R Packages for GWAS and GS

这篇博客介绍了用于基因组广泛关联研究(GWAS)和基因组选择(GS)的R包,包括rrBLUP、BLR、synbreed、randomForest、lme4等。内容涉及机器学习和统计学习方法,如线性模型、遗传学分析工具和混合效应模型,为遗传学研究提供支持。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance)

BLR(功能加强BGLR,目前不支持R 3.0版本)

synbreed(synbreedData)

randomForest

lme4:基本线性模型

genetics

QTLRel

GenABEL

snpStats(在bioconductor中)

GeneticsPed(在bioconductor中): calculation of genetic relatedness/relationship between individuals in the pedigree

SNPassoc

hglm

MCMCglmm

pedigree

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