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RSS订阅原创 MySQL安装与配置
1.下载MySQL（版本5.7.11）：http://dev.mysql.com/downloads/mysql/5.1.html#downloads2.解压至c:/program files/MySQL5.73.免安装版没有data文件夹，下载MySQL MSI installer（版本5.7.11http://dev.mysql.com/downloads/windows/
2016-03-12 20:59:20
2754
转载 Install new version of R-base in Ubuntu
From: http://www.sysads.co.uk/2014/06/install-r-base-3-1-0-ubuntu-14-04/Step 1: Uninstall Previous R-base installationsudo apt-get remove r-base-coreStep 2: Update Sources.List File-
2015-06-05 10:30:17
1107
转载 For faster R use OpenBLAS
From: http://www.stat.cmu.edu/~nmv/2013/07/09/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/
2014-09-19 15:33:11
2133
转载 install Cytoscape on Ubuntu
Download the Cytoscape installation file for Linux from www.cytoscape.orgOpen a terminal and change the execution file propertychmod a+x Cytoscape_3_0_2_unix.shStart installation
2014-08-27 10:55:05
3248
转载 Linux新建和增加Swap分区
以前做过增加swap分区的事情，今天一个同事问到我如何做，故记个笔记整理一下吧。另外，以前我写过“交换分区swap的大小分配”，大家也可先看一下。我们都知道在安装Linux系统时在分区时可以分配swap分区，而系统安装后（在运行中）如何建立或调整swap分区呢？在装完Linux系统之后，建立Swap分区有两种方法。1.新建磁盘分区作为swap分区2.用文件作为swap分区 （操作更
2014-07-31 13:14:59
876
原创 complete mapping file between ids
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/irgsp1.html
2014-06-06 09:45:06
649
原创 Web sites for converting Gene IDs
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/tools/converter
2014-06-02 15:31:27
916
原创 Web sites searching for Gene/Protein Names/functions
# search for Gene/Protein Names## http://grassius.org/tf_browsefamily.html?species=Rice## http://grassius.org/grasstfdb.html## http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase_submission/gene_no
2014-06-02 15:24:06
803
转载 Fix the Problem with MergeList
I've had this error on numerous occassions this year (2014). After reading the reply and guessing at the action needed to fix it - stabbing at buttons in desperation - it's been fixed - I think.In
2014-05-30 08:55:49
1200
转载 create a github repository
Create a new repository on the command linetouch README.mdgit initgit add README.mdgit commit -m "first commit"git remote add origin https://github.com/swuteresa/rstudio-demo.gitgit push -u ori
2014-05-16 16:09:15
1236
转载 Ubuntu下编译安装R全记录
Posted in 四月 3, 2011 ¬ 00:27h.lijian13条评论 » 7,305 views Ubuntu下安装R很方便，可以在软件管理中心搜索r-base直接安装，也可以将CRAN的相关目录添加到源，然后通过apt-get安装：1sudo apt-get install r-base
2014-05-15 10:08:24
1952
原创 Linux下使用多个不同版本的R
On Linux, RStudio uses the version of R pointed to by the output of the following command:which RThe which command performs a search for the R executable using the system PATH. RStudio will there
2014-05-15 10:05:08
9896
转载 Linux中chown命令：修改目录或文件的所有权
原文地址：http://zhaoyuqiang.blog.51cto.com/6328846/1214718 文件与目录不仅可以改变权限，其所有权及所属用户组也能修改，和设置权限类似，用户可以通过图形界面来设置，或执行chown命令来修改。我们先执行ls -l看看目录情况：上图，查看zhaoyuqiang.html文件的权限，红色区域表
2014-03-19 08:46:56
7321
转载 Linux中chmod命令：修改文件或文件夹的权限
原文地址：http://www.cnblogs.com/zhj5chengfeng/p/3302440.html一. 文件（文件夹）的权限问题 一个文件或者文件夹，使用它的人有三类：root、当前用户和其他用户，例如，我们可以通过 ls -l xxx.xxx 来查看文件 “xxx.xxx” 的权限，比如我查看 /var/log/ 中的 boot.log 文件的权限：ls -l
