小RNA的测序技术路线以及分析流程

最新推荐文章于 2025-05-20 09:10:35 发布

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#生物信息

本文介绍使用Illumina GAiix平台进行小RNA深度测序的方法，涵盖从原始数据到清洁数据的处理流程，包括数据产出统计、序列长度分布统计、与参考序列比对等多项分析内容。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

小RNA（SmallRNA）是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。Illumina GAiix 能够对样品中的全部Small RNA 进行深度测序，达到定性定量的研究目的。每个样品可得到3 Million 以上的Small RNA 测序序列。通过大量的平行测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA 图谱、新miRNA 分子的挖掘、靶基因的预测和鉴定和样品间差异表达分析等科学应用。

在下机数据中分好数据后，就要开展RawData—>CleanData的步骤。

1) 数据产出统计
2) 去除低质量、污染及接头后的序列长度分布统计；
3) 不同样本间的序列情况统计；
4) 与参考序列比对情况统计（需甲方提供参考序列信息）；
5) 与已发布miRNA数据库的比对统计；
6) 与已发布rRNA数据库的比对统计；
7) 重复序列注释统计；
8) 与mRNA、exon、intron的相关度统计；
9) 小RNA注释统计；
10) 新的miRNA预测；
11) 不同样本间的差异统计分析；
12) 靶基因预测；