82、大尺度和小尺度染色质结构分析

大尺度和小尺度染色质结构分析

1. 引言

在生物学研究中，对染色质结构的深入了解至关重要。准确分析染色质的大尺度和小尺度结构，有助于揭示基因表达调控、细胞功能等方面的奥秘。本文将介绍相关的分析方法、参数计算以及实验应用，旨在提高对染色质结构的认识和研究水平。

2. 染色体区域的形态参数分析

• 数据处理与分割
  • 采用基于体素的表示方法，对数据进行三维滤波。
  • 通过交互式设置全局阈值对染色体区域进行分割。为避免阈值选择的用户依赖偏差，在合理阈值范围内对特征（染色体区域）进行分割，并计算每个阈值下的所有形态参数后取平均值。
• 形态参数计算
  • 体积计算 ：使用 Cavalieri 估计器计算体积。
  • 表面积和形状参数评估
    • 圆度因子（RF） ：计算公式为 $RF = 36\pi\frac{volume^{2}}{surface\ area^{3}}$。对于表面光滑的完美球体，$RF = 1$；对于细长物体或表面粗糙的物体，$RF$ 值较低。但在某些情况下，该比值可能不受物体伸长的主导，领土的模糊边界或低信噪比可能会显著增加测量的表面积，而染色体区域体积的计算对边界模糊或信噪比的敏感性较低。
    • 平滑度因子（SF） ：引入该新