R Packages for GWAS and GS

最新推荐文章于 2025-06-09 14:44:17 发布
最新推荐文章于 2025-06-09 14:44:17 发布
阅读量3.5k 收藏 6
点赞数
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： GWAS
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/swuteresa/article/details/8541324
这篇博客介绍了用于基因组广泛关联研究(GWAS)和基因组选择(GS)的R包，包括rrBLUP、BLR、synbreed、randomForest、lme4等。内容涉及机器学习和统计学习方法，如线性模型、遗传学分析工具和混合效应模型，为遗传学研究提供支持。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance)

BLR(功能加强BGLR，目前不支持R 3.0版本)

synbreed(synbreedData)

randomForest

lme4：基本线性模型

genetics

QTLRel

GenABEL

snpStats(在bioconductor中)

GeneticsPed(在bioconductor中): calculation of genetic relatedness/relationship between individuals in the pedigree

SNPassoc

hglm

MCMCglmm

pedigree

最低0.47元/天 解锁文章

200万优质内容无限畅学
初学者GWAS分析Gapit（R）包简单操作
rongrongnancy的博客
06-25 2233
适合gwas学习初学者，gapit包超级简单代码操作，简单易学。
GWAS数据库ieugwasr包最新配置API用户Token方法
热门推荐
wq0yyo28的博客
05-28 2万+
GWAS数据库最新设置API Token方法
qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
02-05
qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
PLINK+GEMMA--＞ GWAS
最新发布
m0_57190127的博客
06-09 143
同时包含 bed 、bim、fam三个文件，拥有同样的文件名。三个文件，拥有共同的文件名。
GWAS和GS的结合：Single Step GWAS的应用
邓飞----育种数据分析之放飞自我
08-28 4071
小编寄语 一直以来，GWAS和GS一直是分家的，各搞各的，交叉很少。两者都是基于统计分析，GWAS重点在于找到显著性的SNP位点，找到关联性状的基因。GS的重点在于计算个体的育种值，进行排名选择。 基因组选择基于BLUP的方法（GBLUP，SSGBLUP）省略了SNP效应的估算，直接计算育种值（BLUP），随着基因组选择在育种中广泛的实施，GS和GWAS的结合变得更有意义： GWAS得到的显著性...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio(32位资源)
07-21
《Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio：32位资源详解》 在软件开发领域，Visual C++ Redistributable Packages对于Visual Studio用户而言是至关重要的组件。它是一系列动态链接库（DLLs），...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio（64位资源）
07-21
标题提及的是"Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio（64位资源）"，这意味着这是一个针对64位操作系统的运行时库包。在64位Windows系统上，某些应用程序需要对应的64位版本的运行时库才能正常工作...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio 2013
02-28
《Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio 2013：详解与应用》 Visual C++ Redistributable Packages是微软为Visual Studio开发环境提供的重要组件，尤其在2013版本中，它扮演着不可或缺的角色。...
BGLR包——基因组选择
这是一头小鹿
02-26 2457
BGLR: '贝叶斯广义线性回归'
rrBLUP使用手册
a2505568381的博客
04-03 4152
rrBLUP使用手册1.rrBLUP包简介 1.rrBLUP包简介
Genome-wide association studies in R
勇敢的人先享受世界
01-27 2081
全基因组关联（GWA）研究扫描整个物种基因组，寻找多达数百万个SNPs与特定感兴趣特征之间的关联。值得注意的是，感兴趣的性状实际上可以是归因于群体的任何类型的表型，无论是定性的（例如疾病状态）还是定量的（例如身高）。本质上，给定p个SNP和n个样本或个体，GWA分析将拟合p个独立的单变量线性模型，每个模型基于n个样本，使用每个SNP的基因型作为感兴趣特征的预测因子。每个P检验中的关联显著性（P值）由相应SNP的系数估计确定（从技术上讲，关联的显著性为）。
.net安装_如何安装GWAS分析软件R包：GAPIT
weixin_39539807的博客
11-26 987
「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。# 安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R") source("http:...
基于信息增益的特征重要性分析
weixin_71458119的博客
08-30 316
基于信息增益的特征重要性分析以及相关的基本操作分析处理流程
机器学习算法集锦：从贝叶斯到深度学习及各自优缺点
张伟的专栏
02-20 2635
机器之心编译  在我们日常生活中所用到的推荐系统、智能图片美化应用和聊天机器人等应用中，各种各样的机器学习和数据处理算法正尽职尽责地发挥着自己的功效。本文筛选并简单介绍了一些最常见算法类别，还为每一个类别列出了一些实际的算法并简单介绍了它们的优缺点。 https://static.coggle.it/diagram/WHeBqDIrJRk-kDDY
使用BWGS进行基因型数据预测
weixin_71458119的博客
09-14 587
R语言中使用BWGS进行预测的一些注意事项以及要求的数据格式和具体的操作步骤
统计遗传学：第二章，统计分析概念
邓飞----育种数据分析之放飞自我
06-23 1710
