AMDock：辅助分子对接工具使用指南
【免费下载链接】AMDock 
项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/am/AMDock
项目介绍
AMDock（Assisted Molecular Docking）是一个用户友好的图形化工具，旨在协助使用 Autodock Vina 和 Autodock4 进行蛋白质-配体复合物的分子对接。该项目集成了多个外部程序，用于处理对接输入文件、定义搜索空间（盒子）并在用户监督下执行对接计算。
安装指南
Linux 系统安装
推荐使用 conda 环境进行安装：
# 创建并激活 conda 环境
conda create --name AMDock python=3.9
conda activate AMDock
# 安装依赖
conda install -c conda-forge pymol-open-source openbabel pdb2pqr
# 安装 AMDock 及相关组件
python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/AutoDockTools_py3 PyQt5
python -m pip install AMDock
PyMOL 插件安装
AMDock 需要安装 PyMOL 插件才能正常工作：
- 下载 grid_amdock.py 文件
- 打开 PyMOL > Plugins > Manager Plugins > Install New Plugin
- 选择 grid_amdock.py 文件
- 重启 PyMOL
快速启动
安装完成后，在终端中输入以下命令启动 AMDock：
AMDock
为了方便使用，可以在 .bashrc 文件中添加别名：
alias amdock="conda activate AMDock; AMDock"
主要功能特性
1. 分子对接功能
- 支持 Autodock Vina 和 Autodock4 两种对接引擎
- 自动处理蛋白质和配体的输入文件
- 灵活的搜索空间定义
2. 搜索空间定义
- 自定义盒子设置
- 异源原子盒子定义
- 残基盒子定义
- 自动盒子生成
3. 结果可视化
- 集成 PyMOL 进行结果可视化
- 详细的对接结果分析
- 结合位点结构分析
应用案例
配体选择性研究
AMDock 的一个典型应用是研究 SAR405 抑制剂在 PI3Kγ 和 Vps34 之间的选择性。通过 AMDock 的"Off-Target Docking"功能，可以轻松进行配体选择性研究。
教程文件结构
项目提供了丰富的教程文件，位于 tutorials 目录下：
- I_Simple_Docking：基础对接教程
- II_Off-Target_Docking：异源靶点对接
- III_Scoring：评分功能教程
- IV_AMDock_Box_Builder：盒子构建器教程
- V_Additional_Tutorials：附加教程
最佳实践
输入文件准备
- 确保蛋白质和配体文件格式正确（PDB 或 PDBQT）
- 检查文件中的金属离子和特殊残基
- 使用 Open Babel 进行必要的文件格式转换
搜索空间优化
- 使用多种方法定义搜索空间
- 确保覆盖所有可能的结合位点
- 合理设置盒子大小和中心位置
结果分析
- 利用 PyMOL 进行可视化分析
- 仔细检查结合位点的相互作用
- 比较不同对接姿势的能量评分
版本历史
AMDock 持续更新改进，最新版本为 1.6.1-beta，主要特性包括：
- Python3 版本转换
- 金属离子处理选项
- 用户自定义 AD4 参数文件
- 改进的图形界面和用户体验
技术支持
该项目得到了 JetBrains 开源许可证的支持，为用户提供了稳定的开发环境。
通过遵循本指南，用户可以充分利用 AMDock 的强大功能，完成从输入文件准备到对接结果分析的完整分子对接工作流程。
【免费下载链接】AMDock 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/am/AMDock
创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考
