linux 升级r包,R包升级与降级

最新推荐文章于 2024-08-16 11:32:35 发布

Raymond Fei

最新推荐文章于 2024-08-16 11:32:35 发布

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文章标签： linux 升级r包

本文介绍了如何在Linux环境中针对单细胞RNA测序数据分析的R包Seurat进行升级和降级操作。通过remove.packages卸载现有版本，使用install.packages配合特定版本URL安装指定版本Seurat，并处理依赖包问题。此外，还提到了使用BiocManager::install来管理相关依赖包。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

A toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. ‘Seurat’ aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcriptomic measurements, and to integrate diverse types of single cell data. See Satija R, Farrell J, Gennert D, et al (2015) [doi:10.1038/nbt.3192](https://doi.org/10.1038/nbt.3192), Macosko E, Basu A, Satija R, et al (2015) [doi:10.1016/j.cell.2015.05.002](https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.002), and Butler A and Satija R (2017) [doi:10.1101/164889](https://doi.org/10.1101/164889) for more details.

一个R包，三篇文章，可以说是很牛了，因为它跨越了单细胞最火热的十年，所以不同文章使用的是不同版本的它，这样为了重复文章的某些分析图表，就需要使用指定版本的R包了。

在R包的CRAN可以看到：https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html

| Package source: | Seurat_3.0.2.tar.gz |

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| Windows binaries: | r-de