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原创 文献—Emergent simplicity in microbial community assembly--论文全过程详细阅读整理与翻译
本系列更新主要是关于2018年一篇群落结构组成的文献进行阅读的分析和总结，将全文的过程进行分解。主要分为下面几个篇章。本系列的全部内容都为原创，由于个人水平有限，整理过程可能对一些理解不到位甚至错误，请辩证的阅读。
2020-11-25 14:27:47
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原创 代谢网络模型学习笔记（序章）
本系列内容都是个人/朋友根据自身认识水平整理汇总而来，仅仅作为学术交流讨论使用不具有任何直接的指导或参考意义。且目前暂且不涉及具体的建模过程和建模方法。
2024-04-25 00:23:25
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原创 文献阅读总结--合成生物学工程促进大肠杆菌中莽草酸的高水平积累
【背景与方法句：莽草酸作为一种具有较高工业价值的产品，为了使用微生物发酵法高产莽草酸，本研究采取酶约束网络和改变代谢流向在实验室前期构建菌株TRP0进行工程改造。
2023-01-16 02:16:57
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原创 R与matlab入门教程以及其在生物方面研究应用---浅谈
本文主要作为**组内新生培训**使用的**基础教程**- 文中内容都为个人看法总结，真实性和适应性请自行抉择- 转载或疑问都可私聊或注明出处。
2022-10-03 15:08:35
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原创 基于MetaNetX网站的在线代谢敲除模拟与自动建模
本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导湿实验过程全流程分享。探讨基于生物模型对群落中相互作用方式进行，探究挖掘不同生物间的进化关系。系列的目录文章地址：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33980829/article/details/1189584631）名字需要替换成特定规则，针对于构建酶约束代谢网络模型是关键。2）上下限范围需要调整，根据实验结果修改...
2022-07-09 22:10:28
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原创 steadycom-基于群落代谢网络建模-代码详解
本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导湿实验过程全流程分享。探讨基于生物模型对群落中相互作用方式进行，探究挖掘不同生物间的进化关系。系列的目录文章地址：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33980829/article/details/118958463...
2022-07-09 21:49:46
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原创 qq消息定时自动发送的简单实现策略
qq消息定时自动发送的简单实现策略0.说明为应对学院平台的老师的Super-Better行为，更加方便定时发送qq信息。基于现成软件进行实现，针对软件的使用问题的进行说明。本文没啥可借鉴的内容1. 软件使用方法下载定时点击的软件（软件地址）点击按照软件使用f1获取屏幕坐标，然后点击输入到点击区域由于软件中获取坐标存在较大偏差，需要借助其他软件进行校正，或者自行摸索。校正软件可以使用AutoClicker获取桌面坐标qq消息定时点击设置快捷发送信息提前编辑要定时发送
2022-05-31 12:50:35
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原创 定量评价相互作用效应模型-相关软件使用教程（2023年2月5日更新）
定量评价物质间相互作用强度，分析体系中的交互效应，简单易上手的模型设计，可视化的软件界面
2022-04-24 19:15:35
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原创 气质数据提取物质信息并批量查阅、翻译
气质数据读取、分析、与物质的属性快速统计汇总并翻译1. 目的针对平台气相数据的快速读取并将关键信息提取与统计分析计算，利用百度翻译和通过特定网站整理出当前化学物质的性质说明。适用于批量处理数据例如大于5个以上数据。同时要求结果中英和化学物质属性同时汇总到统一的表格中。本过程主要基于matlab和python进行实现，同时针对学院仪器数据而设计程序过程。2.工作流1. 测定气相数据2. 批量提取测定结果中的关键信息3. 将结果中的对应化学物质的属性自动批量下载保存4. 统计分析数据中差异与定量分
2022-01-22 00:14:11
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原创 多目标蚁群算法路径规划（三）------多目标算法常用优化策略
多目标蚁群算法路径规划（三）文章目录多目标蚁群算法路径规划（三） 零、系列前言（一定要看）1.1 本章内容说明1.2 本章主要分享内容简介(摘要) 2.1 算法改进的原因分析 零、系列前言（一定要看）本系列为总结本人近2年多关于启发式算法解决路径规划的相关内容。主要从以下几个主题内容进行系列写作1.常见的数据获取方式与处理过程、，2、算法的基础流程，3.常见算法改进，4.多目标排序、5.基于应用场景的改进、6.其他相关问题、7、批量运行测试数据本系列全程免费提供相关代码。本系列代码来源主要参考网上
2022-01-03 19:32:46
