的3维体素有值，结果却不是你预期的结果，因为你得到的世界坐标系的点的间距是默认为1，1，1的，而真实图像不是这样的。

那么如何转化？
解决方法：在将世界坐标转换为图像坐标时,会涉及到两个参数, origin和spacing:
将需要转换的世界坐标减去origin,再除以spacing就是对应的图像坐标。
详细说一下origin和spacing:
origin表示图像坐标系原点在世界坐标系中的位置单位mm,spacing表示每个像素的实际距离间隔,单位也是mm;所以结节中心坐标减去origin再除以spacing,就是对应像素在图像坐标系中的位置.

总结一下：Orientation表示的是图像坐标系与解剖学坐标体系的关系。origin和spacing这两个参数将世界坐标转换为相应的图像坐标,即求出结节中心在图像中的位置。

https://blog.youkuaiyun.com/sunyao_123/article/details/72801429

这个是关于DCM的医学坐标系的说明。

原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_35007834/article/details/89950263