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原创 VScode的Jupyter在运行过程中crashed

Bug记录,欢迎分享交流和补充

2025-03-04 22:31:48 298

原创 CHAPTER 2 The Derivative

如有错误欢迎指正

2024-12-26 14:58:54 771

原创 CHAPTER 1 Limits

欢迎指正

2024-12-20 18:32:17 905

原创 CHAPTER 0 Meetthe Functions

仅供参考,如果错误欢迎指正。

2024-12-17 20:05:02 1010

原创 CHAPTER -1 Speend,Velocity, Change

微积分基础,为了学习英语,故其内容基本使用英语,如有问题欢迎指正

2024-12-17 12:29:03 671

原创 Latex符合和数学公式整理

为了方便对Latex符号以及简单使用进行了整理,有不足的欢迎留言,根据留言或积累后续会更新。

2024-03-29 23:13:01 1967 1

原创 RTMScore论文方法翻译

论文方法,数据,模型部分翻译,有问题欢迎指正,后续可能更新后面的结论。

2024-03-28 22:34:30 960

原创 DeepDock原论文翻译

全文翻译,如有错误请指正

2024-03-26 20:47:08 1046

原创 蛋白质设计基础概念【不定时更新】

基本概念整理用于快速回忆

2024-03-14 10:40:44 921 1

原创 pdb文件RMSD计算(python)

两个PDB文件的RMSD计算方法记录,有问题欢迎随时指正。

2024-03-05 17:18:53 855 5

原创 基于Amber的PBSA/GBAS计算

简单笔记,有问题随时指教

2024-03-05 16:58:59 608 1

原创 [AMBER]动力学模拟数据准备

amber动力学模拟前简单数据处理,内容并不全,仅记录了本人易错步骤,完整的教程请参考AMBER 官方

2024-01-23 17:42:15 774 1

原创 solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]

记录amber使用中的bug

2024-01-22 15:27:47 610

原创 Bad argument. Job not submitted.

神奇的bug

2023-12-15 16:22:09 285

原创 Amber MD结果转PDB + ffmpeg安装 + pymol 模拟轨迹动画

动力学结果可视化展示

2023-11-13 21:36:56 1151 2

原创 Amber报错---Error: Could not set up input trajectory ‘min1.rst‘.

报错原因:改为在min1.in脚本中改为隐式化模型的时候,加入注释,但是注释的格式不对;Amber第一步最小化的时候报错,没有生成rst文件,报错图像如下。解决办法:暴力修改方法直接删除注释即可;

2023-11-09 17:51:34 166 1

原创 公式快速回忆

没有推导完,之后有时间再补充

2023-11-09 17:50:13 93 1

原创 Fatal Error! Weird atomic valence (2) for atom (ID: 4, Name: C1). Possible open valence.

小白改bug

2023-11-07 17:02:15 293 1

原创 rdkit 将SMILE转3D分子并保存起来 学习笔记一

小白学习笔记

2023-10-30 22:29:49 1498 1

原创 OSError: libcublasLt.so.11: cannot open shared object file: No such file or directory

修改bug

2023-10-24 10:28:53 2844

原创 报错:运行Python时报错ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9‘ not found (required by...)

bug修改

2023-10-23 23:27:38 638 1

原创 Geometry-enhanced molecular representation learning for property prediction

充分运用分子信息进行性质预测

2023-03-15 12:47:37 520

原创 Graph Transformer

论文阅读及其一些特别简单知识补充

2023-03-09 19:31:52 2183

原创 【TripleGAN】

一篇癫痫相关的人工智能文章整理,都是一些翻译以及粗鄙的见解。

2023-03-09 18:42:11 239

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