amber的安装和使用

已于 2022-08-05 18:53:25 修改
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分类专栏： 分子动力学 linux系统 文章标签： 服务器
于 2022-02-23 22:16:23 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_43395957/article/details/123015433
版权

之目录

一、基础环境

1.初始环境情况

2. 依赖库的安装

3. 安装conda和cuda

1. miniconda

 2. cuda

3. 安装anaconda

4. 创建环境

5. 使用命令记录

二、安装Amber

1. 下载后上传服务器并解压

    1. 进入文件夹

     2. 编译

     3. 执行安装

2. 配置环境变量

3. 安装openmpi

4. 更新补丁（一定一定一定要更新）

5. 编译测试具体版本

本文参考：

https://blog.youkuaiyun.com/qq_33953882/article/details/113995531
https://drugai.blog.youkuaiyun.com/article/details/103456040

Amber18安装（非root用户）_Code Wang的博客-优快云博客_amber18安装

一、基础环境

1.初始环境情况

  1. Ubuntu 18.04.5 LTS (GNU/Linux 5.4.0-81-generic x86_64)
  2. cmake version 3.5.1
  3. gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.12) 5.4.0 20160609
  4. GeForce GTX 1080*8
  5. Driver Version: 460.84 
  6. CUDA Version: 11.2

2. 依赖库的安装

apt -y update
apt -y install tcsh make
apt -y install  gcc gfortran 
apt -y install  flex bison patch 
apt -y install  bc xorg-dev libbz2-dev wget

有条件这些依赖库尽量都安装，否则后面的安装中可能会出现下图报错，类似这种问题就是因为你有依赖库没装，具体是哪个我忘记了：

3. 安装conda和cuda

1. miniconda

因为miniconda安装比较方便快捷，所以选择了安装miniconda。参考了https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42066885/article/details/80323173。

首先进入miniconda资源网址https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html下载对应资源，我选择的是这个

​

 之后上传服务器，进入文件夹安装

 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

会有一大堆回车，让你看完一个license，之后需要手动键入一个yes

​

之后一直回车就行，后来问你是否要初始化，我选择的是yes

​

 之后用source命令激活环境

source ~/.bashrc

就可以进入base环境。

 2. cuda

amber18和ambertool19只能支持10.2以下的cuda版本。可以不用root权限仅在自己的user上装一个10.2，详见：Linux服务器下给当前用户安装自己的CUDA、CUDA 还是自己的好用 【有效安装教程】_墨理学AI的博客-优快云博客_服务器安装cuda

安装参考ubuntu下安装cuda的两种方法 - 简书

cuda最新版的网址为https://developer.nvidia.com/cuda-downloads，但这上面最低只有ubuntu 18，我用的服务器是16的，后来找到了这个网址：

https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive

在这里可以下载16和17。因为有blog里说amber18最高支持cuda 9.2，所以我就选了9.0。

​

 

3. 安装anaconda

从清华源镜像下载合适镜像（我选择用最新版）

​

 上传到服务器上后执行

sh Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh

回车所有，遇见让输入yes的就输入yes，最后这里输入no

​

 之后配置环境变量：

vim ~/.bashrc

在最后加一句(username是你自己的用户名)

export PATH="/home/username/anaconda3/bin:$PATH"

之后执行

source ~/.bashrc

就可以正常使用了。可以用 which python 查看python解释器位置检查是否配置好环境变量。或用conda --version 检查conda是否安装成功。

4. 创建环境

这里不知道是为什么，按照上述配置好之后，第一次用conda activate base会无效

​

 就很尴尬，必须先用source activate base，激活之后conda 的命令就可以正常执行了。

这样很麻烦，可能是新版conda有点改动。根据提醒把~/.bashrc中形如：

 去掉，再改成：

 就可以正常使用conda命令了。

可以创建环境

conda create -n myname python=3.7

创建成功之后可以查看环境列表

conda env list

5. 使用命令记录

退出环境

conda deactivate

删除环境

conda remove -n myname --all

二、安装Amber

1. 下载后上传服务器并解压

tar jxvf Amber18.tar.bz2

tar jxvf AmberTools19.tar.bz2

注意，这里我用的是18版本，AmberTools虽然是19，但解压出来依然是18。解压之后应该会只有一个amber18的文件夹

​

 这与新版是不同的，新版的AmberTools21解压出来会是一个amber20和一个amber20_src两个文件夹，21版执行安装也不同。21版仅AmberTools安装如下：

    1. 进入文件夹

cd amber20_src/build

     2. 编译

./run_cmake

     3. 执行安装

make install

因为我要用的是18版，所以以下只记录18版安装。

2. 配置环境变量

上一节也介绍过，需要安装一些环境依赖（再做一次提醒）

apt-get install bison bc csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python

