8、分子动力学模拟与图聚类研究

分子动力学模拟与图聚类研究

在科学研究中，分子动力学模拟和图聚类是两个重要的领域，它们在生物学、化学、社会网络分析等多个领域都有广泛的应用。下面将分别介绍分子动力学模拟中的事件检测以及图聚类中通过最大化统计关联度量的方法。

分子动力学模拟中的事件检测

在分子动力学模拟里，我们关注如何检测分子构象变化中的重要事件。研究选用了1AKG（α - 芋螺毒素pnib1）这个相对较小的蛋白质分子作为分析对象，它包含16个氨基酸和213个原子，并且已有较为深入的研究，其序列中的有趣事件是已知的。

1. 检测方法与参数设置

   • 距离度量 ：使用均方根偏差（Root - mean - square deviation）作为不相似度度量。
   • 检测机制 ：采用控制图（Control Chart），当不相似度度量超过均值μ与1.5倍标准差σ之和时，报告一个事件。
   • 窗口组合 ：研究了四种不同的窗口组合，分别是FC → SC、FC → FG、FG → SC、SC → SC。
   • 窗口大小 ：实验中使用了三种窗口大小，c ∈ {1, 10, 20}。同时，预先过滤了分子中的H原子。

2. 分子行为分析

   • 在最初的70个时间步内，分子构象没有显著变化，只有内部的小运