Bogotá河微生物群落代谢网络重构

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原创最新推荐文章于 2026-03-24 00:48:45 发布 602 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

代谢网络重构中的iMAT方法 1.引言 iMAT方法是生物信息学中用于重构生物代谢网络比较经典的方法之一，其余还有INIT，tINIT，FASTCORE等方法，有机会将会一一介绍。首先附上iMAT方法两篇文献，无论怎么说还是直接看论文更加清晰。 [1]Hadas Zur, Eytan Ruppin, Tomer Shlomi, iMAT: an integrative metabolic analysis tool... 阅读详情

Metagenome level metabolic network reconstruction analysis reveals the microbiome in the Bogotá River is functionally close to the microbiome in produced water

Ecological Modelling 2019 2.5
Universidad de los Andes
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304380019300560?via%3Dihub

Points:
物种构成的差异并不等于功能的差异，为了了解波哥大河流的污染情况，作者重构了波哥大河流和网上下载的污染水域微生物群落的curated metagenome level network，发现波哥大河流微生物群落在功能上和污水微生物群落接近

在这里插入图片描述

物种构成

MG-RAST
堆积条形图
表格

代谢网络重构

gapfill 找到通路中存在gap的位置，根据数据库添加
为什么可以人为添加路径：The percentage of added reactions in the final model are re- latively small and do not significantly dilute data encoded in the me- tagenome. Other studies using gap filling curation strategy have ob- tained between 10 to 25% of participation of reactions added from an external database in the final model.
几个样本中人为添加的反应路径比例相似，不影响样本间的可比性
表格

拓扑学分析

评判样本间代谢网络是否相似：拓扑参数
表格
结构是否相似：网络图
关键代谢物筛选：The eigencentrality parameter
表格

功能注释

条形图

潜在代谢相似性

The Spearman dissimilarity on the abundance of reaction modules
树，热图

Flux balance analysis

使用反应
在这里插入图片描述
The Spearman dissimilarity
热图

在这里插入图片描述

分析流程

fastq --> FASTQC+Trimmomatic -->MG-RAST–>Enzyme Commission (EC) numbers -->KEGG–>Reaction data–>MetaNetX standard–>remove unbalanced reactions–>MetaCyc–>GapFind and GapFill algorithms–>Gephi 0.9.2 -->GAMS 23.7.1 CPLEX solver