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原创 多目标蚁群算法路径规划（四）------多目标约束过程常规流程框架
多目标蚁群算法路径规划（四） 零、系列前言（一定要看）本系列为总结本人近2年多关于启发式算法解决路径规划的相关内容。主要从以下几个主题内容进行系列写作1.常见的数据获取方式与处理过程、，2、算法的基础流程，3.常见算法改进，4.多目标排序、5.基于应用场景的改进、6.其他相关问题、7、批量运行测试数据本系列全程免费提供相关代码。本系列代码来源主要参考网上相关博客与文献、根据不同实际需求重构的代码。本文所有提供的代码与文字说明仅供参考，不作为商业目的。对内容有疑问或是错误部分可以留言或私信。有偿
2022-01-03 19:06:21
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原创 CellModeller模拟细胞空间中生长的相互作用-----个体模型学习 笔记
CellModeller是由HaseloffLab实验室开发的一款仿真模拟空间中细胞相互作用与群落生成的软件，该软件基于python开发，可以在linux合win两个平台进行运行。可以作物个体模型建模的基础软件。
2021-12-06 13:25:16
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原创 微生物文献调研网站与工具---持续更新（2022.09.16）
全文目录1. 全文说明2. 文献查询网站2.1 常用期刊查询官网1） 高质量的期刊是值得细细品味，期刊官网可以进行长期订阅跟踪（排名不分先后）2）文献库检索网站3）科研工作的持续跟进与最新进展4 ）基于已经结题的基金学习3. 网页工具3.1 流程图绘制3.2 计算网站3.3 模型网站3.4 其他4. 生物专业相关的优质公众号与网站1） 生物实验工具网站2）公众号5. 科研软件6. 常规软件的扩展功能7. 基础的编程教程1） matlab教程2）python3）Linux4）pyMOL8. 学术交流邮件写作8
2021-11-07 14:16:03
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原创 origin使用python进行方程拟合--案例
origin使用python进行方程拟合–案例1.1 软件版本要求origin2020a以上python 3.8以上1.2 说明本文主要是为方便实验室数据拟合。由于origin在实验的使用率远高于python等编程语言，因此通过本文给出在origin中使用python脚本完成一个简单函数的拟合。案例中拟合的方程为HILL2. 使用过程2.1 origin中打开python界面中打开 连接然后打开 untitled.py-新建脚本，并将相关代码粘贴在下方命令窗口处输入相
2021-11-04 00:35:28
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原创 文章中公式编辑的简便方法
基于word中latex编译器的公式编辑流程—组内教程0 说明针对文章写作过程的公式编辑流程将文献中的公式转化到word中使用多工具辅助公式编辑组内简化教程使用latex编辑的优点：熟悉语法后可以快速编辑公式，同时对复杂公式更容易展示。此外可以较好的调整。缺点：对于只是短期使用编辑简单公式，有较大学习成本。1. 文献中公式获取1.1 在线网页版文献进入在线版文献找到需要下载的公式，单击右键，找到Show Math As 然后选择 TeX Commands. 网页中的公式会以lat
2021-10-11 22:40:46
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原创 批量处理文本信息中的字符
批量处理文本信息中的字符参考来源说明： 对常用的文本中字符匹配的解决进行总结。介绍方法包括：1）word中查找替换的使用，2）matlab和python中批量正则替换与读取的应用一、利于word中的通配符匹配适用于替换文本中特定区域的文本或标注出位置。对读取文字进行替换。优特是方便简单，不需要而外编程技巧。上手快缺点：只能做替换处理，不利于提取处理连贯处理。适用一个文本中大量操作。例如下为一段NCBI中下载的基因序列，需求把文本中基因长度的说明数字进行删除。数值段的前面是由冒号开
2021-10-06 15:40:14
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原创 文献--Bacterial coexistence driven by motility and spatial competition-模型代码
Bacterial coexistence driven by motility and spatial competition-模型代码一、说明本文主要对文献《Bacterial coexistence driven by motility and spatial competition》使用的代码模型进行注释分享。- [1] Gude S , Pine E , Taute K M , et al. Bacterial coexistence driven by motility and sp
2021-10-03 19:23:38
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原创 NocoDB安装与建立问题
NocoDB安装与建立前置安装Node.jsjava 12.0以上NocoDB 本地安装，https://github.com/nocodb/nocodb注册 https://cloud.memfiredb.com 邀请码CwkxmF详细安装过程参考https://segmentfault.com/a/1190000040233248?sort=votes###布置中的问题ip地址不要带上端口，端口部分输入为：5433...
