关于电解液的分子动力学模拟

1.建模

电解液要求是：500ml DOL+500ml DME，加入1mol LiTFSI 和2%的LiNO3
DOL:

DME:

TFSI-:
NO3-:
在建完模型后，将生成的pdb 文件放到gauss view中检查，利用caculation setup ，对模型进行分析，我选择的是较为简单的半经验式分析

随后提交到Gaussian 09W中进行计算，得到chk文件和mol2文件。
有一点需要注意的是，如果你要利用sobtop产生top文件，你需要有fch文件。而fch文件需要你对模型进行opt+freq得到的chk 文件才能转化的，否则不含Hessian矩阵。这里可以参考：http://sobereva.com/soft/Sobtop/
本流程主要是参考上述网站才完成的，但其实基组方法可以选的再高一些

2. 提交sobtop 生成top文件

这里我采用的是两种方式：第一个是网站中的例二，主要是针对上述模型