西柚云-优快云博客

原创不用纠结了，一文讲清楚七个环境管理工具

Pip、Conda、Mamba、Anaconda、Miniconda、Mambaforge与Miniforge，环境管理工具这么多，应该选择哪个？现在不用纠结了，一篇文章讲清楚七个工具的前世今生~

2025-11-21 08:30:00 450

OmicVerse是一个多组学数据分析的Python框架，整合了bulk RNA-seq、单细胞RNA测序和空间转录组学分析功能。该工具提供统一API接口，支持GPU加速，包含质量控制、细胞注释、轨迹分析等核心模块。安装方式灵活，支持conda、pip和Linux脚本三种方式，需先配置PyTorch环境。功能验证包括基础数据预处理和Single2Spatial模型训练测试。常见问题集中在环境配置和依赖包导入错误，需根据具体报错信息调整环境配置。该工具为生物信息学研究提供了高效的一站式分析解决方案。

2025-11-15 08:30:00 846

原创手把手教你使用AI代码编辑器Trae

Trae是字节跳动推出的AI编程助手，提供本地和远程两种开发方式。核心功能包括代码生成、智能补全、错误检测和重构。用户可选择不同智能体（Chat/Builder/Builder with MCP）和AI模型，Auto Mode能自动匹配最优配置。安装Trae客户端后，可通过SSH密码或密钥连接远程服务器。该工具基于VSCode开发，支持自然语言交互生成完整项目代码，显著提升开发效率。连接远程后，可直接在指定目录生成并运行代码，实现无缝开发体验。

2025-11-07 08:30:00 1272

原创 SGS可视化平台保姆级安装指南

SGS是一款基于Client/Server架构的单细胞和空间多组学数据可视化工具，支持scRNA、空间转录组等多种数据类型。安装方式提供本地和远程服务器两种选择，均需先下载SGS客户端。远程安装需配置服务器IP、SSH端口和密码，本地安装需要Docker环境支持。安装完成后可通过Web界面登录，创建项目并加载数据文件，系统会自动执行分析流程。SGS提供丰富的可视化功能和协作工具，详细操作可参考官方用户手册。

2025-10-31 08:30:00 661

原创 HiGlass基因组可视化工具部署指南

HiGlass是专为大规模基因组数据设计的开源可视化工具。本文详细解析HiGlass的两种部署方式：Docker直接运行和higlass-manage管理部署，涵盖镜像配置、端口映射、数据导入等关键步骤，帮你快速搭建可视化分析环境。

2025-10-15 08:30:00 657

原创 Rstudio后台运行任务终极指南：告别转圈，高效运行大任务

Rstudio跑任务就转圈？全局变量太多导致卡顿？试试Background Job！本文手把手教你配置后台任务，同时分享数据采样和日志记录技巧，彻底解决Rstudio转圈问题。

2025-10-11 08:30:00 1037

原创【别再问了】彻底理解Rstudio转圈问题的根本原因并解决它！

Rstudio转圈问题主要有两个原因：一是全局变量数据过大导致加载缓慢，二是前台运算占用Rsession进程资源导致界面无响应。Rstudio Server采用B/S架构，所有操作都依赖网络传输，加剧了卡顿现象。解决方法包括：1) 清理session文件和终止Rsession进程；2) 将耗时任务提交为后台进程运行，避免占用前台交互资源。文中通过代码演示和视频讲解，对比了前后台运行的区别，并验证了即使在高性能服务器上不当使用仍会出现转圈问题。建议用户养成使用后台任务的习惯，以保持Rstudio的响应速度。

2025-10-01 08:30:00 874

原创怪谈级别疑难问题收录第三弹

文章记录了Rstudio使用中遇到的两种疑难问题及解决方案。第一个案例是用户保存大文件时Rstudio卡顿，经过节点迁移、配置对比等排查，最终发现是由于用户将整个家目录设为Git仓库导致Rstudio频繁请求Git状态所致。第二个案例是Rphenograph包运行异常，表现为首次报错、二次卡死，通过手动加载Rcpp包解决。文章提供了详细的排查过程和截图记录，对解决类似技术难题具有参考价值。

