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SSR：简单序列重复，SSR标记纪录的是对一段重复的简单序列的编码（编码一般都不是binary的）SNP：单点多态，SNP标记纪录的是一个等位位点上的不同碱基（编码一般是binary的，除非位点不是biallele的）SSR不可能位于功能基因的内部（根据其结构特征，功能基因内部不可能有类似SSR的重复模式的简单序列），而SNP可能出现在功能基因的内部。以下内容转

支持和实现GWAS和GS的R Package中，只有Synbreed适合做植物育种，其他的Package都是针对动物，动物（特别是人类）数据的分析，有个重要的预处理：分析群体的HW平衡性。植物群体因为存在人为选择的问题，不可能满足HW平衡。在GWAS和GS之前，育种领域已有大量成熟的研究与应用，是基于表型分析的。育种值BV（Breeding Value），特指加性基因效应的部分。如果能

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/tools/converter

# search for Gene/Protein Names##   http://grassius.org/tf_browsefamily.html?species=Rice##   http://grassius.org/grasstfdb.html##   http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase_submission/gene_no