空间转录组

写在前面

尝试尝试理解空转
参考：
1.Seurat空间转录组分析（一）数据读入：https://mp.weixin.qq.com/s/06qiP4_yE8UOvXt4eP6org
很全
2.

一些概念

1.空转相对于转录组是加入了空间信息，但由于是slot的平均mRNA表达，所以出现单细胞的数据输出格式。精度大于转录组，小于单细胞，所以并不是单细胞
2.空转理论只对少count和少UMI技术的slot质控，其他要求不多
3.提取原始数据，后用标化，发现一些count为零的数据是被填充了

下载数据

10x官网可以下载，10x网址,下面链接是我的下载数据，中途还会让你填一些信息https://www.10xgenomics.com/resources/datasets/human-lung-cancer-11-mm-capture-area-ffpe-2-standard
下载两个文件，一个是filter后的表达谱文件h5格式的，一个是空间位置信息

空间信息下载完之后，把它解压到文件夹内，我的文件布局如下

三级目录