西柚云-优快云博客

原创怪谈级别疑难问题收录

本文讨论了生信分析中常见的软件问题及其解决策略，包括R及其生态系统中的bug排查、环境管理工具的使用，以及特定软件问题如CellChat、Rstudio、AutoDock Vina和SeuratV5的案例分析。

2025-04-03 12:00:00 896

原创 Rstudio如何使用Conda环境配置的R

Rstudio作为一款流行的R语言集成开发环境（IDE），为用户提供了便捷的编程体验。然而，不同项目可能需要不同版本的R，这就需要我们灵活切换R版本。除了在之前文章中提到的的方法之外，今天给大家介绍另一种方法：通过创建 Conda 环境并修改 Rstudio 配置来使用 Conda 环境中配置的 R 版本。这种方法可以灵活地切换 R 版本，以适应特定项目的需求。

2025-03-28 12:00:00 395

原创任务忘了用nohup挂后台了怎么办

在 Linux 系统中，我们如果需要运行一些长时间的任务，可以使用 nohup 命令将任务放到后台运行，以避免因终端关闭而导致任务中断。但如果在运行任务时忘记使用 nohup，已经把任务运行起来了，又不想终止后再重新运行挂后台，如何将已经运行的任务放到后台呢？

2025-03-21 12:00:00 843

原创我们可能用错Rstudio了

本文介绍了RStudio启动缓慢的原因及解决方法，包括关闭自动注销、保持浏览器登录、使用后台任务运行和通过Linux终端执行代码等优化技巧。

2025-03-13 14:45:39 641

原创 VS Code连接服务器教程

VS Code（全称 Visual Studio Code）是一款由微软推出的免费、开源、跨平台的代码编辑神器。VS Code 支持所有主流操作系统，拥有强大的功能和灵活的扩展性。

2025-03-08 16:29:19 1235

原创怎么让命令后台运行之拓展篇

之前在西柚云公众号发表的这篇文章里说到Jupyter、Rstudio等软件后台运行的方法和nohup、screen等命令的使用，今天我们就来补充一下screen命令的几个常见问题以及另一个后台运行命令——tmux命令的使用。

2025-02-28 22:11:21 244

原创怎么使用服务器运行pySCENIC

本文我们整理了在服务器上运行pyscenic的三个方法供大家参考，分别是conda安装pyscenic运行、arboreto_with_multiprocessing运行、容器化运行。

2025-02-14 13:27:53 1202

原创 Jupyter占用内存高问题排查解决

面对交换内存占用过高的问题，关键在于快速识别和处理占用资源的程序。本篇文章让我们能够有效地定位和解决内存占用问题，保持服务器的高效运行。记得定期检查和优化程序，以避免未来的内存溢出。

2024-12-27 18:00:42 726

原创 Linux病毒大扫除：值得收藏的病毒查杀技巧

希望大家重视自己的服务器安全问题，按照我们的教程落实防护工作。本文总结了Linux服务器病毒查杀的多个思路和技巧，值得收藏转发以备不时之需

2024-12-18 17:20:43 1087

原创这可能是GitHub R包安装的最优方法

西柚云镜像站聚合了多种资源仓库，涵盖常用静态资源文件、Docker镜像仓库、Conda仓库、APT仓库、CRAN仓库等，且其独有的GitHub R包代理，能加快devtools和remotes安装R包的速度，为生信科研助力，不再为网络问题无法安装软件而烦恼。各种仓库的使用教程，可以参考西柚云公众号以往发布的文章《西柚仓库集合》或者依据镜像站内的指引使用。

2024-12-09 15:06:18 563

原创 x86_64-conda-linux-gnu-cc not found

可是在 conda 的对应目录中这个 x86_64-conda-linux-gnu-cc 是已经安装好的。更奇怪的是，这个包在 R 的交互环境中可以安装好（在终端中输入 R，然后执行相关的装包代码）,而在 rstudio 中运行相应的装包代码是却会出现报错。这里的 CC 看起来是一个变量，最后我在该文件的第 16 行找到了它，它的值是 x86_64-conda-linux-gnu-cc, 我将它改为了 x86_64-conda-linux-gnu-cc 这个文件的绝对路径，这样就不会报错。

2023-02-08 23:06:11 14813 6