2021-09-26 20:51:37
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原创 批量计算多肽段的理化性质----R
批量计算多肽段的理化性质----R主程序library("Peptides")#数据读取ww<-"data_1.csv" #文件位置sdata<-read.csv(ww,1)cc<-dim(data)#获取标签rowname<-(data$Sequence)#rowname<-(data$Peptide.1)#定义列坐标 colname<-c("mw","hydrophobicity","Boman index","Net charge","GRA
2021-09-21 13:34:57
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原创 pymol中编写和运行python脚本
pymol中编写和运行python脚本0.说明简单介绍pymol中调用python脚本，后续把详细的图片更新。（2021年9月13日）后续相关更新会直接粘贴到文件中。1. 编写功能批量读取本地夹中pdb文件并去除蛋白质中的水。将批量去水后的pdb文件保存到本地。2. 代码# 导入pymolimport pymolfrom pymol import *import osdef file_name(file_dir): L = [] for root, dirs,
2021-09-13 14:31:13
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原创 基因组代谢网络（GEMS）与全基因组模型从入门到实践系列-----（2）文献案例详细讲解
0 前言说明 本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导实际实验过程全流程分享。探讨基于现有生物模型对群落中的相互作用方式进行探究挖掘不同微生物间的进化**关系。系列的目录文章地址：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33980829/article/details/118958463系列目的： 前期学习中网上缺少相关文章、文献、资料对生物模型的应用从基础到实践的进行总结。
2021-07-27 17:19:09
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原创 基因组代谢网络（GEMS）与全基因组模型从入门到实践系列-----（1）模型构建环境的布置
0 前言说明 本系列内容说明： 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍，作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建，到指导实际实验过程全流程分享。探讨基于现有生物模型对群落中的相互作用方式进行探究挖掘不同微生物间的进化**关系。系列的目录文章地址：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33980829/article/details/118958463系列目的： 前期学习中网上缺少相关文章、文献、资料对生物模型的应用从基础到实践的进行总结。
2021-07-27 11:21:48
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原创 微生物群落相互作用模型系列------全系列汇总（2022.8.12更新）
微生物群落相互建模系列系列介绍：一、 本系列主要包含以下内容的文章：基于动力学方程的简单模拟基于个体模型（IBM/ABM）适应度与适当性行为的模拟基于基因组规模代谢网络模型（GMMS）和全基因组水平代谢网络水平的模拟系列目录用mond方程研究乳酸菌之间的相互作用方式（4章）1）案例–乳酸菌相互作用2）文献–构建具有明确相互作用的群落模型–数学模型分析3）文献–群落中的简单性组装原则以个体模型探究群落中进化理论（3章）1）文献–自私行为推动群落的进化2）文献–群落进化过程中的针
2021-07-21 10:22:42
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原创 文献模型---代码解析----个体模型代码实现过程（2）
1 文献来源[1] Wang M , Liu X , Nie Y , et al. Selfishness driving reductive evolution shapes interdependent patterns in spatially structured microbial communities[J]. The ISME Journal, 2020(Pt 12).自私驱动的还原进化在空间结构的微生物群落中形成了相互依赖的模式题目：Selfishness driving red
