MetaPhlAn3安装及使用

最新推荐文章于 2024-12-29 09:32:03 发布

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分类专栏：宏基因组文章标签： linux 经验分享

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_42072765/article/details/108240712

版权

本文档介绍了MetaPhlAn3的安装过程，包括依赖安装、解决conda版本问题，以及数据库下载和自定义数据库的方法。在运行MetaPhlAn3时，还会讲解如何筛选物种丰度表格和计算Unifrac距离。此外，提供了参数详细解释和参考资料链接，帮助用户深入理解工具的使用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

文章目录

简介

MetaPhlAn是一种物种注释工具，可从宏基因组鸟枪测序数据（即非16S）中分析微生物群落（细菌，古细菌和真核生物）的组成。使用StrainPhlAn，还可以执行准确的菌株级微生物分析。
MetaPhlAn使用序列比对marker基因，来获得相对丰度信息，相对于其他策略而言，物种检出较少，但假阳性较低，只能检出数据库内的物种。
MetaPhlAn2和MetaPhlAn3原理应该是一样的，最大的更新应该是数据库，MetaPhlAn3目前还没有文章。

At this moment, a manuscript for MetaPhlAn 3 is not available.
If used MetaPhlAn 3.0 for your research, please consider citing the MetaPhlAn2 paper

两个版本数据库比较：官方统计，差距还是挺大的，比较metaphlan2也好多年前了。

Index	MetaPhlAn2	MetaPhlAn3
参考基因	17,000	100,000
细菌和古菌	13,500	99,500
病毒	3,500	-
真核生物	110	500
类群特异的标记基因	1M+	1.1M+

安装

metaphlan3安装依赖python3，所以安装时需要先安装python3, 如果是单独安装的话，还需要将其他依赖关系安装上，如bowtie2（2.3版本及以上）和perl。当然这里更建议使用conda虚拟环境，并在虚拟环境中安装。

conda create --name mpa -c bioconda python=3.7 metaphlan

报错：An error occurred while installing package 'conda-forge::click-7.1.2-pyh9f0ad1d_0'.
原因：应该是conda版本的问题，本人使用的时anaconda2。
解决：先在虚拟环境中安装python3，再安装metaphlan。

## 构建虚拟环境，并安装python3.7
conda create --name mpa -c bioconda python=3.7
## conda安装metaphlan3
source activate mpa
conda install metaphlan
## 安装后想退出虚拟环境
source deactivate

数据库下载

安装完成后，直接运行metaphlan，软件会自动下载数据库到默认目录，也就是虚拟环境中python包目录envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_databases。软件会先下载file_list.txt文件，文件里包含所有数据库下载链接。接着就是下载和构建index。这是第一次运行时的步骤，之后会跳过这步（除非数据库不在了）直接跑。

报错：Warning: Unable to download https://www.dropbox.com/sh/7qze7m7g9fe2xjg/AAA4XDP85WHon_eHvztxkamTa/file_list.txt?dl=1
UnboundLocalError: local variable 'ls_f' referenced before assignment
原因：连接不上，所以下载不了文件。
解决：连上网络。或者找别人借一下，例如我，哈哈。把metaphlan_index.zip和file_list.txt下载到默认路径，解压metaphlan_index.zip即可。下次跑的时候会自动构建index。p.s. 记得把file_list.txt也下载的默认路径，不然别人还是找不到对象:)。另外，虽然有很多个数据库在，但MetaPhlAn3默认是使用mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.tar这个数据库。

## 百度网盘
链接：https://pan.baidu.com/s/1vaVDoImSphujus6Z8sbW8w 
提取码：vwsc

运行

所有参数

usage: metaphlan --input_type {fastq,fasta,bowtie2out,sam} [--force]
                 [--bowtie2db METAPHLAN_BOWTIE2_DB] [-x INDEX]
                 [--bt2_ps BowTie2 presets] [--bowtie2_exe BOWTIE2_EXE]
                 [--bowtie2_build BOWTIE2_BUILD] [--bowtie2out FILE_NAME]
                 [--min_mapq_val MIN_MAPQ_VAL] [--no_map] [--tmp_dir]
                 [--tax_lev TAXONOMIC_LEVEL] [--min_cu_len]
                 [--min_alignment_len] [--add_viruses] [--ignore_eukaryotes]
                 [--ignore_bacteria] [--ignore_archaea] [--stat_q]
                 [--perc_nonzero] [--ignore_markers IGNORE_MARKERS]
                 [--avoid_disqm] [--stat] [-t ANALYSIS TYPE]
                 [--nreads NUMBER_OF_READS] [--pres_th PRESENCE_THRESHOLD]
                 [--clade] [--min_ab] [-o output file] [--sample_id_key name]
                 [--use_group_representative] [--sample_id value]
                 [-s sam_output_file] [--legacy-output] [--CAMI_format_output]
                 [--unknown_estimation] [--biom biom_output] [--mdelim mdelim]
                 [--nproc N] [--install] [--force_download]
                 [--read_min_len READ_MIN_LEN] [-v] [-h]
                 [INPUT_FILE] [OUTPUT_FILE]

DESCRIPTION
 MetaPhlAn version 3.0.2 (23 Jul 2020):
 METAgenomic PHyLogenetic ANalysis for metagenomi

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