【PaperReading】fusionDB:assessing microbial diversity and environmental

《fusionDB：assessing microbial diversity and environmental preferences via functional similarity networks》

《fusionDB：通过功能相似网络评估微生物多样性和环境偏好》

摘要

微生物功能多样化是由环境因素驱动的，即生活在同一环境生态位的微生物往往比生活在不同环境中的微生物在功能上更相似。在某些情况下，即使是亲缘关系密切的微生物，在不同环境中的差异也比在不同类群中的差异更大。虽然微生物的相似性经常在分类关系方面被报道，但是没有现有的数据库直接将微生物的功能与环境联系起来。我们以前开发了一种方法来比较微生物功能相似性的基础上翻译的蛋白质从其测序基因组。在这里，我们描述了fusionDB，这是一个新的数据库，使用我们的功能数据来表示1374种分类上不同的细菌，并使用可用的元数据进行标记:栖息地/生态位、预发酵温度和氧气使用。每一种微生物都被编码成一组由其蛋白质组表示的功能，而个体微生物通过共同的功能连接在一起。用户可以通过组合有机体名称和元数据来搜索fusionDB。此外，web界面允许将新的微生物基因组映射到参考细菌的功能谱，从而呈现强调共享功能的交互相似性网络。fusionDB提供了一种快速的方法来比较微生物，识别潜在的水平基因转移事件，并突出关键的环境特异性功能。

介绍

微生物能够执行许多与人类利益相关的分子功能，包括健康、工业生产和生物修复。对这些微生物进行实验研究，以优化它们的使用，既昂贵又费时;如三人生化/生理测试只反映5 - 20%(1)细菌功能潜力。最近大幅增加数量的微生物基因组测序hasfacilitated对微生物分子功能的访问从基因/蛋白序列,通过数据库(2)包含了一样,齿轮(3),TIGRfam(4),拉斯特