上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

最新推荐文章于 2024-12-06 10:19:56 发布
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本文介绍了如何将RNA-seq测序数据上传到NCBI的Sequence Read Archive (SRA)。首先，创建一个文件夹并链接fastq文件，接着，使用Aspera Connect软件进行上传。在上传过程中，需要注意从NCBI下载密钥，并填写样品表，特别是避免样品表中除样品名外的其他列信息完全相同，以避免错误。遇到问题时，务必仔细阅读NCBI的错误提示。

SRA - NCBI

example - NCBI

要发文章了，审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。

一般数据都是放在集群，不可能放在个人电脑上，因为有的数据大的吓人（几个T）。

所以我们就建一个文件夹，然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了（copy太慢，也太占空间）。

接下来，如何NCBI账号申请好了，那就可以直接上传了，用aspera来上传。

命令如下：

~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -QT -l10000m -k1 -d WGS_BACE2_paper* subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/zxli@gmail.com_nYYKcqx0/RNAseq

参考：　

原始数据极速上传NCBI SRA教程 - 比较全面，基本照着做就好了

使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据

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测序数据处理 —— 数据上传
dxs18459111694的博客
05-14 4658
NCBI的重要性不用说明，你知道的，它很重要。在发表文章时，一般都会要求公开文章中使用的数据。例如，将测序数据上传到NCBI的GEO或者SRA服务器中，然后在文章中使用数据库提供的编号，方便其他人检索和使用。下面，我们简单介绍一下NCBI测序数据的上传流程。注意：请确保读完整个文档再开始上传数据，切记！！
RNA-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
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微生信
06-26 1633
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NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据
bioyigene的博客
10-17 3601
本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！
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相羽
10-21 1万+
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qq_53971833的博客
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Dzfly
08-19 2424
写在前面——在学习RNA-seq时，需要从网上下载公开数据集来上手分析，大部分教程都很古老，其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了，甚至可以直接下载fastq文件。但是，直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线，因为文件里的测序质量都是30，要想下载带正常质量数据的文件需要换一种方法。
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组学数据上传（六）|GEO数据库数据上传实操
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1）注册账号：进入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 网页，找到页面右上角Sign in ，进入页面后，点击页面中的Sign up，根据自己喜好，选择对应的账号进行注册，按照提示填写账号、密码、邮箱等信息。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Log in，然后点击左上角的NCBI大图标回到NCBI的主页，点击图中Submit按钮进入提交数据页面。上传结束后，可点击Notify GEO，提醒GEO后台人员上传完成，可以进行审核。
超详细的GEO数据上传攻略，一看就会
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悟道西方
12-06 3817
数据上传需要提交各种类型的数据、表格（）和资料，过程比较繁琐。之前有出过推文介绍测序数据上传到哪-，里面不仅介绍了windows系统的上传方法，也提供了linux下lftp上传的上传脚本。原文篇幅有限，现整合一份详细的数据上传指南，每一步都有说明，一看就会，再也不用担心数据上传。全称，成立于2000年，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库，主要收录高通量基因表达数据(除SRA数据库之外（），GEO数据库也是目前文章投递数据上传的数据库之一。以下主要介绍RNA-seq (
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