RNA-seq基本流程

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RNAseq生信分析流程简介
qq_28723681的博客
02-05 5420
简要介绍RNAseq生信分析流程
RNA-seq 分析流程 —— 概述
dxs18459111694的博客
05-23 4472
接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seqshort-readlong-read而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法
RNA-seq生信分析流程(简版)
keepaware的博客
08-02 7912
当前除了RNA-seq外还有sRNA-seq、miRNA-seq、chip-seq、甲基化测序等测序技术，但是这些测序技术后续的生信处理的原理基本相似。本文仅非常简要地介绍了一下RNA-seq的大体步骤。
第二章 RNA-seq一般分析流程全套
laurelgirl的博客
02-22 3万+
提前申明：该贴参照于https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe 标题1. 用conda安装RNA-seq所需要 #启动conda自设环境 conda activate python3 或者用 source activate python3 #安装所需软件(conda可以同时安装多个软件，但是建议初学者还是选择逐一安装，避免出现错误) conda inst...
RNA-seq数据上游分析流程（从原始数据开始）
热门推荐
weixin_40640700的博客
03-25 3万+
数据分析的基本思路 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种类型，以及每种类型有多少个样本） （2）对芯片数据进行质量控制评价及处理（如果质量差的话，每个样本都应该处理）， 可以用软件Fastqc+Trimmomatic配合使用,也可以用其它软件替换 （3）用TopHat2 + Cufflinks+Hisat系列软件进.
RNA-seq Data Analysis a practical approach.zip
03-28
下面我们将深入探讨RNA-seq的基本概念、分析流程以及使用R语言和BioConductor工具包，如edgeR和limma进行数据分析的方法。 首先，RNA-seq技术的核心是将RNA分子转化为DNA序列，然后通过测序仪获取这些序列，以揭示...
RNA-seq数据分析实用方法(2015)
10-11
### RNA-seq数据分析实用方法(2015)...通过系统地学习本书内容，读者不仅能掌握RNA-seq数据的基本分析流程，还能深入了解背后的生物学原理和技术挑战。随着技术的不断进步，未来RNA-seq将在更广泛的领域发挥重要作用。
精选资源
RNA-Seq-Analysis
04-17
RNA-Seq的基本流程包括以下几个关键步骤： 1. **样本准备**：实验开始于RNA的提取，这通常涉及到细胞或组织的裂解，以及随后的RNA纯化。高质量的RNA对于下游分析至关重要。 2. **文库构建**：提取的RNA经过反转录...
10、RNA-Seq在遗传分析中的应用：批量分离RNA-Seq（BSR-Seq）
最新发布
rr23456的博客
06-12 265
本文详细介绍了批量分离RNA-Seq（BSR-Seq）技术的基本原理、实验设计、数据分析流程及其在水产养殖中的应用。通过对比表现出特定性状和不表现出该性状的两组个体的RNA-Seq数据，BSR-Seq能够有效鉴定与目标性状相关的基因或基因区域。文章还提供了一个具体的案例分析，并讨论了优化实验设计和数据分析的方法，为遗传研究提供了重要参考。
RNA-seq分析流程 以水稻胚乳为例
hzau_t的博客
11-15 361
至此转录组上游分析完成，但是有可能存在PCR重复过高的问题，考虑可以去除PCR重复。：数据量约10G时，Duplication rate在10%左右;：数据量约90G时，Duplication rate在10%左右;：Duplication rate在40% ~ 50%左右;什么是二代测序中的duplication问题。
RNA-seq流程，博客对应的相关文件
04-23
苏州大学现代统计与生物信息学课程内容，实现RNA-seq流程的报告，使用hisat2+stringtie+ballgown流程
RNA-seq分析最全教程（本科结课作业）
weixin_73362123的博客
11-24 6680
本次实操数据来自下面的文章，是量化环境葡萄糖对转录组的影响，比较低糖和高糖环境下胰岛转录组的变化，胰岛来源小鼠。
RNA-seq流程
beiaidewoniu的博客
04-14 376
简述 Tophat2-Cufflinks流程 Hisat2-Stringtie流程 条件 Tophat2-Cufflinks代码 #!/bin/bash function index(){ printf "[%s %s %s %s %s %s]::建立索引bowtie2-build\n" $(echo `date`) #单引号',和`是不同的。 start=$(date +%s.%N) mk...
RNA-seq分析流程，保姆级！
朱晓莹sunny的博客
09-09 3551
Illumina测序技术，即边合成边测序（SBS）技术，是全球广泛采用的新一代测序（NGS）技术，负责生成全球90%以上的测序数据。随着每个 dNTPs 的加入，荧光标记的可逆终止子被成像，然后切割以允许下一个碱基的掺入。由于所有 4 个可逆终止子结合的 dNTPs 在每个测序循环中都存在，将偏差降至最低。该方法实际上消除了与重复核苷酸（均聚物）串相关的错误和漏检。Illumina 技术支持单端和双端文库（即单端测序or双端测序）。SBS技术提供了用于高分辨率基因组测序的短插入双端功能，以及用于高效序列组装
RNA-seq 详细教程：分析流程介绍（1）
冷冻工厂
11-24 5089
学习目标 了解从 RNA 提取到获取基因表达矩阵， 既RNA-seq 分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前，必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中，将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中，所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。 RNA-seq workflow 2. RNA提取与文库制备 在对 RNA 进行测序前，必须从细胞环境中提取和分离出 RNA 制备成 cDNA 文库。下面将介绍涉及的许多步骤
RNA-seq分析流程
wangprince2017
01-23 1357
注意事项 默认阅读顺序：从右→左，顺时针方向。 图片信息量太大，建议右键→查看图像，放大图片后细看。 分析流程 参考资料 2016_Genome Biology_A survey of best practices for RNA-seq data analysishttps://en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seqhttps://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA_sequencing ...
RNA-seq全流程分析
qq_39744154的博客
11-12 3100
tophat+cufflinks（从SRA数据下载到质控再到生成FPKM)
完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）
wt141643的博客
03-28 1万+
前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习，在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程（ tophat2 + cufflink + cuffdiff ）虽然这个流程比较老了，现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的流程，但是作为入门的知识还是比较容易理解，这篇文章先更一下流程，后面会再更一篇安装子系统，安装conda和一些分析软件的流程，凑一个真正完整的入门生...
RNA-seq的典型流程（protocol）
weixin_40640700的博客
03-30 6958
一、RNA的分离 从新鲜的或者是冷冻的细胞或组织样本中分离RNA，一般情况下，样品会被DNA污染。因此，在制备文库之前，会使用DNA酶（降解DNA）降解RNA样品中的DNA污染。 二、RNA的质量检查 （在后续分析的时候也有质控这一步，不过是从测序质量这个层面的质量） 在制备文库之前，要在RNA降解，纯度和数量上对RNA进行质量检查。 三、文库制备 由于DNA相较于RNA有更好的稳定性，所以在测序前，需要将RNA转化为cDNA。 RNA-seq常用的illumina平台的文库制备流程： （1
Snakemake RNA-seq分析流程演示与教程
资源摘要信息:"在Snakemake中演示RNA-seq工作流程的知识点梳理" 1. RNA-seq分析概述 RNA测序（RNA-seq）是一种广泛应用于生物学研究的技术，用于定性和定量地研究组织或细胞中的RNA分子。该技术能揭示基因表达模式...
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