TCGA_临床数据下载

郁柳_Fudan

已于 2022-04-24 19:01:11 修改

阅读量2.9k

点赞数 1

CC 4.0 BY-SA版权

分类专栏： TCGA 文章标签： r语言

于 2022-03-22 21:53:49 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_59289660/article/details/123670374

本文介绍了如何从GDCquery筛选并下载TCGA-PRAD项目的临床数据，重点讲解了如何获取XML格式的完整临床信息，包括药物、随访、放射治疗等，并使用GDCprepare_clinic()处理数据。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

一、数据下载

1 GDCquery筛选-GDCDownload下载-GDCprepare_clinic()读取数据

1）下载indexed简化版数据： ——正常就够了

data_cl <-GDCquery_clinic(project = "TCGA-PRAD", type = "clinical")

write.csv(data_cl, file = 'data_cl_index.csv', row.names =F)

2）下载XML数据：

query <-GDCquery(project = "TCGA-PRAD", 
                 data.category = "Clinical", 
                 file.type = "xml")

GDCdownload(query, 
            method = "api",
            directory = "GDCdata", #默认文件夹名称
            files.per.chunk = 6) #网速慢可以设小一点

#循环输出所有数据
clinical.info<-c("drug","follow_up","radiation","patient","stage_event","new_tumor_event","admin")
for(i in clinical.info){
  data_cl <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = i)
  write.csv(data_cl, file = paste0('TCGA-PRAD_clinical