9、基因组排序：从超完美场景到现实应用

基因组排序：从超完美场景到现实应用

在基因组研究中，排序场景的研究是一个重要的领域。本文将探讨超完美排序场景以及如何处理基因组排序中的不完美情况，同时介绍使用双切连接（DCJ）和插入缺失（Indels）操作对基因组进行排序的方法。

超完美排序场景

当树 T 是确定的时，由反转组成的反转场景 S（其关联集合是 T 中与父节点符号不同的顶点）是从 Ac 到 Bc 的可交换反转场景，因此 S 是超完美场景。例如，对于线性基因组 A = (◦3 1 5 2 4 ◦) 和 B = (◦1 2 3 4 5 ◦)，它们的循环版本的循环公共区间树是确定的，存在如下超完美 DCJ 场景：
1. (◦3 1 5 2 4 ◦) 循环化
2. (4 −5 −1 2 3)
3. 对 {1} 进行反转
4. (3 1 5 2 4)
5. 对 {4, 3} 进行反转
6. (4 −5 1 2 3)
7. 对 {5} 进行反转
8. (−4 1 5 2 −3)
9. 对 {1, 5} 进行反转
10. (4 5 1 2 3)
11. 线性化
12. (−4 −5 −1 2 −3)
13. 对 {4} 进行反转
14. (◦1 2 3 4 5 ◦)
15. (4 −5 −1 2 −3)
16. 对 {3} 进行反转

不完美排序

在现实中，超完美场景往往不存在。为了对接近超完美的场景进行评分，我们引入了不完美得分的概念。不完美得分是指从场景 S 中移除最少数量的操作，使得剩余的每个子场景都是超完美的。

以人类、小鼠