3、计算机辅助抗HIV-1药物筛选与皮肤检测技术研究

计算机辅助抗HIV-1药物筛选与皮肤检测技术研究

计算机辅助抗HIV-1药物筛选

在抗HIV-1药物研究中，计算机辅助技术发挥着重要作用。研究人员通过分子动力学（MD）模拟和MM/PBSA分析，从MMsINC数据库中筛选出具有潜力的肽模拟物。
- 能量计算与化合物筛选 ：在MD模拟中，每50 ps保存一次快照以计算自由能。使用Poisson - Boltzmann方法和离子强度为0.1的连续溶剂计算极性溶剂化能，通过溶剂可及表面积估算非极性项。基于MD轨迹的MM/PBSA分析，选择与目标蛋白结合自由能为负的化合物进行最终分析。
- bNAb 10e8相关化合物筛选 ：对于能中和高达98%不同HIV - 1毒株的bNAb 10e8，通过虚拟筛选、分子对接和MD模拟，从MMsINC数据库中确定了8种与HIV - 1蛋白gp41的膜近端外部区域（MPER）具有高亲和力结合的化合物。这些化合物可被视为bNAb 10e8有前景的肽模拟物候选物。例如，MMs03555010与gp41的对接结构显示，它与bNAb 10e8类似，靶向MPER肽的中央铰链区域，为Env介导的半融合和融合过程提供必要的构象灵活性。这些化合物在MD模拟中对接结构未发生实质性重排，其形成自由能平均值较低，具体如下表所示：
|化合物代码|自由能（kcal/mol）|
| ---- | ---- |
|MMs03555010|−16.1 ± 3.4|
|MMs03769994|−12.0 ± 4.8|
|MMs01288397|−7.3 ± 4.8|
|MMs02374310|−7.2 ± 3.9|