14、分子量子相似性中的对齐问题探讨

分子量子相似性中的对齐问题探讨

1. 静电势相似性度量

为了比较两个静电势，提出了一种相似性度量方法，其定义如下：
[Z_{AB}(r^{-2}) = \iint \frac{\rho_A(\mathbf{r} 1)\rho_B(\mathbf{r}_2)}{|\mathbf{r}_1 - \mathbf{r}_2|^2} d\mathbf{r}_1d\mathbf{r}_2]
此公式可近似表示静电势电子部分的重叠。经验表明，具有上述元素的分子量子相似性测度（MQSM）的行为与之前引入的简单密度重叠相当。实际上，还可以定义更一般的度量：
[Z {AB}(r^{-n}) = \iint \frac{\rho_A(\mathbf{r}_1)\rho_B(\mathbf{r}_2)}{|\mathbf{r}_1 - \mathbf{r}_2|^n} d\mathbf{r}_1d\mathbf{r}_2]

此外，Leherte 等人利用 ASA、小波变换或基于晶体学的形式等不同技术生成低分辨率电子密度图，然后使用电子密度的临界点来表示相似程度并进行分子叠加。ASA 密度的一个有趣特征是，其临界点在值和空间位置上与平滑的从头算电子密度得到的临界点吻合良好。

对于原子 - 分子密度的使用，基于原子密度的相似性的基本方面仍然有效。

2. 分子量子相似性中的对齐问题阐述

2.1 问题陈述

MQSM 依赖于分子 A 和 B 在空间中的相互位置。以两个苯分子为例，将分子 A 沿 Z 轴从两分子质心距离 -10 Å 移动到 +10 Å，定期计算重叠量子相似性测度，结果表明重叠 MQS