基因组注释工具MAKER的报错与解决方法

基因组注释工具MAKER的报错与解决措施

● 报错1

● 报错内容：ERROR: Could not determine if DFam is installed

● 解决措施：

● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Matrices

● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Libraries

● 报错2

● 报错内容：/your_path/maker/bin/perl: symbol lookup error: /your_path/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/Acme/Damn/Damn.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck

● 解决措施：多个perl环境调用导致的冲突，只需要在一个环境变量的配置文件中注释掉perl的环境并令其生效即可

● 报错3

● 报错内容：不能检测到augustus的物种模型

● 解决措施：

● ①把MAKER依赖的augustus的/config/species目录下的物种模型目录的名称放到opts的配置文件中

● ②把MAKER依赖的augustus的/config/species目录下的物种模型目录的绝对路径放到opts的配置文件中

● ③这是一种①②都不能解决的情况

● 报错4

● 报错内容：

● Species “all” is not known to RepeatMasker

● ERROR: RepeatMasker failed

● 解决措施：删除opts.ctl文件中的model_org=的内容

● 报错5

● 报错内容：缺少h5py

● 解决措施：使用pip或conda安装或加载python的路径

● 报错6

● 报错内容：License key “.gm_key” not found.

● 解决措施：重新在这里下载key的文件并解压,拷贝到程序所在账号的根目录下作为隐藏文件

● 报错7

● 报错内容：

● syntax error at /your_path/maker/bin/…/lib/GI.pm line 4354, near “);”

● Compilation failed in require at /your_path/software/maker/bin/maker line 63.

● BEGIN failed–compilation aborted at /your_path/maker/bin/maker line 63.

● 解决措施：重新安装perl环境