2021-07-20 23:53:22
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原创 pydca 安装过错存在的问题与解决方案
pydca 介绍pydca 是python 环境下蛋白质序列比对分析工具。【github介绍-直译】pydca是Python实现的蛋白质和RNA序列家族残基协同进化的直接耦合分析（DCA），使用平均场和伪似然最大化算法。给定FASTA格式的多序列比对（MSA）文件，pydca计算比对中成对位点的共同进化分数。此外，当提供包含参考序列的可选文件时，通过将参考序列映射到MSA来计算与该参考序列的成对站点相对应的得分。该软件提供命令行实用程序，也可以用作库。代码地址https://github.com/KIT
2021-07-19 20:36:52
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原创 导弹巡航追踪目标模拟程序(1)源码版--matlab
导弹巡航追踪目标模拟程序–matlab1说明本文是对书本教材中一个特定问题的模拟分析。文中的内容只作为理论推导，无实际意义代码的运行环境为matlab 2020a本文主要源码直接分享展示，后续会更新建立gui模拟程序2更新进度 示意图展示 源码程序 数学模型过程 gui界面3背景简介导弹追击目标过程包括三个过程：1.直行过程 导弹向目标方位附近直行接近目标。2.导弹巡航搜敌过程，导弹在完成设定的直行距离会开始圆周绕行过程，通过扇面角辐射范围寻找目标。3.当目标接近导
2021-07-07 21:55:42
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原创 乳酸菌相互作用模型
乳酸菌是黄酒中生物胺的主要来源。基于乳酸菌相互作用建立合成微生物的预测模型有利于指导实际生成过程产胺菌的生长控制。本文分享基于乳酸菌之间相互作用简单数学模型，模拟出不同产胺类型与产胺能力的乳酸菌构建合成群落中的代谢生长规律。本文只用于学习交流，不能保证内容的百分百正确性，请辩证的交流讨论。对模型的疑问可以发往邮箱1602480875@qq.com..
2021-06-15 22:21:03
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原创 学生成绩录入案例----python基础入门
python基础案例程序主要涉及内容基础的类的定义与方法调用本地json的读取与写入用户交互输入输出python输入数据类型的判断具体代码import json# 定义类class students(object):#定义默认初始值 类的5个属性 students_No ='1555' students_name = '不要停' students_u_test = 55 students_last_test = 95 students_te
2021-06-10 21:41:22
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原创 关于塔罗牌摆放的小程序------python入门案例
关于塔罗牌摆放的小程序------python入门案例前言本文主要分享基于python开发的小程序，用于实现随机抽取塔罗牌并按特定需求摆放位置进行展示，之后从数据库中获取每张的解释与分类推理含义。通过本文你将收获基础的python语法规则、常用包**（opencv2、pIL、numpy、pymysql）**的调用、本地文件的操作、简单一个程序流程。作为一个简化的入门学习案例，可分解进行学习掌握。本文涉及的sql数据库构建、调用会在后续的博文中更新。程序流程结果展示说明：由于商业保密（。。
2021-06-05 10:00:13
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原创 多目标蚁群算法路径规划（2.5）-----从数据设计到毕业论文系列--番外篇
多目标蚁群算法路径规划（2.5）------番外篇系列前言（一定要看）本系列为总结本人近一年多关于启发式算法解决路径规划的相关内容。主要从以下几个主题内容进行系列写作1.常见的数据获取方式与处理过程、，2、算法的基础流程，3.常见算法改进，4.多目标排序、5.基于应用场景的改进、6.其他相关问题、7、批量运行测试数据本系列全程免费提供相关代码。本系列代码来源主要参考网上相关博客与文献、根据不同实际需求重构的代码。本文所有提供的代码与文字说明仅供参考，不作为商业目的。对内容有疑问或是错误部分可以留
2021-05-30 11:40:11
