png数据和深度数据_RNAseq数据深度分析—motif的鉴定

在最初的基因表达，我们通常做RT-PCR，半定量RT-PCR，northern bloting等等，后来我们又通过microarray来考察基因表达水平。随着测序技术的飞速发展，RNA-seq在现在的我们实验设计中，为了验证基因表达水平，以及关联基因的表达变化，越来越成为一个重要的part。

通常来讲，RNA-seq的差异基因表达分析按照前面已经写过的流程进行。RNA-seq数据分析-reads mapping，RNA-seq数据分析-edgeR。但是，我们往往把RNA-seq的数据分析仅停留在差异表达基因的鉴定，然后再做GO分析和KEGG pathway的分析，而事实上，更为重要的是进行深度的挖掘分析。这里，我们可以看一个例子：

组蛋白的翻译后修饰可调节影响多种生物学功能的基因表达。拟南芥组蛋白甲基转移酶SET DOMAIN GROUP 8和25(SDG8，SDG25)调节pep1和flg22触发的免疫和系统获得性抗性。SDG8和SDG25通过调控基因表达调控后续生物学功能。通过生物学试验已经证明SDG8和SDG25的功能。

为了进一步验证基因表达水平，我们试验样品进行了RNA-seq分析，通过基因表达差异分析，我们鉴定了在突变体sdg8和sdg25中的上调和下调的差异基因。

进一通过GO term分析ÿ