Bogotá河微生物群落代谢网络重构

最新推荐文章于 2025-08-04 09:11:20 发布
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#代谢网络重构

通过对波哥大河流的微生物群落进行代谢网络重构分析，研究发现其在功能上与污染水域微生物群落相近。通过物种构成、拓扑学分析、功能注释等方法揭示了微生物群落的功能特性。尽管物种构成存在差异，但代谢网络的相似性表明河流可能受到污染。利用Flux balance analysis进一步探讨了代谢流特性。

Metagenome level metabolic network reconstruction analysis reveals the microbiome in the Bogotá River is functionally close to the microbiome in produced water

Ecological Modelling 2019 2.5
Universidad de los Andes
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304380019300560?via%3Dihub

Points:
物种构成的差异并不等于功能的差异，为了了解波哥大河流的污染情况，作者重构了波哥大河流和网上下载的污染水域微生物群落的curated metagenome level network，发现波哥大河流微生物群落在功能上和污水微生物群落接近

在这里插入图片描述

物种构成

MG-RAST
堆积条形图
表格

代谢网络重构

gapfill 找到通路中存在gap的位置，根据数据库添加
为什么可以人为添加路径：Th

最低0.47元/天 解锁文章
代谢网络重构中的iMAT方法
qq_22688417的博客
05-06 1627
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【LorMe云讲堂】程磊：微生物群落构建及其应用
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MPB：南土所冯有智组-基于微量热曲线的微生物群落代谢特征分析
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-20 1147
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后，采用公众号推送方式分享全文，任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题，建议电脑端点击文末...
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node-bogota:tap与抽头规格输出同时运行磁带测试
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点击蓝字 关注我们ggClusterNet：包含多种基于模块可视化布局算法的微生物网络挖掘R包https://doi.org/10.1002/imt2.32SHORT COMMUNICATIONVolume1, Issue3●2022年6月13日，南农沈其荣团队在iMeta在线发表了题为“ggClusterNet: An R package for microbiome ...
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0 前言说明 本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导实际实验过程全流程分享。探讨基于现有生物模型对群落中的相互作用方式进行探究挖掘不同微生物间的进化**关系。 系列的目录文章地址：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33980829/article/details/118958463 系列目的： 前期学习中网上缺少相关文章、文献、资料对生物模型的应用从基础到实践的进行总结。
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文章目录微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落热心肠日报导读摘要背景图1. 微生物群体的养分循环微生物群落中的营养缺陷型电子供体交换的经典观点氨基酸和维生素营养缺陷知识点1. 绘制微生物互作的实验和计算方法实验方法计算方法建模营养摄取图2. 互作动态网络动态和互饲来自微生物的营养素宿主衍生的营养素群落内的合作群落内的竞争图3. 微生物群落扰动和恢复展望Reference 微生物的社交网络...
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