2014-03-19 08:45:08
2109
转载 Mendeley插入引用和参考文献
1. 首先在word里点击insert citation，选择回到mendeley2. 然后选择要插入文档，点击select the document3. 回到word点击citation style,生成引用4. 最后文章写完了,新起一行,点击insert bibliography生成参考文献
2014-02-03 10:45:39
39552
2
转载 Ubuntu下察看电脑的硬件规格
命令： sudo dmidecode会分门别类地举出系统各个部分的所有信息。如果想看某一项，可以用sudo dmidecode -t processor (CPU核芯)sudo dmidecode -t memory (内存)sudo dmidecode -t cache (缓存)sudo dmideco
2014-01-27 16:18:05
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原创 Rstudio中包的安装与升级与身份的关系
在命令行以sudo身份运行 R CMD INSTALL安装的包或者“以管理员身份运行“RStudio之后安装的包，与以普通身份在Rstudio中安装的包不在同一个路径下，因此，如果存在包依赖或需要进行包的升级，需要以同样的身份安装后续包或者升级已有包。
2014-01-17 11:26:56
2923
原创 包affy,arrayQualityMetrics和RankProd的安装
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("affy")biocLite("arrayQualityMetrics")biocLite("RankProd")install Cairo in R should run these two commands first:sudo apt-get insta
2014-01-17 11:08:22
5168
1
原创 如何使用“没有公钥，无法验证签名“的软件源
有时我们在/etc/apt/source.list添加了软件源，然后执行命令sudo apt-get update后会出现类似如下的错误： W: GPG 错误：http://ftp.cn.debian.org squeeze Release: 由于没有公钥，无法验证下列签名： NO_PUBKEY AED4B06F473041FA 解决办法如下： gpg --keyserv
2013-12-13 14:53:39
9090
原创 Ubuntu下R包XML的安装
需要先在Terminal中安装libxml2-devsudo apt-get install libxml2-dev然后在Rgui或RStudio中安装XML package
2013-12-13 14:23:46
3211
转载 Linux下tar bz gz等压缩包的压缩和解压
转自http://biancheng.dnbcw.info/linux/300588.html解压就用得挺熟的了，突然不知道怎样压缩。。。惭愧。。 这是网上提供的方法： .Tar.gz 解压：Tar zxvf FileName.Tar.gz 压缩：Tar zcvf FileName.Tar.gz DirName 大致总结了一下Linux下各种格式的压缩
2013-12-09 09:26:39
1059
转载 ubuntu上安装 ibus Google拼音输入法
http://384444165.iteye.com/blog/1825029先声明错误，下面再转载，一是可以不用下载，二是安装cmake的时候简单是cmake是没法工作的，使用环境ubuntu12.04LTS。下载和安装cmake使用下面两个命令，直接进入cd那一步就ok了，还是很给力的，开放就是好，一如既往支持google，linux下输入中文也很流畅了。sudo
2013-12-09 08:57:52
863
原创 RHadoop的安装
1.RHadoop包含3个包：rmr, rhdfs和rhbase. rmr包：provides Hadoop MapReduce functionality in Rrhdfs包：provides HDFS file management in R rhbase包：provides HBase database management from within R.（目前不需要使用）2.安
2013-12-05 14:57:29
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原创 Linux上安装R
1.修改源列表文件：sudo vi /etc/apt/sources.list在该文件中添加：deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/其中http://mirror.bjtu.edu.cn/cran为选择的镜像服务器2.升级软件列表：sudo apt-get update
2013-12-05 09:23:23
6407
原创 linux上安装QQ(QQ版本太低已不支持)
1.通过软件管理中心，或在终端安装（假设版本为1.5）安装wine。sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-wine/ppasudo apt-get updatesudo apt-get install wine1.5sudo apt-get install winetricks或者在64位的Ubuntu上，安装ia32-libs 32位
2013-12-05 09:14:34
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原创 Linux Mint下中文输入法的配置
1. 直接执行：sudo apt-get install ibus2. 到 “控制中心>language support语言支持” 里面，把ibus设置为“键盘输入方式系统”。3. 在“添加或删除语言”里面，勾选“中文简体Chinese Simplified”.4. 注销，重新登陆即可。默认的输入法切换组合键：ctrl+space
2013-12-04 14:53:00
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转载 美国公开课网址
耶鲁大学公开课程：http://oyc.yale.edu/麻省理工大学公开课程：http://ocw.mit.edu/斯坦福大学公开课程：http://itunes.stanford.edu/加州大学伯克利分校公开课程：http://webcast.berkeley.edu/courses.php卡内基·梅隆大学公开课程：http://oli.web.cmu.edu/ope
