【PaperReading】PHI-base: a new interface and further additions for themulti-species pathogen

PHI-base数据库提供了病原体-宿主相互作用的详细信息，新版本4.2增加了2219条手动管理的引用，涵盖264个病原体和176个宿主。更新包括改进的搜索功能、新工具PHI-BLAST和作者管理工具phio-canto。数据库特别关注了病原体效应蛋白在植物宿主中的直接靶标。

《PHI-base: a new interface and further additions for themulti-species pathogen–host interactions database》

《PHI-base：一个新的接口和进一步增加的多物种病原体-宿主相互作用数据库》

摘要

病原体-宿主相互作用数据库(PHI-base)可在www.phi-base.org上获得。phi_base包含有关基因的精心策划的分子和生物学信息，这些基因被证明会影响在同行评审的研究文章中报道的病原体-宿主相互作用的结果。此外，表明特定基因改变不影响疾病相互作用表型的文献被整理，以提供完整的数据集用于比较目的。病毒不包括在内。在这里，我们描述了一个修改后的phi4数据平台，具有改进的搜索、过滤和扩展的数据显示功能。提供了一个PHIB-BLAST搜索功能，并提供了到phio - canto的链接，phio - canto是作者直接将自己发布的数据整理成phio -base的工具。PHI-base 4.2版本(2016年10月)的新版本增加了包含2219个手动管理引用的数据内容。这些数据提供了来自176个宿主的264个病原体的4460个基因的信息。原核和真核病原体的数量几乎相同。宿主物种约70%属于植物，30%属于其他具有医学和/或环境重要性的物种。ph -base 4中包含的其他数据类型是实验和自然宿主生物中病原体效应蛋白的直接靶标。简要讨论了phibase项目中存在的问题和未来的发展方向。