拓扑结构域Topologically associating domains，TAD

最新推荐文章于 2025-03-07 08:55:50 发布
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分类专栏： 三维基因组

拓扑结构域（英语：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称。类似的定义还包括接触结构域（Contact domain）、DNA环结构域（DNA Loop domain）、邻近绝缘结构域等。这一结构最先通过高通量染色质三维构象捕获技术（Hi-C）被发现，之后又被显微成像技术确认。拓扑结构域目前在细菌、真菌、动物和一些植物中都有所发现，一般其尺度约在千到百万DNA碱基。

尽管对拓扑结构域的功能理解尚不明朗，目前学界认为这是染色质施行诸如转录、复制、表观遗传修饰等功能的基本单位。一些证据表明，当拓扑结构域边界被破坏后，较大规模的基因表达会受到影响。

from：https://zh.wikipedia.org/wiki/拓扑结构域

TAD:拓扑关联结构域简介
庐州月光的博客
05-14 1万+
欢迎关注”生信修炼手册”!利用更低分辨率的Hi-C基因组互作图谱，科学家对染色质空间结构的了解不断深入。本文主要介绍TAD这种结构，TAD全称如下Topologically Assoca...
使用TADbit识别拓扑关联结构域
庐州月光的博客
06-02 1320
欢迎关注”生信修炼手册”!TADbit是一个hi-c数据分析的软件，提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能，对应的文章链接如下https://www.ncbi.nlm.nih...
论文解读《StackTADB:一种基于堆叠的集成学习模型，用于准确预测果蝇中的 topologically associating domains(TADs)的范围》
qq_53674802的博客
04-11 1684
摘要 染色体由许多不同的染色质结构域组成，可称为拓扑结构域或拓扑关联结构域(TADs)。这些结构域在不同细胞类型之间是稳定的，在物种间高度保守，因此这些染色质结构域被认为是染色体折叠的基本单位，被认为是染色体组织中重要的二级结构。然而，由于高碳数据或实验的高成本和低分辨率，TAD边界的识别仍然是一个巨大的挑战。在本研究中，我们提出了一个新的集成学习框架，称为StackTADB，用于预测TADs的范围。StackTADB集成了四种基本分类器，包括随机森林、逻辑回归、k-邻接和支持向量机。通过对前期研究数据集的
TRCA：提升SSVEP-BCI性能的关键技术解析与Matlab实战
foamz的博客
03-07 1023
传统的典型相关分析（CCA）方法在SSVEP信号识别中取得了一定成效，但容易受到自发脑电活动的干扰，且未充分利用相位信息。为此，研究者提出了TRCA方法，通过最大化任务期间神经影像数据的可重复性，提取任务相关成分，增强信号的信噪比（SNR），抑制背景脑电噪声。任务相关成分分析（Task-Related Component Analysis, TRCA） 是一种用于脑电信号（EEG）处理的多变量分析方法，主要应用于脑机接口（BCI）领域。
Topology拓扑_2：拓扑结构域
XiaoCai
12-09 751
2. 拓扑结构域 2.1. TopoElemen TopoElement - 一个由2个整数组成的数组，通常用于标识一个TopoGeometry组件。 2.1.1. 描述 一个由2个整数组成的数组，用于表示简单或分层拓扑几何体的一个组件。 对于简单的TopoGeometry，数组的第一个元素表示拓扑元素的标识符，第二个元素表示其类型(1:节点，2:边，3:面)。 对于层次化的TopoGeometry，数组的第一个元素表示子TopoGeometry的标识符，第二个元素表示其层标识符。 对于任何给定的分层To
StackTADB：一种基于堆叠的集成学习模型，用于准确预测果蝇拓扑关联域 (TAD) 的边界
qq_41909775的博客
03-29 1010
期刊：BIB 论文发表时间： 一、摘要 染色体由许多不同的染色质结构域组成，称为拓扑结构域或拓扑关联结构域 (TAD)。这些结构域在不同细胞类型中是稳定的，并且在物种间高度保守，因此这些染色质结构域被认为是染色体折叠的基本单位，被认为是染色体组织中重要的二级结构。然而，由于 Hi-C 数据或实验的高成本和低分辨率，TAD 边界的识别仍然是一个巨大的挑战。在这项研究中，我们提出了一种新的集成学习框架，称为 StackTADB，用于预测 TAD 的边界。 StackTADB 集成了四种基本分类器，包括随机
生物信息学中的TAD是什么
02-25
拓扑关联结构域（Topologically Associating Domains, TADs）是指基因组内具有高度自我交互频率的三维空间区域。这些区域内DNA片段之间的物理接触更为频繁，而不同TAD之间则相对独立[^1]。 #### 形成机制 TAD 的...