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原创 时间条件约束下最优价值路径规划---VRP
时间条件约束下最优价值路径规划—VRP路径系列文章的一个补充材料主函数%% 完成时间 2020年5月5日21:12:00% 基础版本 尚帝% 0.1版% 基本的体积约束和质量约束% 三种模式 利用直角坐标计算 自定义路径矩阵 利用经纬度进行计算banbenhao=0.01;%% 输入数据S2= xlsread('航运需求.xlsx','Sheet3');Un = xlsread('航运需求.xlsx','Sheet2','A1:B13'); %需求microsoftexcel =
2021-05-21 14:53:50
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原创 多目标蚁群算法路径规划（二）-----从数据设计到毕业论文系列
多目标蚁群算法路径规划（二）------一个简单的体积约束路径规划例子系列前言（一定要看）本系列为总结本人近一年多关于启发式算法解决路径规划的相关内容。主要从以下几个主题内容进行系列写作1.常见的数据获取方式与处理过程、，2、算法的基础流程，3.常见算法改进，4.多目标排序、5.基于应用场景的改进、6.其他相关问题、7、批量运行测试数据本系列全程免费提供相关代码。本系列代码来源主要参考网上相关博客与文献、根据不同实际需求重构的代码。本文所有提供的代码与文字说明仅供参考，不作为商业目的。对内容有疑
2021-05-21 14:32:47
2729
原创 多目标蚁群算法路径规划（一）-----从数据设计到毕业论文系列
- 本系列为总结本人近一年多关于启发式算法解决路径规划的相关内容。主要从以下几个主题内容进行系列写作**1.常见的数据获取方式与处理过程、**，**2、算法的基础流程**，**3.常见算法改进**，**4.多目标排序**、**5.基于应用场景的改进**、**6.其他相关问题**、**7、批量运行测试数据**本系列全程免费提供相关代码。- 本系列代码来源主要参考网上相关博客与文献、根据不同实际需求重构的代码。- 本文所有提供的代码与文字说明仅供参考，不作为商业目的。- 对内容有疑问或是错误部分可以留言或
2021-05-12 00:39:43
5288
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原创 多目标/单-VRT路径规划-更新汇总
VRT路径规划更新汇总说明本文作为本人整理与改进的路径规划相关算法的功能更新与近期会分享的内容代码****预告。所有更新的内容来源于与不同客户需求而编写的特定功能。如果需要相关代码或具有疑问可以私信、邮件。根据客户要求部分代码会延迟更新，详细代码会持续公布在本博客和github。代码为免费分享，可运行如果运行报错请先自行检查输入和路径问题。本文内容只有更新内容题目，没有具体的代码，具体代码请看往期博客。有偿接各种代码定制、算法改进。欢迎提出改进意见与交流。已实现的功能（可在过往博客中查找
2021-03-23 09:49:09
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原创 动态环境中乳酸菌共培养---代谢模拟与相互作用--文献分享
本文核心思路是基于合成微生物群落的共培养实验探究的不同微生物之间的作用规律，基于生物代谢研究过程积累的大量组学知识、通路路径信息、环境中物质浓度影响代谢分布等个体菌种特征探索建立个体与菌落中相互作用的联系。对于传统发酵多菌种的研究具有借鉴意义。
2021-03-13 01:33:48
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原创 微生物恒化器中的进化压力----进化模型推导与分析
微生物恒化器中的进化压力内容说明文献原文： Wortel M T , Bosdriesz E , Teusink B , et al. Evolutionary pressures on microbial metabolic strategies in the chemostat[J]. Scientific Reports, 2016, 6:29503.文献说明：本文基于代谢路径长度建立常微分模型对比分析在恒定环境中微生物的通路代谢选择与最佳适应度变化。文献的主要内容：待续（具体内容
2021-03-06 00:23:52
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原创 基于LSTM对DNA功能建立分类预测模型------DEMO
本文基于NLP模型运用于生物信息的处理分类，用于生物大数据的挖掘。通过LSTM对DNA序列进行分类探究
2021-02-23 18:49:12
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