针对Amber 中的计算能量脚本自动化

最新推荐文章于 2025-03-21 15:28:27 发布

xiaolan39

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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/90670522

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博客围绕Amber计算多个分子的MMPBSA、MMGBSA值自动化展开，介绍了编写pbgb_calculate.sh脚本的相关内容，聚焦于信息技术领域的脚本编写以实现计算自动化。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

针对Amber计算多个分子的MMPBSA、MMGBSA值自动化

写pbgb_calculate.sh 脚本

#!/bin/bash
#用于计算pbgb,取不同的帧及间隔，并输出

read -p "enter pbgbcode:" pbgbcode
#读取输入脚本
export $pbgbcode

mpirun -np 12 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i $pbgbcode.in -o FINAL_MMPBGBSA_$pbgbcode.dat -sp solvated.prmtop -cp complex.prmtop -rp receptor.prmtop -lp lig.prmtop -y md.mdcrd

exit

cat FINAL_MMPBGBSA_$pbgbcode.dat | grep "start" 
cat FINAL_MMPBGBSA_$pbgbcode.dat | grep "DELTA TOTAL"