- 博客(27)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 NHANES更新数据后，权重计算方式也更新了
官网说明在此：如果你比我还懒，我下载了几个说明文件。2021年8月至2023年8月的总样本量与之前的2年周期相似。然而，。特别是，与之前包括过度抽样的周期相比，非西班牙裔白人的样本量较高，而非西班牙裔黑人的样本量较低。此外，60岁及以上人群的样本量较高，而年轻群体的样本量较低。子组的估计值可能具有较低的精确度，因此，检测组间差异的统计能力可能较低。此外，年龄和种族/西班牙裔亚组（尤其是儿童和青少年年龄组）的估计值可能会显示意想不到的模式。
2025-01-19 02:23:43
974
原创 膳食炎症指数计算陷阱
DII 的计算基于膳食摄入数据，然后将其链接到具有区域代表性的世界数据库，该数据库提供了每个参数的平均值和标准差的可靠估计（参见图 1 中的步骤 5 和 6）。然后，这些将成为乘数，以 Z 分数的形式表达个人相对于“标准全球平均值”的暴露程度。为了最大限度地减少“右偏”的影响，该值被转换为百分位数。为了实现值以 0（零）为中心且边界在 21（最大抗炎）和 11（最大促炎）之间的对称分布，每个百分位数得分加倍，然后减去“1”。评分某膳食成分的日平均摄入量该膳食成分的全球平均摄入量全球摄入量标准差。
2025-01-02 12:35:45
1017
1
原创 sav格式数据用R读入，日期出现错误——一个坑
然而，问题就在于，当初把数据库拿来的时候，别人用的SPSS版本跟我的不一致。老版本的软件数据录入以后，在新版本打开看是没问题的，转存的时候出现了解码错误。反而是更麻烦的，因为一旦存在csv，所有变量都变成了“常规”。数据是sav格式的，为此，现下载了一个spss。网上的教程说的是SPSS和R的起始时间不一致，有的说用haven包更合适。这些个软件，用到具体功能的时候也体会不到它更新了什么，倒是出bug的时候发现了它的存在。正常人打开数据第一件事当然是核对数据了，我是个正常人，就是数据有点不正常。
2024-04-13 18:48:30
420
原创 gtsummary包——保存结果
这么反复墨迹的事情，太不适合我这种没有耐心的粗人了。不如直接导入word吧，反正也得用word展示，为啥费那劲。非得做成excel，直接从word粘过去不香么。这不是一个好的idea，因为可能需要进一步调参，这使得现成的教程不适合自己。不过，倒是可以提供一个解决问题的办法。gtsummary包可以直接把结果保存为word版，其实是相当便利的。但是有的大佬可能喜欢保存为excel或者csv进一步编辑。毕竟，有了初步的结果，大不了去表格里继续修改。优点： “≤”这样的特殊符号能正确显示了。
2023-10-03 11:24:53
1382
原创 ERROR: dependency ‘rsnps‘ is not available for package ‘mr.raps‘
安装mr.raps包
2023-08-09 23:37:15
881
2
原创 把R脚本挂后台运行之后要做的事情
所以只能选择把命令挂后台，试图让大度的ubuntu帮助无知可怜的我。2.检查一下nohup.log看是否有报错，如果没有，甚至显示了一部分脚本内容，也能说明脚本正在执行。如果所有的 nohup 的日志都会存在 nohup.log 里，如果以前有过后台挂起任务，接着写日志。所以，为了把自己的工作整理得清楚明白，这是一个锦上添花，但不是非做不可的事情：将日志重定向到自己指定的文件。以前我认为检查是可以做的，现在认为这是必须做的。挂后台以后，一定要检查一下R脚本是否已经在运行，因为可能会遇到。
2023-06-27 09:43:49
680
1
原创 Error: C stack usage is too close to the limit——R语言
跑孟德尔随机化，第一次出现栈溢出是处理UKBB数据，5+G的数据，溢出了可以理解，这次才读入700M的暴露，就出现报错这必须是哪里了问题。脚本之前用来读1+G的暴露都没有压力的。
2023-06-26 22:51:05
5981
6
原创 孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑
一路坎坎坷坷搞代码，搞数据，终于到了收割成果的时候。发现为什么我的F值算出来，不同的SNP，F值居然一样。此次研究，我用的前人研究的数据，为Excel。（废话的了，GWAS数据都是前人数据好的么）那么每个SNP的EAF、β、SD都不一样。公式中，一项研究确定了入组SNP后，N和K就是已知常量了。那么公式中的未知的就是。源数据是从前人研究中找来的，也不会有问题。真是有一种经过惊涛骇浪不死，阴沟里翻船的感觉。数据读取是自动化操作的，没有人为干预过程。不同的SNP的F值是否应该一样？那么，问题就出在源头数据上。
2023-04-20 11:02:56
7057
3
原创 安装BiocManager::install(“MungeSumstats“)报错
安装BiocManager::install("MungeSumstats")报错
2023-03-16 22:00:30
5693
1
原创 R语言报错：gzip: GCST90132674_buildGRCh37.txt.gz: unexpected end of file
R语言报错：gzip: GCST90132674_buildGRCh37.txt.gz: unexpected end of file
2023-01-20 18:51:31
812
nhanesR包（付费）学习笔记
2023-09-01
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人