蛋白质模型构建

利用PEP-FOLD3 网站构建蛋白质结构

根据Aromatic Amino Acid-Dependent Surface Assembly of Amphiphilic Peptides for One-Step Graphite Exfoliation and Graphene Functionalization 文献里提到的利用PEP-FOLD3网站搭建指定氨基酸序列的蛋白构象，我进行了相关的学习，现在把自己的使用方法写下来：

1. 进入网站：https://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.py#forms::PEP-FOLD3

2. 输入FASTA格式的氨基酸序列，以文献的序列为例：

C6W1
RLLRLLLRLWRRLLRLLR

第一行相当于说明行，写你关于这个蛋白的介绍，或者名字都可以，但是必须要以 > 开头
第二行写氨基酸序列的信息，这里我以文献的C6W1序列为例，它由18个氨基酸组成，我依次按顺序写下

3. 点击run ，耐心等待即可（其它的选项默认即可）

4. 结果会出现很多个PDB文件，我认为是每一步的结果，复制最后一个PDB的信息即可得到构象！1图2图所示

5. NGL可对当前PDB生成构象，可以对构象进行不同选项的展示，如3图所示；PV也是一种展示构象的选项，如4图所示

1图

2图

3图

4图