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原创 TCGA数据集筛选方法

按不同方式筛选TCGA数据集

2025-09-02 17:06:36 275

原创 viscode,cursor调试技巧:使用同一个launch.json调试不同任务代码

viscode便捷调试带命令行参数代码

2025-05-12 12:14:34 364

原创 如何下载网页音乐

无插件不收费下载网页媒体

2025-03-14 22:02:25 581

原创 仅关闭屏幕显示,但不使电脑休眠的电脑自带程序

在电脑系统目录: C:\Windows\System32 下,找到 scrnsave 应用程序,该程序可使电脑屏幕显示关闭。恢复屏幕显示方式:随意滑动鼠标或按任意键即可。对其创建快捷方式至桌面,双击运行即可。

2025-03-11 08:51:08 378

原创 代码运行时将print输出内容自动保存为日志log.txt文件

其中args.model是需要自己提供的日志路径,最终日志保存在args.model\log.txt中(args.model是我自己代码中的超参数,其他代码可直接将此参数替换成路径)。实现结果是将对应应该在print中输出的值,使用logging.info输出到终端,同时将其保存在log.txt中。

2024-12-11 15:44:47 336

原创 下载TCGA-LUAD切片数据集(包括冰冻切片和石蜡切片)

11.Win+R打开终端:添加环境变量之后,输入gdc-client.exe即可调用软件,若未添加环境变量,则要输入完整路径。7.然后显示有1608个数据,其中522个切片,数据名中DX表示石蜡切片,TS、BS表示冰冻切片。10.将压缩包解压,得到gdc.client.exe应用程序,可以将其放置任意位置,便于记忆管理。输入gdc-client.exe -h可以查看是否能成功调用。9.下载官方数据下载软件gdc-client。3.为该组命名,可以取任意名字,然后点Save储存。5.选择刚才保存的组。

2024-11-28 21:21:43 1169

原创 复现f2f_ldm(windows11+pycharm)

在虚拟环境的"../huggingface_hub"中找到constans.py文件,将里面的默认网址改为镜像网址即可。论文地址:https://arxiv.org/abs/2404.12650。2.按报错处理1解决huggingface预训练模型下载问题。3.run.py添加测试参数:(pycharm修改运行配置)1.常见的huggingface在国内无法下载模型的问题。运行代码卡在这里,表示从github下载预训练权重。:开梯子打开网址可直接下载,并将其放置于指定路径。

2024-11-28 10:07:22 446

原创 经典报错:huggingface国内无法下载预训练模型问题

在虚拟环境的"../huggingface_hub"中找到constans.py文件,将里面的默认网址改为镜像网址即可。找了很多大佬的解决办法,基本都是这个方法,但是不知为何在我这里无法成功,如果有大佬知道原因可以帮我解答一下。由于国内无法连接huggingface,无论是开梯子还是按如下图其他人的说法配置镜像网站,都没起到效果。

2024-11-28 09:11:47 852

原创 复现AI-FFPE(图像风格转换)

A为源域图像,B为目标域图像,生成trainA.txt、valA.txt、testA.txt、trainB.txt、valB.txt、testB.txt等文件,用于记录数据名称。与CLAM代码不同的是,他存入了imgs,即在h5文件中存入了小图。配置环境,安装好分割图像所需要的包。1.报错:生成的tiff图像是损坏的。3.处理病理图像,分割成小图。1.配置环境:与CUT一致。将.h5文件转换成png。

2024-11-05 16:18:45 586 2

原创 RAM-MIL复现

由于步骤3需要所有切片的注意力分数,所以用excel编辑了一个将所有切片都视为trian的.csv文件,然后使save_slides.py先输出所有切片的注意力分数,然后复制所有的切片注意力分数到自定义文件夹。再删除attention_dir和slide_dir,重新按正常流程输出。提供相应地址,运行attention.py。保存训练集的slide级特征和注意力分数。注意特征维度和注意力分数维度需要相同。CLAM流程训练clam_sb。

2024-10-24 10:27:17 182

原创 从TCGA下载数据集

2.下载专用下载工具(1.从tcga官网(

2024-10-24 10:25:26 2500 2

原创 如何在某些不能复制粘贴的网站(例如某些无关紧要的考试)粘贴内容

1.随便在内容框里输入内容。并右键选择检查或按F12。然后就搞定了,再也不用老老实实一个字一个字敲了!3.文档内容就在如图所示位置里:两个p之间。经常遇到这种无法粘贴的网页,如何搞定呢?

2024-10-17 18:00:04 2332 2

原创 复现CUT

5.按流程运行训练代码和测试代码即可。

2024-10-17 17:45:24 400

原创 汇总MHIM,RRT,pathology-mil

-model_path:日志根路径。--project:日志子路径。--title:日志名称。

2024-09-04 17:30:46 270

原创 LongNet复现

解决办法:在膨胀注意力计算时,代码没有将输出维度与输入维度统一,修改这部分代码使其维度统一。1.出现block(x) + x维度不统一导致无法想加报错。1.将代码文件拷贝到WSL。运行train.py文件。

2024-07-30 15:29:17 278 2

原创 Vscode如何能正确引入上级目录里的包

1.为项目创建虚拟环境,例如该项目,我创建的虚拟环境为LONGNET-MASTER。2.找到环境路径,并打开该环境下的site-packages文件夹,如上图所示。然后回到项目里,你就会发现代码能正常运行了。(原理我也不懂,跟着别人教程搞的)如果不做处理,引入其他文件内的函数会报错,表示找不到文件。3.在该文件夹下新建一个文件:mypath.pth。

2024-07-22 20:15:44 900

原创 使用Vscode调试运行带args参数的代码

1.创建launch.json文件:2.编辑launch.json文件:

2024-07-10 16:57:31 504

原创 WSI切小图

使用代码:仅使用tile_WSI.py。

2024-07-08 09:17:50 200

原创 MHIM-MIL复现

【代码】MHIM-MIL复现。

2024-04-11 09:41:06 647 4

原创 bayes_mil复现

-data_root_dir:数据地址,其中需要包含pt_files和h5_files。1.使用其他数据集的时候在读取h5文件中的"features"时说没有该属性,未解决。--dataset:我自定义的日志输出子目录,便于在不同数据集时记录在不同文件夹。--exp_code:日志输出地址。

2024-04-03 19:06:43 391 1

原创 MDMIL复现

表示模型没有forward:在dsmil.py文件中模型中def forward需要往右整体移动一个Tab。注意给的参数不要带引号,否则地址目录也会带引号导致识别不到正确路径。标签格式类似于这样,提供测试集的标签列表。给予按上面格式创建好的根目录。

2024-03-20 23:11:01 237 3

原创 FRMIL复现过程

按照scripts/train/wsi_frmil.sh的数据设置超参数:注意超参数前方只需一个-,与定义时对应。给予前面下载的feats_simclr_m1_l1_sat_dsmil目录。下载指定c16数据集,可能需要翻墙才能进入指定网址,:提供,但不需要赋值。:提供,但不需要赋值。

2024-03-19 18:54:29 206 1

原创 RRT-MIL复现记录

提供数据标签的label.csv文件内容格式为:两列,第一列记录slide_id,第二列记录label,不需要表头。:给定数据集根目录。根目录下需要有label.csv文件,以及特征数据集.pt文件夹。与model_path路径拼接,将输出结果保存在对应项目名称文件夹内。输出训练后的模型权重ckp.pt文件,和最高性能权重。提供模型名称,令代码运行指定模型。

2024-03-18 11:09:16 823 1

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