Material Studio 学习笔记(b站月只蓝)

第一讲 入门基础篇

https://www.3ds.com/products-services/biovia/references/

左边栏可以看什么模块被使用较多，以此确定用什么模型来计算
 

第二讲 入门基础篇

一、管理器显示设置(只需设置一次)

刚下载完的状态：

view-Explores-把三个Job勾选上即可解决。

二、文件后缀名设置(只需设置一次，不设置没有后缀名无法区分文件）：

解决办法：

把蓝色部分的勾选去掉重启软件即可

三、还原MS默认的参数设置(每次新建project*时)：

Tools-Settings organizer-点击MS项目（全部变蓝色）-reset
左下角出现resetting即代表完成

四、模型默认显示模式设置(每次新建project时)：

Modify - Default Atom Style - Ball and stick 然后直接关掉

左键选对象；  右键菜单 按住以后移动鼠标旋转模型； 中键平移 放大 模型；ctrl 主要是复制和粘贴 多选元素； Shift +鼠标中键局部平移；Alt 放大按住加中键盘 Alt按住不放双击原子可以把所有同一原子选中； Home键切换到俯视图 结合键盘上下左右旋转

第三讲 入门基础篇（模块具体应用介绍）

案例一、

利用Morphology（算出晶体的代表性晶面指数，随后输入做切割）、DMol3（使用模块DMol3来计算分子和晶体的静电势，根据电荷同性相斥、异性相吸的原理判断分子应该的摆放初始位置）、CASTEP（做模拟）。

案例二、

利用Morphology（算出晶体的代表性晶面指数，随后输入做切割）DMol3（使用模块DMol3来考察评估还是分子的缓蚀性能）、AC模块输入固液模型、Forcite 做MD模拟。

案例三、

DMol3和Forcite可以优化模型计算电荷

案例四、

AC构成反应物模型 Forcite结合脚本做交联模拟得到初始产物构型（三部曲：几何优化、退火、分子动力学模拟）DFTB或者GULP做热解，脚本做分析。

案例五、

使用Synthia特征化参数，Blends和Forcite可以计算相互作用参数最后用Mesocite做DPD模拟。