TAD calling 之 insulation score 分析

Insulation Score是由dekker实验室在2015年提出的一种用于识别Topological Associated Domains (TADs) 边界的分析方法。计算过程中,通过互作矩阵的对角线滑动窗口,评估区域内的互作程度,低得分区域可能指示TAD边界。标准化后的Insulation Score曲线能揭示TAD边界位置。FAN-C工具可用于计算并可视化Insulation Score,帮助研究染色体结构。

1. 导读

本文主要对insulation score 的提出与计算方法进行简要的介绍,并展示一个计算insulation score 的过程。

2. 定义

insulation scoredekker[1]实验室在2015年发表于Nature上的Condensin-driven remodelling of X chromosome topology during dosage compensation[2]文章中提出的,其主要用于TAD相关的分析与表征,目前insulation score主要用于识别TAD

3. 计算方法

3.1. 计算insulation score

计算过程动画
计算过程动画

​ 在给定的区域内,沿着互作矩阵的对角线,以一个正方形的滑动窗口,从上至下滑动,计算每个窗口内互作程度值的总和。

​ 这些bin之间存在这很强的

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