2013-11-23 11:09:31
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原创 win 7 home版R package打包、发布、安装
首先，当然需要安装好R（假设安装目录为C:\Program Files\R\R-3.0.2）和Rtools（假设安装目录为C:\Rtools）1、在命令行模式下，修改环境变量，增加RTools和R在你的电脑上的安装目录下的bin子目录set path=C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin;C:\Rtools\bin;%path%由于这一修改不是永久性的，
2013-11-18 16:43:50
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转载 Shell脚本编写教程
建立一个脚本 Linux中有好多中不同的shell，但是通常我们使用bash (bourne again shell) 进行shell编程，因为bash是免费的并且很容易使用。所以在本文中笔者所提供的脚本都是使用bash（但是在大多数情况下，这些脚本同样可以在 bash的大姐，bourne shell中运行）。 如同其他语言一样，通过我们使用任意一种文字编辑器，比如nedi
2013-11-13 11:45:26
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转载 linux的chmod命令使用详解
在Unix和Linux的各种操作系统下，每个文件（文件夹也被看作是文件）都按读、写、运行设定权限。例如我用ls -l命令列文件表时，得到如下输出:-rw-r--r-- 1 bu users 2254 2006-05-20 13:47 tt.htm从第二个字符起rw-是说用户bu有读、写权，没有运行权，接着的r--表示用户组users只有读权限，没有运行权，最后的r--指其他人（othe
2013-11-12 20:41:04
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原创 近期计划
1. 并行平台搭建和使用, 并行程序开发和调试.2. 统计学习ESL3. Bayes和Empirical Bayes推理4. Bioinformatics算法及应用基础
2013-11-08 09:27:17
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转载 Hadoop的安全模式
NameNode在启动的时候首先进入安全模式，如果datanode丢失的block达到一定的比例（dfs.safemode.threshold.pct），则系统会一直处于安全模式状态即只读状态。dfs.safemode.threshold.pct（缺省值0.999f）表示HDFS启动的时候，如果DataNode上报的block个数达到了元数据记录的block个数的0.999倍才可以离开安全模式
2013-10-31 10:33:36
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转载 hadoop 创建用户及hdfs权限，hdfs操作等常用shell命令
原文：http://blog.youkuaiyun.com/larrylgq/article/details/7580488sudo addgroup hadoop#添加一个hadoop组sudo usermod -a -G hadoop larry#将当前用户加入到hadoop组sudo gedit etc/sudoers#将hadoop组加入到sudoer在root ALL=(ALL) A
2013-10-31 10:07:31
27078
转载 hdfs命令操作
转载自：http://www.dreamflier.net/blog/user1/3/2405.html 查看hadoop fs 建目录hadoop fs -mkdir /user/cloud/test 列当前目录hadoop fs -ls 列根目录hadoop fs -ls / 循环列目录hadoop fs -lsr / 上传到
2013-10-31 09:57:17
940
转载 Hadoop操作HDFS命令
转载自：http://www.juziku.com/sunlightcs/wiki/6017.htmhadoop fs 查看Hadoop HDFS支持的所有命令 hadoop fs –ls 列出目录及文件信息 hadoop fs –lsr 循环列出目录、子目录及文件信息 hadoop fs –put test.txt /user/sunlightcs
2013-10-31 09:49:47
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原创 Hadoop虚拟集群的搭建
主要参考：1. http://blog.youkuaiyun.com/bluetropic/article/details/93356752. http://blog.youkuaiyun.com/hguisu/article/details/7237395一、环境介绍:2个节点的虚拟机VMware，Ubuntu12.04 二、修改机器名sudo vi /etc/hostname
2013-10-30 21:31:18
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原创 终于配好Hadoop
经过5天的奋战，终于在两个节点的虚拟机上配好了Hadoop分布式环境，mark一下。主要是由于自己技术底子不好，以前没用过Linux，也不搞开发，家里电脑出问题了一般都是老公出面搞定的，哎……接下来是更为艰巨的，算法并行化设计，以及分布式环境下的程序调试。对于技术盲大妈来说，真的是伤不起啊。
2013-10-30 16:39:33
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转载 Ubuntu 查看和杀死进程
查看进程:1,ps -ef 命令 2,sudo netstat -antupActive Internet connections (servers and established)Proto Recv-Q Send-Q Local Address Foreign Address State PID/Program nam
2013-10-30 16:10:30
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