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RSS订阅原创 大分子聚合物建模和分子动力学模拟的过程
摘要：本文详细介绍了聚合物分子建模与GROMACS拓扑文件生成的全流程。首先使用Materials Studio 2020构建单体模型并优化原子命名（聚合度3用于RESP电荷计算，40用于最终体系），通过高斯软件计算原子电荷。重点阐述了利用在线工具生成OPLS-AA力场参数的方法，包括修正原子类型识别错误、解析力场文件结构（atomtypes.atp、ffbonded.itp、ffnonbonded.itp）。详细说明了rtp文件编写要点、PDB格式修正技巧及gmx pdb2gmx命令使用中的注意事项。最后
2025-05-30 17:19:43
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原创 分子动力学软件安装指南
本文提供了分子动力学软件GROMACS、PACKMOL和VMD的安装指南。GROMACS的安装分为Windows和Linux系统，推荐使用Linux下的gromacs-5.0.4版本，并详细介绍了安装步骤。PACKMOL的安装相对简单，主要涉及环境变量的设置。VMD的安装则提供了Windows和Linux系统的下载和安装步骤。文章还提供了相关参考网站和图片，帮助用户顺利完成安装。
2025-05-12 15:28:40
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空空如也
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