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标题中的"TADreg: TADreg"指的是一种用于染色质高级结构中拓扑关联域（Topologically Associating Domains，简称TADs）识别、差异分析和预测的通用回归框架。TADs是近年来生物信息学领域的研究热点，它们是基因组中...
HiC-HiC分析以推断染色体间和染色体内的相互作用
10-04
例如，染色体的TAD（Topologically Associating Domains）结构是染色质自我组织的一种形式，它们内部的基因往往具有共同的表达模式。此外，染色体间的相互作用可能涉及基因转录的激活或抑制，如染色质重塑、DNA甲基...
短距离TadFinder V1.0在生物信息学中的应用
"BioinformaticsProject2020：ShortestDistanceTadFinder V1.0" 是一个面向生物信息学领域的项目，它专注于分析染色体中的交互频率，并且提供了寻找和分析拓扑相关域（Topologically Associating Domains，简称TADs...
TAD结构保守性总结以及TAD鉴定方法
li1525320253的博客
03-05 3309
TAD结构的保守性的研究应该从两方面去看，是不同物种间的保守性，还是人类的不同组织或细胞系之间的保守性。目前还是存在一定的争论，因为最近在做TAD结构的研究，因此总结了一下最近看到的涉及TAD结构保守性的文章以及里面用到的TADs calling的方法。
异常检测——拓扑异常检测（TAD）
shaoyue1234的专栏
10-11 1527
分类 是一种基于密度的outlier detection 思想 它不使用局部密度，而是利用近邻将数据构造成图。 与其他KNN方法不同的是，它不用设定K作为参数，而是设定一个maximal inter-observation distance（被称为图resolution）的参数。在算法中，如果两个点之间的距离小与图resolution，就在他们之间加一个边。当整张图构建完成以后，通过设定一个阈值P...
一文读懂三维基因组
Baimoc
12-25 9070
文章目录一、细胞核 *Nucleus*二、染色质疆域 *Chromosome Territory，CT*三、染色质区室 *A/B compartments*四、拓扑结构域 *Topologically associating Domains，TAD*五、层关联域 *Lamina Associating Domains，LAD*六、核仁关联域 *Nucleolar Associating Domains，NAD*七、染色质环 *Chromatin loops* 每个人体内都有着两米长的DNA，它是如何紧密折叠
三维基因组｜基因组结构 (2)
冷冻工厂
02-29 1565
Hi-C 数据经过归一化并转换为观察/预期矩阵后，显示格子图案，通过主成分分析 (PCA) 进行分析，第一个主成分（可以解释为数据最大方差的替代项，最突出的特征）包含区室 A 和 B（阳性 PC1 区域反映“活跃/允许”染色质，阴性 PC1 区域表示“非活跃/惰性”染色质）。然而，最近的研究提供了更多证据来支持更灵活、异质的群体排列结构。最大的染色体包含数亿个碱基对，这些碱基对在有限的空间中折叠，从而产生多尺度的分层结构，例如：核小体、染色质纤维、染色体结构域、区室，最后在染色体区域中。
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亲和性（affinity） 如何理解拓扑域（topologyKey）？
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亲和性（affinity） 如何理解拓扑域（topologyKey）？官方描述pod 间亲和性与反亲和性 官方描述 pod 间亲和性与反亲和性 Pod 间亲和性与反亲和性的规则格式为“如果 X 上已经运行了一个或多个满足规则 Y 的 Pod， 则这个 Pod 应该（或者在反亲和性的情况下不应该）运行在 X 上”。 这里的 X 可以是节点、机架、云提供商可用区或地理区域或类似的拓扑域， Y 则是 Kubernetes 尝试满足的规则。 最终pod调度到哪里的范围就是拓扑域。k8s根据用户的匹配规则获取到一
名词解释：拓扑结构
键盘上的舞者
04-26 7388
拓扑（Topology）是将各种物体的位置表示成抽象位置。在网络中，拓扑形象地描述了网络的安排和配置，包括各种结点和结点的相互关系。拓扑不关心事 物的细节也不在乎什么相互的比例关系，只将讨论范围内的事物之间的相互关系表示出来，将这些事物之间的关系通过图表示出来。网络中的计算机等设备要实现互 联，就需要以一定的结构方式进行连接，这种连接方式就叫做"拓扑结构"，通俗地讲这些网络设备如何连接在一起的。
蛋白质结构域示意图绘制软件 —— DOG 1.0
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  　DOG 1.0: Illustrator of Protein Domain Structures. 　Jian Ren, Longping Wen, Xinjiao Gao, Changjiang Jin, Yu Xue and Xuebiao Yao.   　Cell Research