2025-09-24 08:30:00 871

原创如何让团队共用 Jupyter？快速部署JupyterHub指南来了！

JupyterHub是一个多用户Jupyter Notebook环境管理器，可让多个用户共享同一台服务器。本文介绍了在Linux服务器上全局安装JupyterHub的步骤：1)安装Node.js和Python依赖；2)配置JupyterHub监听端口和用户认证；3)测试多用户隔离功能；4)配置为系统服务实现开机自启；5)重点说明如何让各用户使用自己的Conda环境而非共享系统Python。安装完成后，每个用户登录后都会获得独立的Notebook/Lab工作空间，互不干扰。

2025-09-18 08:30:00 971

原创怪谈级别疑难问题收录第二弹

本文记录了三个R语言使用中的奇葩问题及解决方案：1）Rstudio后台任务无故消失，原因是Session变更导致记录丢失，建议改用nohup Rscript运行；2）Rstudio文件管理bug导致同名文件丢失，最新版本已修复；3）docker容器内运行代码异常缓慢，原因是openblas库冲突，需卸载并重装特定版本。文章强调这些问题容易误判为服务器故障，实际是软件本身的特殊bug，建议遇到类似问题时仔细排查。

2025-09-09 08:30:00 601

原创 SSH协议的隐藏技能你知道吗

本文介绍了SSH协议的两种实用场景：本地端口转发（跳板机）和远程端口转发（内网穿透）。通过详细步骤演示了如何配置SSH隧道：1）本地转发实现安全访问内网MySQL服务；2）远程转发将本地Jupyter服务映射到公网。文章提供了命令行和FinalShell可视化两种配置方法，并附有具体操作截图和注意事项。这些技术可帮助用户在不暴露内网端口的情况下，实现安全高效的远程服务访问，适用于数据库管理、临时公网访问等场景。

2025-09-08 08:30:00 689

原创 GROMACS 安装：详细教程来袭

本文详细介绍了在西柚云GPU服务器上安装GROMACS分子动力学软件的步骤。针对不同显卡型号（30系、40系和50系）提供了对应的安装指南，包括CPU版本和GPU版本的安装方法。GPU版本需要从源代码编译安装，文中具体说明了所需环境（如CMake、CUDA、MPI等）的配置，并针对不同显卡型号给出了具体的编译参数和安装命令。

2025-08-30 08:30:00 1561

原创 Positron秘技：会话保持与Conda R环境切换

本文介绍了Positron远程开发工具的实用功能，重点解决断网处理和R环境切换问题。Positron支持SSH断网自动恢复会话，未保存代码不会丢失，但需注意关闭窗口会清除变量。通过配置Kernel Supervisor可设置会话超时时间。在R环境管理方面，文章演示了如何配置Conda环境路径，实现不同版本Seurat（V4/V5）的自由切换。通过具体案例展示了如何在Positron中使用不同版本的R环境运行分析代码，包括数据预处理、降维和可视化等完整流程。这些功能使Positron成为比RStudio更灵活

2025-08-19 08:30:00 1411

原创 Rstudio可以退役了？

Positron是一款新一代多语言数据科学IDE，支持R、Python和Jupyter Notebook开发。本文详细介绍了Positron的安装方法及其核心功能，重点展示了SSH远程连接配置（包括密码和密钥登录两种方式），以及如何在Positron中使用R、Python和Jupyter Notebook进行数据分析。作为基于VSCode开发的可扩展工具，Positron集成了远程开发环境管理、代码编辑和Markdown支持等特性，为数据科学家提供了高效的一站式开发解决方案。通过分步指导，帮助用户快速掌握这

2025-08-15 08:30:00 983

原创服务器使用Cellpose快速入门指南

本文介绍了Cellpose细胞图像分割工具的安装与使用。Cellpose是一款基于深度学习的开源工具，支持GPU加速运算和在线使用。文章详细说明了通过conda创建环境安装Cellpose的步骤，并介绍了X11转发和Xfce4+X2Go远程桌面配置。同时列举了可能出现的依赖缺失和CUDA错误及其解决方法。该指南为生物医学研究人员在多种环境下部署和使用Cellpose提供了实用参考。

2025-08-01 08:30:00 958

原创常用断点续传工具盘点

本文介绍了四种支持断点续传的常用文件传输工具。wget是最基础的命令行下载工具，通过-c参数实现断点续传；axel是多线程下载工具，通过-a参数启用续传功能；aria2c支持多协议和多线程下载，使用-c参数续传；FileZilla是图形界面FTP工具，通过右键菜单实现续传。这四种工具各具特色，用户可根据网络环境和操作习惯选择适合的工具进行大文件传输或网络不稳定时的文件下载。

