docker安装+deepvariant1.5.0安装 ------ CentOS 7

步骤 1：移除旧的 Docker 安装（如果已安装）

如果你之前已经安装了 Docker，你可以通过以下命令卸载它：

sudo yum remove docker docker-client docker-client-latest docker-common docker-latest docker-latest-logrotate docker-logrotate docker-engine

步骤 2：安装所需的依赖包

确保你的系统安装了所需的依赖包：

sudo yum install -y yum-utils device-mapper-persistent-data lvm2

步骤 3：添加 Docker CE 软件仓库

执行以下命令以添加 Docker 的软件仓库：

sudo yum-config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo

步骤 4：安装 Docker CE

更新软件仓库并安装 Docker：

sudo yum install docker-ce

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此过程可能会出现报错，如

Error: Package: 3:docker-ce-24.0.5-1.el7.x86_64 (docker-ce-stable)
           Requires: container-selinux >= 2:2.74
Error: Package: docker-ce-rootless-extras-24.0.5-1.el7.x86_64 (docker-ce-stable)
           Requires: fuse-overlayfs >= 0.7
Error: Package: containerd.io-1.6.22-3.1.el7.x86_64 (docker-ce-stable)
           Requires: container-selinux >= 2:2.74
Error: Package: docker-ce-rootless-extras-24.0.5-1.el7.x86_64 (docker-ce-stable)
           Requires: slirp4netns >= 0.4
 You could try using --skip-broken to work around the problem
 You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigest

说明缺少一些依赖，包括container-selinux >= 2:2.74，fuse-overlayfs >= 0.7，slirp4netns >= 0.4

可以通过手动下载这三个依赖后，手动安装。
下载地址：http://mirror.centos.org/centos/7/extras/x86_64/Packages/
安装方法：sudo rpm -ivh xxx.rpm,以container-selinux为例

sudo rpm -ivh container-selinux-2.107-3.el7.noarch.rpm

所有缺少的依赖安装完成后，继续重复步骤4，就不会再出现报错
参考文章：https://www.cnblogs.com/gaowengang/p/13212320.html

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步骤 5：启动 Docker 服务

安装完成后，启动 Docker 服务并设置为开机自启动：

sudo systemctl start docker
sudo systemctl enable docker

步骤 6：验证安装

运行以下命令来验证 Docker 是否成功安装：

sudo docker --version

步骤7：用户权限设置（可选）

默认情况下，只有 root 用户和在 docker 组中的用户才能运行 Docker 命令。如果你希望普通用户也能运行 Docker 命令，可以将用户添加到 docker 组中：

sudo usermod -aG docker your_username

记得将 your_username 替换为你的实际用户名。

步骤8：DeepVariant的安装

BIN_VERSION="1.5.0"
# 拉取镜像
sudo docker pull google/deepvariant:"${BIN_VERSION}"

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如果服务器有网络限制，此过程可能会出现报错，如：
Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": tls: failed to verify certificate: x509: certificate signed by unknown authority
可以给docker加代理，方法详见，上个帖子：
yum/curl/wget/conda/pip/docker代理和镜像源配置 centos
然后重新拉取镜像

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DeepVariant使用方法参考：
DeepVariant的安装和使用
DeepVariant github 首页
PacBio HiFi data案例