环境变量配置：

vi ~/.bashrc           #打开 bashrc文件
 
#Amber18
test -f /opt/amber18/amber.sh  && source /opt/amber18/amber.sh
export AMBERHOME=/opt/amber18
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
 
 
source ~/.bashrc      #source 后立即生效

注意上述  test 和 source 后的目录需要改成解压后的目录，比如我就是

​

3. 安装openmpi

参考 Open MPI安装使用（ustc.edu.cn）

这里是并行版本必须安装的一个包，用以下命令：

CC=gcc CXX=g++ FC=gfortran ./configure --prefix=/home/$USERNAME/openmpi

4. 更新补丁（一定一定一定要更新）

因为第一次安装没有更新补丁，在装gpu并行版本时（cpu并行时也有类似问题，但cpu串行正常）出现这样一个bug：

​

如果只用 make install ，则报错如下

​

后来问了同门才发现这是因为有一些更新，若不更新会出问题。更新补丁用：

./update_amber --update

另同门给了我他的安装命令记录。

下面安装的时候还出了个问题：

/usr/bin/ld: cannot find -lcublas

 解决方法参考这里/usr/bin/ld: cannot find -lcublas 问题的解决办法_qq_42550613的博客-优快云博客

就是在你设定的cuda目录里找到他生成的libcublas.so 文件，放到/usr/local/cuda-9.1/lib64/libcublas.so(设定的cuda目录)这个里面。找这个.so文件可以用以下命令

locate libcublas.so

5. 编译测试具体版本

编译cpu串行版本

cd $AMBERHOME
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python gnu 
test -f /opt/amber/amber18/amber.sh && source /opt/amber/amber18/amber.sh 
make install -j 32 

# Testing 
make test

编译cpu并行版本

# 编译并行版pmemd：pmemd.MPI 
cd $AMBERHOME 
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python -mpi gnu 
test -f /opt/amber/amber18/amber.sh && source /opt/amber/amber18/amber.sh 
make install 

# bashrc中添加 
export DO_PARALLEL="mpirun --allow-run-as-root -np 4 " 

# 编译并行版cpptraj和NAB AmberTools19 OpenMP 
./configure --with-python /usr/bin/python -openmp gnu 
test -f /opt/amber/amber18/amber.sh && source /opt/amber/amber18/amber.sh 
make openmp

编译gpu版本（要钱的，组里买了使用权）

#GPU版本：pmemd.cuda 
cd $AMBERHOME 
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python -cuda gnu 
test -f /opt/amber/amber18/amber.sh && source /opt/amber/amber18/amber.sh 
make install 

#GPU并行版本 pmemd.cuda.MPI 
./configure --with-python /root/anaconda3/bin/python -cuda -mpi gnu 
test -f /opt/amber/amber18/amber.sh && source /opt/amber/amber18/amber.sh 
make install 

# Testing 
make test.cuda 
make test.cuda_parallel

以下贴一些截图

没装之前：

​

​

装完以后：

​

安装过程部分截图： 

​

​

我需要用的是并行版pmemd，也就是pmemd.cuda命令，实验如下即为安装成功，填入必要参数则正常使用，参数需看官方文档：Amber Manuals，以及官方文档：Amber Tutorials

安装Amber22
ASKCOS博客
02-01 2780
【代码】安装Amber22。
分子动力学软件包Amber24的安装
Blockbuster_drug
03-22 1805
Amber24 软件包在 AmberTools24 基础上添加了pmemd 程序，该程序类似于AmberTools 中的sander（分子动力学）代码，但在多个 CPU 上提供了（更）更好的性能，并在 GPU 上显著提高了速度。在机器上有安装多块GPU时，可以编译GPU并行版本（即调整 -DMPI=TRUE -DCUDA=TRUE ），实际使用中并不能带来显著的提升，不再展示安装效果。CPU串行版安装是基本配置，将不会安装支持并行的程序，即.MPI的后缀程序，适用于不强制使用CPU并行的场景。
【Amber 安装教程】入坑Amber须知 Amber vs. AmberTools 区别 AmberTools 能做什么 AmberTools 核心功能 新手安装Amber 以及AmberTools
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在分子对接研究中，我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟，但GROMACS默认不会识别配体（小分子药物）的力场参数。因此，为了正确模拟受体-配体相互作用，我们需要手动生成配体的拓扑文件，并引入适用于GROMACS的力场参数。AmberTools和acpype是常用的工具，可以将Amber力场应用于小分子，并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此，正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。
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AmberTools里自带的Antechamber工具结合acpype.py脚本对于产生GAFF力场的GROMACS格式的小分子拓扑文件很有用。看到很多CentOS安装AmberTools，但少见Ubuntu安装AmberTools，博主自己折腾了半天，分享出来也做个记录。熟能生巧。
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在安装amber软件的过程中，所遇到的各种问题，及其最终的解决方法。
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amber 介绍 amber安装 2.1 下载解压 官网 http://ambermd.org/GetAmber.php#ambertools 移动到/usr/local/bin 解压tar -jxvf AmberTools19.tar.bz2 2.2 configure 使用如下命令 ./configure -noX11 --skip-python gnu 其中： -noX11 不安装图形用...
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可以参考: Amber 安装及使用Amber可以使用conda安装，但只能安装预编译的串行版本： 后续更新使用： 2、下载源码编译安装 下载 地址 解压： 继续安装amber,进入 build 目录中安装： 配置环境变量： 并行版本需要安装Open MPI: openmpi安装成功。
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e. 配置环境 即 在 用户根目录下 修改 .bashrc文件，添加 export PATH=/home/user/miniconda/bin:$PATH 其中 User换成用户名，并最好核实一下安装路径。5、安装跑完就可以了，平时要用的话，首先要 激活环境 conda activate AmberTools23 然后就可以开始命令计算了。2、利用终端对*.sh文件进行可执行授权 （在文件目录下执行 chmod +x ./*.sh，星号换成文件名）c. 确认安装路径，或者按需修改。
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