2025-07-28 08:30:00 915

原创服务器使用Spyder快速入门指南

Spyder是一款面向科学计算的Python IDE，支持代码编辑、调试、变量查看等功能。安装方式包括安装包和Conda，Linux无GUI界面时可通过X11转发或连接远程内核使用。X11转发需服务器开启X11Forwarding，本地使用支持X协议的SSH工具连接。远程内核方式需服务器启动spyder_kernels进程，本地下载内核配置文件连接。常见问题包括X11转发中断处理及内核连接问题。

2025-07-18 08:30:00 1333

原创 R语言中那些易混淆的知识点，你知道多少个？

本文介绍了R语言中常见的易混淆概念，包括配置文件（rserver.conf、.Renviron、.Rprofile）的使用差异，数据保存方法（saveRDS/readRDS与save/load）的特点对比，数据读取函数（read.csv与read.table）的适用场景，以及赋值操作符（=与<-）的最佳实践。通过对比说明这些概念的具体用法和区别，帮助用户更准确地应用这些R语言功能，提高数据处理效率。文章还提供了相关配置示例和操作建议，可作为R用户的实用参考指南。

2025-07-07 12:22:56 693

原创 1分钟学会使用5种网络代理加速软件安装

网络代理可解决网络慢、访问受限等问题。本文介绍Linux、conda、R、apt等环境下代理的配置方法。Linux中，用export命令临时设置或修改配置文件永久设置代理。conda通过conda config命令设置代理。R语言用Sys.setenv临时设置，或在.Rprofile文件中永久配置。apt可通过命令行选项或配置文件设置代理。还介绍了判断代理生效的方法及获取代理服务器的途径，包括自行搭建或使用第三方服务。

2025-06-10 14:49:01 1038

原创让你的服务器拥有时空穿梭的能力

西柚云大禹系统支持云快照功能了，最高支持天级快照，每天凌晨快照一次，相当于每天一个存档点。假如用户自己误操作导致误删除文件，由于服务器的高速写入，文件已经被覆盖无法恢复，后续通过云快照功能可以成功恢复文件。

2025-06-03 16:17:36 322

原创新版大禹系统使用教程

西柚云新大禹系统正式上线，系统经过全面重构，优化了UI和模块布局，为与官网系统融合奠定了基础，旨在提升用户体验。系统提供独立环境、灵活调度、开箱即用、数据保障和入侵防御等五大特点，确保用户数据安全与高效使用。新增XiYou AI智能编程助手，支持Rstudio中的AI对话、代码生成与注释功能。系统还提供线路检测、帮助文档、用户中心、仪表盘和云服务器管理等功能，用户可便捷管理实例、镜像和存储卷，支持实例的创建、启动、停止、重启和迁移等操作。西柚云致力于为用户提供高效、安全的云计算服务。

2025-05-15 11:30:00 1359

原创【高手局】怎么在Rstudio中debug

R生态很吸引人的一点是其有非常多的R包可以使用，但是有时候我们使用这些R包的函数的时候，其磨磨蹭蹭半天不出结果，有时候真的很想钻进函数里面看下代码们到底在干什么。那么有方法可以钻进函数里面一探究竟吗，有的兄弟有的，这就是debug技术。debug技术是我们进阶的必备基础技能，这个技能也是通用的技能，可以横向拓展到其它编程语言。下面我们一起学习一下如何在Rstudio中debug。

2025-04-24 11:30:00 2143

原创 Rstudio接入Deepseek保姆级教程

前段时间西柚云推出的Rstudio AI编程R包，吸引了很多同学尝试使用，有部分同学反馈安装步骤比较难懂。下面我们将针对最近收集到的常见问题，进行更详细的介绍。我们非常欢迎大家使用这个工具，向我们提出宝贵的意见以及建议，这个工具免费给大家使用，大家请放心使用，不用担心Token用完。

2025-04-22 12:00:16 1657

原创生信的福音！Rstudio接入Deepseek，开启自动编程新时代

- 近些年的AI大模型实在是火热，AI在知识搜索与总结方面给我们节约了不少时间。西柚云结合大家对AI编程以及日常运行任务时的实际需求，采百家之长，推出了不用魔法上网就能使用的Rstudio编程实用小工具。入口地址：https://dayu.xiyoucloud.net/#/agentTutorials

