基因融合检测：1、基因融合数据库、融合检测软件汇总

基因融合是通过DNA双链断裂引发的染色体重排，是引起癌症的基因组标志之一，3%的肿瘤样本可能含有致癌的、复发性激酶融合基因，

对gene融合相关文献和数据库进行统一梳理：

名称	类型	说明	融合检测情况	备注
TCGA database	数据集	13786 tumor samples in 33 cancer types
Tumor Fusion	数据集	利用TCGA利用他们的数据集进行分析构建的	应用他们自己的计算管道PRADA，从TCGA数据库中的9966个肿瘤样本和648个正常样本中鉴定出20731 个基因融合
FAWG	TCGA融合工作组	TCGA研究网络的融合分析工作组(FAWG)使用TCGA的数据	TCGA研究网络的融合分析工作组(FAWG)使用多种融合调用工具调查了9624个肿瘤，并确定了25 664 个“可靠的”融合事件
GFusion、FusionScan、STAR-Fusion	检测融合软件	已经获得了更高的灵敏度和更少的假阳性
INTEGRTATE-Vis	融合可视化工具	一个全面的基因融合事件的可视化工具
FusionDB	数据库	FusionGDB为从公共资源中聚合的融合事件提供了广泛的功能注释，应用到的数据库为：ChiTaRS、TCGAFAWG和ChiTaRS3.1	ChiTaRS3.1；改进的嵌合转录本和RNA-seq数据数据库； TumorFusions:癌症相关转录本融合（肿瘤融合）的整合资源； 癌症基因组图谱(TCGA)融合
Fusion-Hub	一个集成的web平台，注释和可视化	一个集成的web平台，支持来自24个资源的最大融合基因数据集的注释和可视化
ChimerDB4.0	数据集	ChimerDB是一个全面的融合基因数据库，包括深度测序数据分析(ChimerSeq)和文献、实验挖掘(ChimerPub)，具有广泛报道的人工注释(ChimerKB)。 此数据库实现了几个新特性来帮助评估融合基因功能意义，包括带有域信息的融合结构查看、融合阳性与阴性患者的基因表达图和STRING network viewer。	ChimerPub：基于pubmed检索来获得和基于实验为目的的融合基因结果，利用这个条目我们可以获得实验验证的结果，深度学习方法进行文本挖掘后进行升级，得到1257个融合基因，包括777个有实验支持的案例(ChimerPub-Plus)。 ChimerKB: 数据库除了文章检索也纳入了一些疾病相关数据库的数据，包括1597个发表支持、实验证据和断点信息。 ChimerSeq：65 945 个候选融合，其中21 106 个被多个程序(嵌合erSeq-Plus)预测，ChimerSeq现在覆盖了TCGA项目中的所有10 565名患者，并汇编了两个可靠的START-Fusion和FusionScan程序的计算结果，以及一些公共资源,同时提供ORF记录。