Ubuntu20.04安装Amber22出现的一些问题及解决方法

第一次写文章，主要是记录这次安装过程遇到的困难，所以可能不太专业，写给自己看的以防下次忘记，也给和我遇到同样困难的小伙伴一些帮助。看别人的帖子说Amber22文档的2.2.5小节和2.3小节有详细的说明，建议阅读。

基本操作流程：1、相关依赖的安装；2、下载并解压；3、cmake；4、build

1、安装相关依赖

sudo apt -y update

#相关的依赖：
sudo apt install bc csh flex xorg-dev zlib1g-dev build-essential \
    libbz2-dev patch cmake bison gfortran python

2、先获取到Amber22 和Ambertools的压缩包，（我是老师那里拿到的，详情方法可以去看Amber官网），保存到Windows上，然后我用finalshell把两个压缩包拖进了Ubuntu虚拟机（关于finalshell连接不上虚拟机可以看我另一篇文章），完成了Windows系统向Linux系统文件的传输，然后解压。这里说下Linux系统解压的办法：

#下载到linux源码包主要是tar.gz和tar.bz2压缩格式的

#解压tar.gz命令是
tar -zxvf xx.tar.gz

#解压tar.bz2的命令是
tar -jxvf xx.tar.bz2

#此处即为：
tar -jxvf Amber22.tar.bz2
tar -jxvf AmberTools22.tar.bz2

3、两个压缩包解压之后，会自动生成一个amber22_src的文件夹，这里我是这样的。

 3.cmake，cpu版本

cd amber20_src
./update_amber --upgrade
mkdir build-001
cd build-001
cmake ../ \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/Software/Amber20_CPU \
    -DCOMPILER=GNU  \
    -DMPI=FALSE  -DINSTALL_TESTS=TRUE \
    -DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE -DMINICONDA_USE_PY3=TRUE

环境情况：

ubuntu20.04

gcc 9.4.0

cmake version 3.16.3

driver version

cuda version

 但是这一步我弄了很久，由于一些依赖包我没有安就直接安装Amber了，后来查资料才知道他的前提环境有这么多。

说下这一步我都做了哪些折腾吧：

1、下载了openmpi-4.1-5、miniconda3、然后对build目录下的run_cmake进行了修改，主要是这一步修改：将-DMPI=FALSE修改为TRUE

 注意：

cd amber22_src/build
./run_cmake
make install -j 16
./clean_build -f             # 安装失败了必须先全部清理再run_cmake

2、遇到了一个'longintrepr.h' file not found的错误，谷歌搜索后，发现可能是python3.11版本太高的缘故。如图，但是一开始我也不知道怎么把python3.11改成3.10，因为还不太理解moniconda那些东西。。

3、MPI_UB未定义的错误。