blast 建库

最新推荐文章于 2025-01-11 17:07:29 发布
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makeblastdb -in Os.fa -dbtype prot -title Os_protein -parse_seqids -out Os_pro_db

Os.fa

教程 | 做一个自己专属的本地 BLAST 数据库
abai0410的博客
10-07 5677
写在前面中秋和国庆期间，我总是要往返广州贵阳。工作在广州，家人在贵阳，于是多出了不少旅途时光。手机信号自然是没有，也常常是夜晚的航班。播客听多了，发现只能等着节目更新。来来去去，最后还是要闭眼思考。活着，为了什么？这个课题怎么做？那个课题怎么做？有没有什么新课题想法？是不是把一些想法给忘掉了当然，常常有成果的，自然还是“TBtools的优化”。可能，这是比较简单的事情。开发至今 6 年有余，最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事实上，这些功能从当初开发到现在，几乎没有更新过。或许
blast 数据库说明
weixin_33810302的博客
02-22 1139
The BLAST Databases Last updated on January 12, 2015 This document describes the BLAST databases available on the NCBI FTP site under the /blast/db directory. The direct U...
makeblastdb注意事项
xxxxx
01-17 1万+
makeblastdb注意事项本地blast，需要自行构建数据库。那么就要用到makeblastdb。这个命令很简单。USAGE makeblastdb [-h] [-help] [-in input_file] [-input_type type] -dbtype molecule_type [-title database_title] [-parse_seqids] [-h
blast2go提示内存不足的解决办法
weixin_30832983的博客
09-05 734
Blast2GOPipelineVersion2.5.0--------------------------------------Hashforresourceec2go_19072011.txtoftypeeccreated.4003associationsloaded.Blast2GObuild:23092011Changeb2g-propertiesfi...
linux环境下blastn命令怎么用,blast 用法汇总
weixin_30921373的博客
04-28 6872
blast 安装：先在网上找到最新版的blast下载到本地；this is the download padge: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/这里下载的是最近版本：ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gzlinux下可以通过ftp anonymous 登录，get下载用filezilla 导入...
KeyarchOS系统下本地blast+安装与使用教程
KeyarchOS的博客
01-23 1674
浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接浪潮信息云峦服务器操作系统KeyarchOS-浪潮信息。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
Linux上部署和使用Blast序列比对工具
m0_46468289的博客
12-07 5518
第一步:Index of /blast/executables/blast+/LATESThttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/去这个网址,下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz,也就是Linux版本第二步:在linux上创建好文件夹,比如我在/home下创建soft文件夹,用于安装Blast软件.第三步:把下载好的压缩包,放到文件夹下,进行解压,命令如:tar -zxvf ncbi-bl
【实用教程】本地blast使用及简单python脚本辅助
Eumenidus的博客
03-24 8565
如何简单快速使用本地化blast进行检索
生信入门：使用blast进行物种鉴定
2401_89507431的博客
12-20 4230
BLAST是一种强大的生物序列比对工具，用于在蛋白质或DNA数据库中寻找相似性。它包括多种搜索策略，如blastn、blastp等，适用于不同序列类型的比对。BLAST可用于物种鉴定、基因家族成员鉴定以及功能和进化关系的推断。安装BLAST后，可以通过makeblastdb创建数据库，然后使用不同的BLAST工具进行序列比对。BLAST结果的解读主要依据E值、一致性和缺失/插入等指标。对于全基因组数据中难以直接提取的基因，可以利用BLAST建立本地库进行比对，以辅助基因鉴定。
本地BLAST的使用方法及基本操作步骤
热门推荐
keepaware的博客
07-26 3万+
网页版BLAST的功能很强大，但是有时候使用本地版BLAST才能更方便快捷地达到我们的目的。本地BLAST的优点有很多，当查询序列很多需要进行批量BLAST或是网上没有自己需要的序列时本地BLAST就是更好的选择，并且本地版的安全性会更高，也不需要网络支持，可以自己设置BLAST数据库，因此若是需要的话可以选择使用本地BLAST，但是要注意本地BLAST建库需要的空间可能比较大。
blast在linux上的用法
hac_kill_you的博客
11-29 9268
blast blast包含核酸序列比对，蛋白序列比对等。 主要有两个步骤： 建库 （makeblastdb） 比对 （blast） mdkebalstdb和blast的参数 makeblastdb -in input_file -input_type type #输入的文件类型：String, `asn1_bin', `asn1_txt', `blastdb', `fasta' -dbtype molecule_type #要生成的数据库类型：String, `nucl', `prot' -tit
这可能是最全最好的BLAST教程
xuzhougeng blog
09-02 8809
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 B...
生信分析-本地BLAST
qq_44520665的博客
01-12 2万+
一. 本地blast简介 本地Blast(Basic Local Alignment Search Tool)，是基于本地的比对搜索工具，可以在自己建立的数据库进行blast搜索，与NCBI的在线blast相比，其速度快，搜索范围更小，且在没有互联网的情况下可以进行，比如已知道大麦的一个基因，并已经明确其功能，现在要在大麦中找序列相似度高的基因，就可以在本地建库，即建立大麦的数据库，然后blast找同源序列。 二. 本地blast的安装 1.NCBI下载本地版blast [下载链接]：https://ftp
makeblastdb
doudou8486的专栏
03-12 3108
<br />BLAST+中makeblastdb参数详解2010-04-29 16:21<br />以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST+来完成<br />与以前的Blast相以，我们还是从格式化数据库到比对开始<br />一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库，以前的命令是formatdb，现在是makeblastdb<br />一般用到的格式如下：<br />makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -title data
ncbi-blast 本地安装
weixin_30565327的博客
08-15 3943
详见：http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者（最好还是懂得基本的linux使用），高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法，一是因为思路一样，二是因为Linux中BLAST效率更高，系统更稳定，不会卡死。所以，请用Linux服务器，我想你...
Windows平台下新版blast（2.2.24+)本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索
Alan_S
01-14 1万+
从 blast-2.2.23-ia32-win32这个版本开始，本地化blast的参数有了很大改变， NCBI新近对 blast 程序做了一些修改推出了 blast+，目前最新版本为ncbi-blast-2.2.24+-ia32-win32。与之前的blast相比，新的blast+将 blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加方便而网上相关的一些教程大
Blast使用
huangliangbo的专栏
09-28 5182
简介 Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。 Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序
NCBI blast 数据库本地安装
m0_58802965的博客
01-11 1995
下载2.16.0 linux版本，下载并解压，解压之后BLAST就安装好了。如果是fastq先转为fasta序列格式在进行比对，比对结果如下图1所示。将相同序列复制到NCBI网站进行比对，如下图2，两种结果最前面的比对条目基本一致。建立索引需要输入为序列的fasta文件，可以是蛋白或者核酸，输出索引带前缀名称，最终生成比对索引数据库。链接：https://www.jianshu.com/p/471a4fbcdd48。链接：https://www.jianshu.com/p/471a4fbcdd48。
linux blast建库
最新发布
03-10
将待建库的序列保存为FASTA格式（如`input.fasta`），确保文件无格式错误。核酸序列文件扩展名建议为`.fasta`或`.fa`，蛋白质序列同理。 3. **运行`makeblastdb`命令** 根据序列类型选择参数： - **核酸数据库*...
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