初学者GWAS分析Gapit（R）包简单操作

对于GWAS分析初学者Gapit包是十分简单和易学，需要提前安装好R和Rstudio.

文件准备

首先，需要提前准备好基因型文件和表型文件即可，

基因型文件准备位×××.hmp.txt的格式，表型 txt,csv,xlsx都可以；

如果基因型文件是VCF文件，可以通过Tassel软件读入，再另存为hmp格式，

对代码文件转换不熟的均可以通过Tassel软件的另存为（File下的Save As) Format 中选择自己想要转换的格式；

GAPIT3软件安装：

install.packages("devtools")
devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE)

 多个模型运行：

library(GAPIT)
#Step 1: Set data directory and import files
myY  <- read.table("phe.csv", head = TRUE,sep=",")
myG <- read.delim("geno.hmp.txt", head = FALSE)
# 多个模型run
myGAPIT <- GAPIT(Y=myY,G=myG,
                 PCA.total=6, model = c( "GLM" ,"MLM", "FarmCPU","Blink"),
                 Multiple_analysis = TRUE
)

GAPIT可以内部自动计算kin亲缘关系，和指定个数的PCA，进行多个模型计算，或者单个模型的运行。