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04-24
Matlab领域上传的视频是由对应的完整代码运行得来的，完整代码皆可运行，亲测可用，适合小白； 1、从视频里可见完整代码的内容 主函数：main.m； 调用函数：其他m文件；无需运行 运行结果效果图； 2、代码运行版本 Matlab 2019b；若运行有误，根据提示修改；若不会，私信博主； 3、运行操作步骤 步骤一：将所有文件放到Matlab的当前文件夹中； 步骤二：双击打开main.m文件； 步骤三：点击运行，等程序运行完得到结果； 4、仿真咨询 如需其他服务，可私信博主； 4.1 博客或资源的完整代码提供 4.2 期刊或参考文献复现 4.3 Matlab程序定制 4.4 科研合作
数据结构拓扑排序c语言
12-03
数据结构中的拓扑排序，通常是指在一个有向无环图(DAG, Directed Acyclic Graph)中，对所有节点进行线性的排序，使得对于任意边 (u, v)，节点 u 在排序后的序列中都出现在节点 v 的前面。这是一种确定一个有向图中活动顺序的有效算法。 在C语言中，可以使用邻接表（Adjacency List）数据结构来存储图，然后使用深度优先搜索(DFS)或者广度优先搜索(BFS)算法来实现拓扑排序。这里给出一种简单的基于BFS的实现思路： ```c #include <stdio.h> #include <stdbool.h> #include <stdlib.h> typedef struct Node { int data; struct Node* next; } Node; void add_edge(Node** adj, int src, int dest) { Node* newNode = (Node*)malloc(sizeof(Node)); newNode->data = dest; newNode->next = *adj[src]; *adj[src] = newNode; } bool isCyclic(Node** adj, int V) { bool visited[V], recStack[V]; // 初始化标志数组 for (int i = 0; i < V; i++) { visited[i] = false; recStack[i] = false; } // 遍历每个节点 for (int i = 0; i < V; ++i) { if (!visited[i]) if (topoSortUtil(adj, i, visited, recStack)) return true; } return false; } // 拓扑排序的核心递归函数 bool topoSortUtil(Node** adj, int src, bool visited[], bool recStack[]) { // 标记当前节点已访问 visited[src] = true; // 将当前节点压入栈中 recStack[src] = true; // 探索所有从src指向的节点 Node* temp = adj[src]; while (temp != NULL) { int dest = temp->data; if (!visited[dest]) { if (topoSortUtil(adj, dest, visited, recStack)) { return true; } } else if (recStack[dest]) { printf("Cycle detected in the graph\n"); return true; } temp = temp->next; } // 如果所有邻居都被访问过，则将当前节点弹出栈 recStack[src] = false; return false; } // 主函数，用于测试上述功能 void topoSort(Node** adj, int V) { if (isCyclic(adj, V)) printf("The graph contains cycle and cannot be topologically sorted.\n"); else printf("Topological Sort of the given graph: "); } int main() { int V = 6; // 顶点数 Node** adj = (Node**)malloc(V * sizeof(Node*)); // 添加边... add_edge(adj, 5, 2); add_edge(adj, 5, 0); add_edge(adj, 4, 0); add_edge(adj, 4, 1); add_edge(adj, 2, 3); add_edge(adj, 3, 1); topoSort(adj, V); return 0; } ``` 这个示例展示了如何使用C语言实现拓扑排序的基本过程。注意，由于拓扑排序依赖于DAG的存在，如果输入图包含循环，`isCyclic`函数会检测到并返回错误消息。
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