linux上传数据到sra,通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库

本文介绍了如何通过Linux命令行使用Aspera工具,实现满速上传大规模测序数据到NCBI的SRA数据库。详细步骤包括安装Aspera、配置环境变量,以及解决上传过程中遇到的问题,如指定上传子目录以确保数据可见。

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每试错一次,就离本质就更近一步。----小蓝哥

为什么要上传数据

师姐找我帮忙上传宏基因组数据到NCBI,大概是45G。NCBI提供了很多种可供选择的上传方式:

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多丰富多彩的上传方式

没有海外节点 + 学校的龟速网速,网页上传的速度可想而知,ftp又很容易断,据说Aspera上传能够达到满速上传,就想试一下。

Aspera有浏览器插件,下载试了几次都不行。决定试一下命令行方式。前前后后上传了大约100G数据,终于把这种满速上传数据的方法掌握了。

命令行方式分成Windows下的方式和Linux命令行模式,Windows还需要配制环境变量,比较麻烦,索性采用Linux命令行上传。

电脑配置

Oracle VM VirtualBox 虚拟机配Ubuntu 18.0操作系统 + FinalShell。虚拟机当个小服务器,FinalShell是国产的Shell,目前接触过的Shell中比较好用的。

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界面是长这样的

软件准备

第一步是get到Aspera的Linux版本:

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