2025-04-11 13:30:18 1686

原创怪谈级别疑难问题收录

本文讨论了生信分析中常见的软件问题及其解决策略，包括R及其生态系统中的bug排查、环境管理工具的使用，以及特定软件问题如CellChat、Rstudio、AutoDock Vina和SeuratV5的案例分析。

2025-04-03 12:00:00 1095

原创 Rstudio如何使用Conda环境配置的R

Rstudio作为一款流行的R语言集成开发环境（IDE），为用户提供了便捷的编程体验。然而，不同项目可能需要不同版本的R，这就需要我们灵活切换R版本。除了在之前文章中提到的的方法之外，今天给大家介绍另一种方法：通过创建 Conda 环境并修改 Rstudio 配置来使用 Conda 环境中配置的 R 版本。这种方法可以灵活地切换 R 版本，以适应特定项目的需求。

2025-03-28 12:00:00 2529

原创任务忘了用nohup挂后台了怎么办

在 Linux 系统中，我们如果需要运行一些长时间的任务，可以使用 nohup 命令将任务放到后台运行，以避免因终端关闭而导致任务中断。但如果在运行任务时忘记使用 nohup，已经把任务运行起来了，又不想终止后再重新运行挂后台，如何将已经运行的任务放到后台呢？

2025-03-21 12:00:00 997

原创我们可能用错Rstudio了

本文介绍了RStudio启动缓慢的原因及解决方法，包括关闭自动注销、保持浏览器登录、使用后台任务运行和通过Linux终端执行代码等优化技巧。

2025-03-13 14:45:39 949

原创 VS Code连接服务器教程

VS Code（全称 Visual Studio Code）是一款由微软推出的免费、开源、跨平台的代码编辑神器。VS Code 支持所有主流操作系统，拥有强大的功能和灵活的扩展性。

2025-03-08 16:29:19 1631

原创怎么让命令后台运行之拓展篇

之前在西柚云公众号发表的这篇文章里说到Jupyter、Rstudio等软件后台运行的方法和nohup、screen等命令的使用，今天我们就来补充一下screen命令的几个常见问题以及另一个后台运行命令——tmux命令的使用。

2025-02-28 22:11:21 369

原创怎么使用服务器运行pySCENIC

本文我们整理了在服务器上运行pyscenic的三个方法供大家参考，分别是conda安装pyscenic运行、arboreto_with_multiprocessing运行、容器化运行。

2025-02-14 13:27:53 1778

原创 Jupyter占用内存高问题排查解决

面对交换内存占用过高的问题，关键在于快速识别和处理占用资源的程序。本篇文章让我们能够有效地定位和解决内存占用问题，保持服务器的高效运行。记得定期检查和优化程序，以避免未来的内存溢出。

2024-12-27 18:00:42 1174

原创 Linux病毒大扫除：值得收藏的病毒查杀技巧

希望大家重视自己的服务器安全问题，按照我们的教程落实防护工作。本文总结了Linux服务器病毒查杀的多个思路和技巧，值得收藏转发以备不时之需

2024-12-18 17:20:43 1726

原创这可能是GitHub R包安装的最优方法

西柚云镜像站聚合了多种资源仓库，涵盖常用静态资源文件、Docker镜像仓库、Conda仓库、APT仓库、CRAN仓库等，且其独有的GitHub R包代理，能加快devtools和remotes安装R包的速度，为生信科研助力，不再为网络问题无法安装软件而烦恼。各种仓库的使用教程，可以参考西柚云公众号以往发布的文章《西柚仓库集合》或者依据镜像站内的指引使用。

2024-12-09 15:06:18 935

原创 x86_64-conda-linux-gnu-cc not found

可是在 conda 的对应目录中这个 x86_64-conda-linux-gnu-cc 是已经安装好的。更奇怪的是，这个包在 R 的交互环境中可以安装好（在终端中输入 R，然后执行相关的装包代码）,而在 rstudio 中运行相应的装包代码是却会出现报错。这里的 CC 看起来是一个变量，最后我在该文件的第 16 行找到了它，它的值是 x86_64-conda-linux-gnu-cc, 我将它改为了 x86_64-conda-linux-gnu-cc 这个文件的绝对路径，这样就不会报错。

2023-02-08 23:06:11 16235 6