drugbank转换xml文件？不需要这么麻烦，直接一个R包搞定

devtools::install_github("interstellar-Consultation-Services/dbdataset")
library(dbdataset)
# 获取 drugbank 数据集
data(drugbank, package = "dbdataset")

# 查看 drugbank 下面有哪些数据框
names(drugbank)
# 遍历 drugs 列表中的每个数据框并保存为 CSV 文件
for (i in seq_along(drugbank$drugs)) {
  df_name <- names(drugbank$drugs)[i]
  df <- drugbank$drugs[[i]]
  
  # 转换所有列表列为字符串，用分号分隔元素，确保返回原子向量
  df <- as.data.frame(lapply(df, function(col) {
    if (is.list(col)) {
      vapply(col, function(x) {
        if (length(x) == 0) {
          NA_character_
        } else {
          paste(x, collapse = "; ")
        }
      }, FUN.VALUE = character(1))
    } else {
      # 确保非列表列也为原子向量
      as.character(col)
    }
  }), stringsAsFactors = FALSE)
  
  # 检查各列长度是否一致
  col_lengths <- sapply(df, length)
  if (length(unique(col_lengths)) != 1) {
    warning(sprintf("数据框 '%s' 存在列长度不一致: %s", df_name, paste(col_lengths, collapse=", ")))
    next  # 跳过问题数据框
  }
  
  # 保存为CSV
  file_name <- paste0("D:/Code/drug_disease/DRUGBANK/", df_name, ".csv")
  write.csv(df, file_name, row.names = FALSE)
  print(paste("Saved:", file_name))
}

输出是这样的

里面的内容就是表格形式，便于我们查看和处理