BLAST - 序列数据库搜索

最新推荐文章于 2023-02-28 10:38:31 发布

转载最新推荐文章于 2023-02-28 10:38:31 发布 · 353 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

原文链接：http://www.cnblogs.com/leezx/p/6211369.html

文章标签：

#数据库

本文介绍了生物信息学入门的重要技能之一：BLAST比对。通过北大生物信息公开课的相关章节，读者可以快速了解序列数据库搜索的基本概念及BLAST算法的应用。

我生信入门，老师就要求我学好blast比对，说得也确实是很有道理，是个人都知道比对是最基本的东西，现在再想想那老师的建议，也只能呵呵一笑。

北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索，可以好好看看，快速入门。

序列数据库搜索

BLAST算法

Basic Local Alignment Search Tool

BLAST使用

转载于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/6211369.html

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

weixin_30273931

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明_生物信息学blast

04-16

1718

Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。这里使用linux版本，直接下载二进制的程序，注意如有报错，请按报错配置好gcc等依赖环境即可（一般是gcc版本问题）。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的序列进行比对，输出比对结果。

生物信息学导论-北大-序列比对-序列数据库搜索

陆沙的博客

01-11

1005

生物信息学中的序列比对

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

报错BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database[db] in search path的可能原因

热门推荐

keepaware的博客

07-26

1万+

BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/dbname] in search path的可能原因

【实用教程】本地blast使用及简单python脚本辅助

Eumenidus的博客

03-24

8116

如何简单快速使用本地化blast进行检索

本地blast建库显示文件不存在

Cdsemp的博客

02-28

1165

BLAST报错

blast-2.2.26-x64-linux

06-23

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一种高效的序列比对工具，用于快速查找数据库中与查询序列具有高度相似性的序列。标题中的"blast-2.2.26-x64-linux"表明这是...

blast-2.2.26-x64-linux.tar.gz

02-02

BLAST是一款生物信息学工具，主要用于比较和搜索核酸或蛋白质序列，帮助科研人员在大规模序列数据库中寻找相似性。 BLAST软件由美国国家生物技术信息中心（NCBI）开发，是生物信息学领域最常用的工具之一。它的核心...

ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz

04-21

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一种序列比对工具，用于快速查找数据库中与给定序列具有高度相似性的序列。NCBI BLAST 2.6.0+是该软件的最新版本，专为64位...

ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux .tar.gz

11-18

BLAST的核心功能包括快速的序列比对算法，能够在海量序列数据库中搜索相似片段。这一版本的BLAST提供了多个子程序，如blastn（用于DNA-DNA比对）、blastp（用于蛋白质-蛋白质比对）、blastx（用于DNA到蛋白质的翻译...

BLAST数据库搜索

wangprince2017

09-04

1418

轻松理解BLAST搜索原理

weixin_46432623的博客

04-14

9964

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool 基于局部比对搜索工具（基于北京大学的生物信息学课程总结）序列比对一般使用动态规划算法 (Simith-waterman 算法) 来实现，对于两两比对(pairwise-alignment)而言，大O时间为Cmn (c为常量，表示单位操作时间， m， n分别为序列长度)。如果使用动态规划算法比对数据库中的每一条...

数据库 索引，序列的理解与使用方法

ipllt

11-28

3636

索引是建立在数据库表中的某些列的上面，是与表关联的，可提供快速访问数据方式，但会影响增删改的效率；常用类型（按逻辑分类）：单列索引和组合索引、唯一索引和非唯一索引。什么时候要创建索引（1）在经常需要搜索、主键、连接的列上（2）表很大，记录内容分布范围很广（3）在经常需要根据范围进行搜索的列上创建索引，因为索引已经排序，其指定的范围是连续的（4）在经常使用在WHERE子句中...

bigdataage的专栏

06-05

2324

blast 建库

biolxy的博客

07-12

4948

makeblastdb -in Os.fa -dbtype prot -title Os_protein -parse_seqids -out Os_pro_db Os.fa

blast 数据库说明

weixin_33901843的博客

02-24

585

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 r...

序列比对算法-计算生物学

SoundSlow的博客

10-08

1万+

1.序列比对指将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处。序列中可以插入间隔（通常用短横线“-”表示）。对应的相同或相似的符号（在核酸中是A, T(或U), C, G，在蛋白质中是氨基酸残基的单字母表示）排列在同一列上。这一方法常用于研究由共同祖先进化而来的序列，特别是如蛋白质序列或DNA序列等生物序列。进行相似度分析。 2.分类全局比对：将两个序列中的所有字符都进行依次比对，由于各方面的缺陷，

NCBI---- Blast资源及介绍（含链接）

张文倩(数据库学生)

10-10

1814

Alignment--本地blast使用详解1-数据库序列检索下载及比对

qq_39859424的博客

11-27

5906

是一篇来自2018年10月7日的笔记。当时做了一批土壤氨氧化细菌(AOA/AOB)的amoA基因的克隆测序，需要对测序结果进行批量鉴定。为了节省时间，自学了blast本地比对，当时还使用的blast-2.7.1+版本。现在随意从NCBI下载了一些序列，重现并更新一下笔记。一、软件安装现在是ncbi-blast-2.12.0+版本，下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。 # Linux下载 wget

psi-blast数据库