转录组入门(1)：安装软件

最新推荐文章于 2025-09-04 16:51:32 发布

weixin_30685029

最新推荐文章于 2025-09-04 16:51:32 发布

阅读量231

点赞数

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签： python

原文链接：http://www.cnblogs.com/freescience/p/7277567.html

本文提供了一步一步的指南来安装RNA-seq数据处理中常用的三个工具：HISAT2用于短读序列比对，samtools用于SAM文件操作，HTSeq用于计数基因表达水平。安装过程涉及下载源码包、配置环境及编译安装等步骤。

HISAT

wget ftp:// ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip
unzip hisat2-2.1.0-source.zip
cd hisat2-2.1.0
make # 在此之前要安装g++和gcc，用sudo apt install 安装
rm -f *.h *.cpp

samtools

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2
tar xvfj samtools-1.5.tar.bz2
cd samtools-1.5
./configure # 根据configure检测，安装系统依赖的模块，直到没有报错
make
sudo make install

HTSeq

# 安装依赖
sudo apt-get install python-pip
pip install --upgrade pip
sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq
pip install HTSeq

转载于:https://www.cnblogs.com/freescience/p/7277567.html