大家好，我是飞哥。前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。引文部分是原书的谷歌翻译，正文部分是我的理解。第一部分基础，分为六个章节，分别是：今天，介绍第二章的内容，统计分析概念，看一下目录：本章节包括：飞哥笔记：统计遗传学，不但要学习遗传学、分子生物学，更要学习统计学，通过统计参数去描述遗传学的一些特性，总结一些规律，是非常重要的。飞哥笔记：在统计遗传学中，很少有方差分析，都是回归分析，二分类性状是logistic模型，连续性状是一般线性模型或者混合
利用GEMMA进行混合线性模型MLM的GWAS分析，以及数据的格式整理 遗传力预估
2301_79620943的博客
05-11 4317
GEMMA是一个在生信学习过程中必不可少的软件，它拥有很多强大便捷的功能，今天我们来利用GEMMA计算混合线性模型，以寻找显著snp位点进行GWAS分析。下载后正常解压即可使用在GEMMA中，表型数据有不止一种的导入方式，可以自行建立list文件，将样本名和数值放在同一行，利用空格隔开，也可以在fam文件中导入。每种方式对应的后续引用命令不同，由于我建立列表总是识别出错，所以在这里我使用第二种方法。
GEMMA做GWAS分析（二）
weixin_43232859的博客
11-18 5091
在这里插入代码片cd bisoft/gemma/bin 在这里插入代码片gemma 在这里插入代码片./gemma -h 1 寻求帮助 首先使用plink文件将PED文件进行转换成bim,bed,fam三个文件，命令程序 在这里插入代码片plink --file [file_prefix] --make-bed --out [bedfile_prefix] 将fam文件中最后一行的表型值换成真正...
HDL Verifier Support Packages for FPGA and SoC Devices
01-15
### HDL Verifier Support Packages for FPGA and SoC Devices Documentation Download For obtaining the documentation related to HDL Verifier support packages specifically designed for FPGA (Field Programmable Gate Array) and SoC (System on Chip) devices, one can follow a structured approach that involves accessing official resources provided by manufacturers or software providers such as MathWorks. MathWorks offers comprehensive guides through its website where users can find detailed information about installing and utilizing these support packages. The process typically includes navigating to the product page of HDL Verifier within the MathWorks site[^1]. From there: - Selecting the appropriate version compatible with current MATLAB installations. - Accessing the "Support" section which contains links to various types of documents including user manuals, release notes, installation instructions, etc. - Looking under specific categories like “FPGA & ASIC Development” or similar headings dedicated to hardware co-simulation tools might yield more targeted results regarding supported platforms and setup procedures. Moreover, direct downloads may also be available after logging into an account associated with valid licensing agreements granting access rights to premium content beyond public materials. In addition to online repositories maintained by vendors, community forums often serve as valuable sources when seeking advice from experienced developers who have already worked extensively with particular technologies or encountered comparable challenges during project development phases involving FPGAs/SOCs alongside simulation environments facilitated via HDL Verifiers. ```bash # Example command line instruction to navigate directly towards relevant sections if using web browser automation scripts wget https://www.mathworks.com/help/hdlverifier/index.html -O hdl_verifier_docs.html ``` --related questions-- 1. What are some key features offered by HDL Verifier for enhancing workflows in digital design projects? 2. How does integrating HDL Verifier impact performance metrics while testing complex logic circuits on programmable hardware? 3. Can you provide examples illustrating successful applications of this toolset across different industries adopting advanced embedded systems architectures?
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值