TCGA临床数据和各种组学数据自动批量下载和处理教程

已于 2024-10-22 18:58:38 修改
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分类专栏： 生信 生物信息学 科研 文章标签： r语言 数据挖掘 数据可视化
于 2024-10-22 18:22:14 首次发布
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版权

TCGA临床数据和各种组学数据自动批量下载和处理教程

TCGA转录组RNAseq数据下载

参数含义详细介绍

func_tcga__project__strs: 要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

func_download__method:TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: rnaseq ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_rnaseq_download

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 运行结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rnaseq_download_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

0b6eda44c5304d516277863441189ae9.jpeg

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rnaseq_download_last_final_run_res_log.csv

下载结果展示

结果文件列表

b7eba7ee3239b0a4cd78894623b7bf21.jpeg

TCGA临床数据下载

参数含义解释

func_tcga__project__strs:要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

func_download__method: TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

给定参数的默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: clinical ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_clinical_download

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_clinical_download_last_final_run_res_log.csv

窗口的截图

5e73ca6076bdab9e2e060ed9300065b8.jpeg

下载结果信息显示

结果文件信息

ca29f6fb4b3b5ce0058041c1f4f94f86.jpeg

结果文件中的信息

021d4f5187fed802074b1ad5276185e6.jpeg

TCGA突变数据下载

参数解释

func_tcga__project__strs: 要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

func_download__method: TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir: 是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

已给定的参数的默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: mutation ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_mutation_download

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 运行结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mutation_download_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

fcfe0f5246936dec16d964a3d7df1369.jpeg

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mutation_download_last_final_run_res_log.csv

下载结果信息展示

结果文件列表
a2b9c3386df4afd20b1cc3c672aa71a4.jpeg

Maf突变文件内容

8e5e4060296b23f7b545b960d629cbc2.jpeg

TCGA拷贝数变异数据下载

参数详细解释

func_tcga__project__strs:要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

func_download__method:TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: cnv ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_cnv_download

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_cnv_download_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

73b31fa8687b6ce5d6acc44740d102cc.jpeg

运行完成的显示信息

执行已完成, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_cnv_download_last_final_run_res_log.csv

下载结果展示

结果文件列表

add5fc24841649167d2075e6b836e8b9.jpeg

结果文件

99fce617247739678cb634c7b2802695.jpeg

TCGA RPPA蛋白芯片数据下载

分析参数详细介绍

func_tcga__project__strs: 要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

func_download__method: TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function: 是否嵌套函数

run_file_path: 数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir: 是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: protein ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_rppa_download

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rppa_download_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

0d0013769f81e48dbdfa752554e8c097.jpeg

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_rppa_download_last_final_run_res_log.csv

下载结果展示

结果文件列表

0960ebef5948664414c389d16f8f7435.jpeg7f1fd4180fdaec166add982cdd32938e.jpeg

TCGA mirna测序数据下载

参数解释

func_tcga__project__strs：要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type：要下载的TCGA数据类型

func_download__method：TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function：是否嵌套函数

run_file_path：数据要下载到的目录

run_read_file：是否要读取文件

run_add__res__dir：是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix：是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir：是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name：是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

已给定的参数默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: mirna ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_mirna_download

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 运行结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mirna_download_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

a9585e4d8c55d37d3143660237f8059b.jpeg

执行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_mirna_download_last_final_run_res_log.csv

下载结果展示

结果文件列表

ff35affa336e5777d9586fb50b375677.jpeg

结果文件内容

7af97d995974cb7086761db928872d58.jpeg

TCGA甲基化数据下载

分析参数详细解释

func_tcga__project__strs:要下载的TCGA癌症类型名称

func_data__type:要下载的TCGA数据类型

func_download__method:TCGA数据下载的方式，默认为api方式

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:数据要下载到的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否创建一个叫res_dir的结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

run_analysis_type_name:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

已给定的参数的默认值

func_tcga__project__strs: TCGA-ACC;TCGA-DLBC ;

func_data__type: methylation ;

func_download__method: api ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/tcga ;

run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE ;

run_analysis_type_name: tcga_methylation_download

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_methylation_download_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

6907e4b508bc88a632c294b8c64d055e.jpeg

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data\tcga_methylation_download_last_final_run_res_log.csv

下载结果展示

ef3dc5fd1e910a9bb0dc9c3b139c7f8b.jpeg

d527693b49f2455797aca609530eb47a.png

 

 

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TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包
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[【生物信息学实操手册】：TCGA-STAD胃癌数据批量下载与高效管理策略](https://opengraph.githubassets.com/fd42b7c87a417071847396ad23fc17abc42df877901868b5e411817bbd18c494/whirlsyu/TCGA) # 摘要 本论文系统...
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